整個clannad講述的是一個在命運的輪迴中尋找愛的故事，具體的邏輯順序是：

渚在小時候生了重病，小鎮的心願救了渚，從此與她聯絡在了一起，朋也與渚相遇，風子死去，心願前往幻想世界，遇見了幻想世界的少女。

汐從幻想世界得到生命，出生、渚死去、汐死去。汐選擇成為幻想世界的意志以人的形態進入幻想世界，失去了現實世界的記憶，朋也抱著深深的遺憾與未能達成的心願死去。朋也的心願進入幻想世界，遇見幻想世界的汐，由於汐是朋也心願的客體，他不自覺地留了下來，汐給朋也做了身體，兩人在幻想世界生活。

朋也要帶汐離開幻想世界，汐與幻想世界融合接近完畢，幻想世界冬天來臨，汐想起了現實世界的記憶以及自己想要拯救母親的心願汐告訴了朋也關於“光”的事情，並讓朋也去尋找“光”，汐移動了幻想世界的第四軸，使現實世界的時間回到了朋也與渚相遇的那一天。

朋也失去了在幻想世界的記憶，汐成為了幻想世界的意識，朋也與渚相遇，失去記憶的朋也即將再次重複悲劇，汐撥回了現實世界的時間朋也不斷在時間中來回迴圈

光集齊，小鎮的人們恢復了愛，幻想世界繁榮起來，渚生下了汐，小鎮的心願引發了奇蹟，救了渚

渚活了下來，汐也不再與幻想世界相連，她已經不是幻想世界中的那個少女了，一家人和小鎮一起幸福地生活著。幻想世界的少女來到了當年秋生祈禱產生奇蹟的那棵樹下，一切都獲得了幸福。