單核吞噬細胞系統(mononeuclear phagocyte system)又稱單核巨噬細胞系統，是高等動物體內具有強烈吞噬能力的巨噬細胞，及其前身細胞所組成的一個細胞系統，是機體防禦結構的重要組成部分。

單核吞噬細胞系統的細胞，有骨髓中的定向幹細胞、原單核細胞、幼單核細胞，血液內的單核細胞和多種器官中的巨噬細胞。後者包括結締組織的巨噬細胞，肝的Kupffer細胞，肺的塵細胞，淋巴結和脾的巨噬細胞，胸膜腔和腹膜的巨噬細胞，神經組織的小膠質細胞以及骨組織的破骨細胞等。它們的特點是均來源於血中的單核細胞，細胞核為單個，細胞膜表面具有抗體和補體的受體，有活躍的吞噬作用等。

單核吞噬細胞系統的功能，除吞噬、清除異物和衰老傷亡的細胞外，巨噬細胞在免疫應答中還具有重要作用：它是主要的抗原呈遞細胞，在免疫應答的起始階段，巨噬細胞能捕獲和處理抗原，巨噬細胞能把抗原最具特徵性的分子基因(抗原決定基)予以保留，並與巨噬細胞自身的MHC-II類分子結合，形成抗原肽-MHC分子複合物，將抗原肽呈遞給T細胞，促進免疫應答，故巨噬細胞是抗原呈遞細胞(antigen presenting cell, APC)；在免疫應答的效應階段，它又能聚集於病灶周圍，成為破環靶細胞和吞噬細菌的重要成分。此外，此係統還具有分泌多種生物活性物質(如溶菌酶、補體、腫瘤生長抑制因子)等功能。