(一)雙方性質不同。司法權是一種判斷權，它具有中立性和獨立性，要求法官在處理各種爭議時，地位超然，不偏不倚，居中裁判，從而實現司法權之基本價值追求——公正。行政權的性質則與此不同。行政權是一種處理權，行政機關在行使行政權力，作出行政行為時，其本身即為行政法律關係的一方當事人，且在該法律關係中佔有主導地位，因此，行政權不可能具有中立性。

(二)司法權與行政權的功能不同。司法權的設立與行使的主要功能是為各種各樣的權利提供一種最終的救濟渠道，並對各種各樣的國家權力施加一種特殊的審查和控制機制，以便為個人提供一種表達冤情、訴諸法律的基本途徑，使得那些為憲法所確立的公民權利能夠得到現實的保護。

行政權的功能則在於，透過行政主體的行政管理活動，促使行政管理相對人自覺遵守和維護行政管理法律法規，從而實現行政機關管理社會事務、公共事務的目的。行政活動所產生的直接的、主要的法律功能便是國家利益和公共利益得到有效維護，保證國家的行政管理秩序不至於因個人的行為而受到破壞。

(四)司法權與行政權的執行方式不同。司法權與行政權執行的最主要區別是司法權的行使具有被動性的特徵。司法的被動性要求法院在當事人未提起訴訟時，不能借口保護當事人的合法權益而主動啟動訴訟程式，即使是對當事人的違法行為也不得主動予以追究。當然，司法權行使的被動性僅僅是訴訟程式啟動時的被動性。司法權一旦啟動，在訴訟程式中則不一定始終處於消極、被動的狀態。在司法權啟動後所引起的訴訟法律關係之中，作為司法權主要內容的審判權將發揮極為重要的主動性作用。而行政權基於及時、有效實施行政管理的需要，其明顯具有主動性的特點。