銀杏種子採收之後，應儘快脫去漿汁外種皮。脫皮愈快，銀杏種核的色澤愈好。當前最常用的脫皮方法是將種子堆積腐熟。堆積地點儘量選在背阻之處。堆積時可平堆也可高堆。平堆高度多為30cm，高堆多為60cm，堆上均用溼草覆蓋，不能用塑膠薄膜。經5～7d即可開堆進行脫皮處理。經驗證明，平堆散熱快，脫出的種核潔白漂亮，但腐熟時間較高堆略鎊。堆積腐熟時切忌暴曬或薄膜覆蓋，以防種核變色種仁變質。銀杏種子脫皮處理時，應注意對手腳面板的保護。因為在銀杏外種皮中含有白果酸、氫化白果酸、銀杏酸等刺激性物質，容易損傷面板。如為少量種子可戴上乳膠手套搓洗，較大量的種子則需穿上膠鞋反覆踩搓，或放入竹筐中用木杵搗爛，再裝入竹籃或篩子中在水中漂洗，直至全部外皮漂除乾淨為止。1981年廣西靈川縣發明的銀杏種子脫皮機每小時可脫出銀杏種核100kg。但無論哪種脫皮方法，脫皮處理後的汙水只可倒入汙水坑中或用於堆肥，嚴禁倒入河湖之中汙染水源，更不應在飲用河水中漂洗銀杏種皮。脫去外種皮之後的銀杏種核，先行去雜，即將混入其中的碎枝、爛葉、石塊等揀出。如發現種核不夠潔白，應進行第二次搓洗，或混入細砂反覆磨擦直至核皮光亮潔白為止。也有用漂白粉或硫磺燻蒸以提高核皮潔白度的，但從衛生角度要求不宜採用。播種用的銀杏種核尤為不宜。脫皮處理後的銀杏種核一名商品銀杏，為保證安全貯運應適度乾燥，乾燥的方法多用曬乾或陰乾，但以陰乾的效果最好．待銀杏種核的核皮呈銀白色，含水量達40％左右時即可收起放入袋中幹藏。乾燥時應嚴禁採用烘箱或烘室乾燥。