有參基因組和無參基因組一般不會單獨拿出來這樣定義，應該是在做轉錄組測序的時候的區分，主要是涉及到兩個後續分析的差異。

在RNA測序中，特別是轉錄組測序的時候，由於基因在DNA水平上包含有外顯子和內含子，在轉錄為mRNA（信使RNA）的時候，成熟的信使RNA會將內含子的片段剪下掉，拼接為成熟mRNA。

所以假設我們直接進行轉錄組測序的時候，沒有參考基因組DNA序列的時候，就只能檢測到RNA不同樣本之間表達量和序列之間的差異，並且要先做de novo組裝，分析的難度會加大很多，準確度也會比有參考序列的測定差。

而假設該物種已被de novo測過全基因組並形成參考序列，那麼會有更多的重測序分析方法可以應用於該轉錄組的分析過程，最明顯的就是可以做可變剪下，分析mRNA編輯過程的多樣性，因為往往一條mRNA會出現多種剪下結果，形成指導功能上可能不同的蛋白質的翻譯，從而達到控制細胞功能發生轉變的過程，這對於研究生物的動態調節、在不同條件下的差異化表達，以及腫瘤的形成和發展來說尤為重要。

所以，我覺得可以這麼來回答這個問題：

有參基因組是指已經透過基因測序，將物種的整個基因組的序列測序並形成參考序列的基因組。

無參基因組是指尚沒有該物種的基因組的參考序列的基因組。

基因組做過完全測序的叫做有參基因組，一般模式生物都是有參基因組，比如，人，小鼠，大鼠，斑馬魚，擬南芥等等。其他叫做無參，舉例說，轉錄組測序後，如果是無參基因組，很難用RNA-seq的結果直接分析，因為沒有已知的基因組資料作為依據，只能重新拼接，這樣的方式一般稱為de nova.