第一個淵源：源於子姓，出自唐朝時期江南道觀察使林正，屬於帝王賜姓改姓為氏。

辜氏始祖為林正，字達中，生於隋煬帝大業六年(公元610年)，原姓林，為殷商比干之子林堅的後裔，閩晉安林氏始祖林祿之十三世裔孫林孝誠(字允謙)之孫。

其家世居福建莆田太平村永定裡(今福建莆田尊賢裡北螺村)。

林正在二十二歲中舉人，在唐太宗李世民貞觀八年(公元634年)甲午科進士及第，授江南道觀察使(轄今浙江、江西、湖南等地)。林正在任期間勵精圖治、興學校、除苛政、廉正愛民，是應貞觀之治。

唐貞觀十五年(公元641年)，江南道大旱，民不聊生。林正憫民飢苦，不及稟秦朝廷，便毅然下令開官倉放糧賑濟饑民。當地豪紳乘機構陷，事聞於朝，唐太宗起初大怒，詔令將林正逮捕下獄法辦。江西百姓聞訊，不忍林正蒙受冤屈，聯名上萬民表與朝廷，代其辯冤。

唐太宗派人調查，方知林正真的是個清官，是壞人對他邏緝受構陷，便即下詔放林正出獄，並傳他上京陛見。

陛見之後，唐太宗先對林正進行一番撫慰，又自我檢討，說：“卿乃無辜受罪，今賜卿姓為‘辜’。”唐太宗雖然賢明，但仍脫不了動不動就給臣屬賜姓的習慣，不過以往都是對有功之臣賜以李姓以表示親近。這一次，因為林正差一點無辜喪命，因此就賜他以辜為姓，昭其“辛苦”之德，合二字為一，是為“辜”氏，是為該支林氏辜姓的始祖。

在起初，大家還是以“辜林”稱呼這個新生的姓氏，對林正也是以“辜林正”稱呼之，後來就乾脆把林字去掉了。林正成為辜正，成為辜氏得姓始祖。帝王賜姓，全族榮耀，因此該支林氏家族皆改為辜氏，世代相傳至今。

辜正告老後沒有回莆田老家，繼續定居於江西。他逝世後，當地百姓為其建嘉德祠以表懷念。關於辜正的事蹟，福建地方誌書和《南昌府志》中均有記載。

第二個淵源：源於媯姓，出自宋朝時期福建廈門同安陳氏漁民，屬於避難改姓為氏。

該支辜氏先祖本姓陳，世代在福建廈門同安捕魚為生。

到陳敦源時，因酒醉失手傷人，為避官府緝拿，攜帶家眷遠渡南洋，最後在馬來半島的檳榔嶼落戶，成為伐榛闢莽、開墾這塊蠻荒之地的華人前驅，旅居時間比英華人還早。

事過境遷，陳敦源痛定思痛，罪疚之心難以釋懷，於是乾脆改姓“辜”，以示悔罪之意。其後裔中有清朝末期著名的北京大學教授辜鴻銘。