褐藻學名矽藻，是藻類中最大的一種，因為其色素體重含有金棕色矽藻素，導致其顏色呈褐色而得名，褐藻在新缸及維護欠缺的老缸中都有發現，有學者研究是水體中矽酸鹽含量過高導致的矽藻爆發，然後矽藻出現一段時候後就會消失，接著出現其他藻類，合理的解釋就是矽藻由於競爭不過水草或其他藻類而數量逐漸減少。

褐藻一般出現在水草的老葉及缸壁、過濾器的進出水口，尤其是莫斯上更多，所以很多水草愛好者總說莫斯養的不綠煩黃，其實是覆蓋了大量褐藻，尤其新種水草的葉片上更容易出現。

針對褐藻網上一般流傳幾個方面：

1光太弱

2硝化細菌未建立；

其實這些都不對，強光反而會更加滋生褐藻生長，一般爆褐藻的缸會伴隨著蛋白蟲一起爆發（但也有例外），蛋白蟲的爆發意味著水體有機物含量過高，水體過肥，大量的換水並清洗過濾器材是去除第一步，很關鍵，主要為了消除水體的有機物。

大量換水並配合關燈停肥可以有效預防褐藻繼續蔓延，同時進行生物性除藻，放入壁蜑螺（鮑魚螺）及黑殼蝦，一般40升的缸體兩到三隻壁蜑螺就可以讓缸壁沒有褐藻的痕跡，黑殼蝦30只就可以讓莫斯水草上的褐藻大量消除，建議關燈一個星期就可以大量消除褐藻。

除藻劑對於褐藻的功效欠缺，因為褐藻其光合作用的產物最終會轉換為油脂儲存，所以褐藻摸起來可以感到油膩感，褐藻的外殼具有化學上的防禦機制，對藻體有保護作用，所以除藻劑效果不是很理想。

所以對付褐藻最有效的手段還是關燈換水清洗過濾，同時進行生物預防，同時一旦水草生長良好以後，日常維護定期換水跟上，褐藻基本不會再爆發。