農業轉基因技術的安全性主要包括兩個方面，即食用安全和環境安全。科學證明經安全評價上市的轉基因產品是安全的。歐盟委員會歷時25年，組織500多個獨立科學團體參與的130多個科研專案得出的結論是“生物技術，特別是轉基因技術，並不比傳統育種技術危險”。世界衛生組織認為“目前尚未顯示轉基因食品批准國的廣大民眾使用轉基因食品後對人體健康產生了任何影響”。由於轉基因食品中有些成分是傳統食品中從來沒有的。現代生物技術將其他生物基因轉入植物，將病毒、細菌和非食物品種的外源基因，以及標記基因中的抗生素抗性基因等引入食用作物，都是傳統育種技術無法實現的。再者，現代遺傳工程學還比較年青，誰也說不清這些遺傳改變將來會產生什麼後果。因此，各國對這類食品的安全檢驗要求比用傳統方法培育生產的更加嚴格。截至2013年，國際上普遍採用的是以實質等同性原則為依據的安全性評價方法。擴充套件資料轉基因食品有較多的優點：可增加作物產量；可以降低生產成本；可增強作物抗蟲害、抗病毒等的能力；提高農產品耐貯性。例如：轉基因食品——土豆；縮短作物開發的時間；擺脫四季供應；打破物種界限，不斷培植新物種，生產出有利於人類健康的食品。轉基因食品也有缺點：所謂的增產是不受環境影響的情況下得出的，如果遇到雨雪的自然災害，也有可能減產更厲害。同時在栽培過程中，轉基因作物可能演變為農田雜草；可能透過基因漂流影響其他物種；轉基因食品可能會引起過敏等。