目前菌種保藏的方法很多，一般種植戶和生產廠家多采用0-4℃低溫冰箱保藏，優點是隨時可以拿出使用，缺點是長時間保藏菌種老化需轉管活化；其他的保藏方法為液氮低溫保藏、液體石蠟保藏、沙土管保藏方法等雖能長時間保藏菌種，但技術要求嚴格，且需要專業的人員負責。

儲存方法：

（一）培養基儲存法

利用各種斜面和半固體培養基，加上石蠟油儲存菌種，是一種最常用而又簡易的儲存方法。

1.普通瓊脂斜面儲存法：腸道桿菌、葡萄球菌等一般細菌可接種於不含糖的普通瓊脂斜面上，斜面底部應加少許無糖肉膏湯，以防乾涸。經35℃培養18～24h後，移種於4℃冰箱中，一般可儲存一個月，每月傳代一次。

2.血液瓊脂斜面儲存法：鏈球菌、肺炎鏈球菌應接種於血液瓊脂斜面上，35℃培養生長後，置4℃冰箱中儲存，鏈球菌須半個月至1個月移種一次，肺炎鏈球菌的新分離菌株須2～4天移種一次，以後逐漸延長移種時間，在適應後可延至半個月移種一次。

3.巧克力色斜面儲存法：宜儲存腦膜炎奈瑟菌，並在35℃孵箱中儲存，一般每2天移種一次。

4.雞蛋斜面儲存法：適於儲存含有Vi抗原的沙門菌屬及其他含表面抗原的細菌，一般可儲存一個月。

5.半固體穿刺儲存法：將細菌接種於瓊脂半固體或血清瓊脂半固體內，經35℃培養18～24h，再以無菌方法加入滅菌的液體石蠟。高度約lcm，置4℃冰箱儲存。儲存時間可達3～6個月。

（二）乾燥儲存法

原理是將細菌體內的水分蒸發掉，使其處於休眠和代謝停滯狀態，從而達到長期儲存菌種的目的醫|學教|育網蒐集整理。菌種乾燥後低溫儲存，可儲存數年至十幾年。

（三）冷凍乾燥儲存法

本法又稱冷凍真空乾燥法。它綜合利用了各種有利於菌種儲存的因素（低溫、乾燥和缺氧等），是目前最有效的菌種儲存方法之一。用本法儲存的菌種具有成活率高，變異性小等優點，儲存期一般3～5年，有的可長達10年以上。