萬曆十四年（1586年）十一月，朱翊鈞開始沉湎於酒色之中，身體虛弱，每況愈下。因此，朱翊鈞執政中後期，幾乎很少上朝。他處理政事的主要方法是透過諭旨的形式向下面傳遞。“萬曆三大徵”中邊疆大事的處理，都是透過諭旨的形式，而不是大臣們所希望的“召對”形式。在三大徵結束之後，朱翊鈞對於大臣們的奏章的批覆，似乎更不感興趣了。同年，禮部主事盧洪春奏曰：朱翊鈞“日夜縱飲作樂”。從同年起，為爭立皇太子，演成了曠日持久的“國本之爭”。萬曆四十三年（1615年）五月初四日酉時，又發生了晚明歷史上著名的梃擊案，作案的是一個名叫張差的薊州男子，史稱“梃擊案”。起初，皇太子也以為“必有主使”。是時，鄭貴妃一再指天發誓，自明無他。朱翊鈞見事涉鄭氏，加上多年來人們一直議論他不善待皇太子，感到事情重大，怕火燒自己，很快就親自定張差為“瘋癲奸徒”，並命“毋得株連無辜，致傷天和”，只處決張差及與之有關的太監龐保、劉成二人。並特地為此於同月二十八日，一反常態，二十五年來第一次召見大臣，宣佈他的命令，將此案草草收場。

因立太子之事與內閣爭執長達十餘年，最後索性三十年不出宮門、不理朝政、不郊、不廟、不朝、不見、不批、不講。

萬曆十七年（1589年），朱翊鈞不再接見朝臣，內閣出現了“人滯於官”和“曹署多空”的現象。 至於貪財一事，朱翊鈞他在親政以後，查抄了馮保、張居正的家產，就讓太監張誠全部搬入宮中，歸自己支配。為了掠奪錢財，他派出宦官擔任礦監稅使，四處蒐括民財。

萬曆二十五年（1597年），右副都御史謝傑批評朱翊鈞荒於政事，親政後政不如初：“陛下孝順父母、尊祖、好學、勤政、敬天、愛民、節約開支、聽取意見、親人和賢人，都不能夠像當初一樣。”以至於朱翊鈞在位中期以後，方入內閣的廷臣不知皇帝長相如何，于慎行、趙志皋、張位和沈一貫等四位國家重臣雖對政事憂心如焚，卻無計可施，僅能以數太陽影子長短來打發值班的時間。萬曆四十年（1612年），南京各道御史上疏：“臺省空虛，那些致力於廢除掉，皇上深居二十多年，從來沒有一個接見大臣，天下將要淪陷的憂慮。”首輔葉向高卻說皇帝一日可接見福王兩次。萬曆四十五年（1617年）十一月，“部、寺大官十缺六、七，風憲重地空署幾年，六科只剩下四個人，十三道只剩下五人。”

萬曆中期後雖然不上朝，但是不上朝之後並沒有宦官之亂，也沒有外戚干政，也沒有嚴嵩這樣的奸臣，朝內黨爭也有所控制，萬曆對於日軍攻打北韓、女真入侵和梃擊案都有反應，表示雖然忽略一般朝政，還是關心國家大事，並透過一定的方式控制朝局。

另有說法是萬曆皇帝執政後期荒於政事，因無像張居正的人可以督導、國本之爭等問題而倦於朝政，自此不上朝