公司股東會的會議召集程式、表決方式違反法律、行政法規或者公司章程，或者決議內容違反公司章程的，股東在一定期限內，有權請求法院判決撤銷因此形成的決議，此即股東會決議撤銷之訴。在公司法司法實踐中，可提起股東會決議撤銷之訴的情形主要有： (1)會議召集人不適格; (2)會議通知或公告瑕疵; (3)非股東或非股東代理人參與表決; (4)決議未達法定最低表決權數; (5)決議內容違反公司章程。 同樣，若董事會決議存在上述情形，直接利害關係人亦可向人民公園提起確認無效或撤銷之訴。

當股東大會形成的合併決議有瑕疵時，小股東可以向法院提起撤銷合併決議的訴訟。撤銷之訴主要因股東大會的決議在程式形式等方面不符合法律法規及公司章程的規定而提起的，只要決議有瑕疵，任何一個股東都有權提出撤銷合併協議的訴訟。在合併決議有嚴重瑕疵的情況下，小股東可以提出確認合併無效之訴。所謂嚴重瑕疵，是合併協議在內容上違反了法律法規和公司章程的規定，比如違反了股東保護的平等原則、大股東濫用表決權嚴重損害小股東的利益等。 中國《公司法》第111條規定是股東可以提起撤銷合併協議之訴和確認合併無效之訴的法律依據，但中國法律卻沒有股東提起撤銷之訴和無效之訴的程式性規定。在公司合併中，反對合並的股東很難證明股東大會透過的合併協議侵害了他們的合法權益，同時法院也很難找到確定股東大會決議侵害股東合法權益的標準。因缺乏實際可操作性的依據，法院真正介入合併協議撤銷和無效的情況幾乎沒有。而且第111條規定本身也有缺陷，它規定股東可以提起訴訟的原因過於狹窄，僅在股東會和董事會的決議違反法律和行政法規而侵害了股東合法權益的情況下股東方可提起訴訟，對於實際中普遍存在的股東會和董事會違反章程規定、以公司利益為直接侵害物件的侵權行為的現象，股東提起訴訟的權利難以尋求法律的保障