實施績效工資，設立獎勵基金，建立激勵機制。

（1）制定考核方法，確保資金使用效益最大化。隨著財政投入的增加，如何評價財政資金支出效果尤其重要，新制度將財政資金的組織管理、資金分配、能力建設、人員培訓、專案執行及實施效果、督導考核等情況全方位納入考核體系，並透過量化積分等方式進行財政資金支出及其產出的績效評價，提高財政資金使用效益。

（2）全面細化考核內容，量化考核指標。考核內容除了實施的公共衛生服務專案數量外，更重視過程性指標，講求科學性，重視質量，強調服務物件滿意度。保證支出和產出結果之間緊密的對應關係。

（3）建立制度，確保資金合理、適當、高效使用。考核是確定鄉鎮衛生院使用政府投入的資金是否適當的重要辦法，但並不單純靠考核來保證，新制度還透過制度設計來完成這一目標。新制度明確了公共衛生服務等資金的使用範圍、物件、支出渠道、支付方式以及會計核算流程、賬務處理方法等，有利於鄉鎮衛生院對照執行，規範使用。

（4）在專用基金中設定獎勵基金，提高醫務人員的積極性。執行核定收支等預算管理方式的鄉鎮衛生院，在年度終了對核定任務完成情況進行績效考核合格後，可按照業務收支結餘的一定比例提取獎勵基金，結合績效工資的實施用於職工績效考核獎勵，完善激勵約束機制，促使醫務人員更好地參與醫改、服務醫改。