水箱和發動機一樣，都有外部和內部兩個清潔內容。水箱外部的清潔一般集中在春夏交接之際，因為經過一年的使用，汽車的水箱部位會堆積很多灰塵，甚至樹葉、塑膠布等，特別是經過了柳絮紛飛的季節之後，柳絮會大量堆積在水箱上。而水箱的工作目的是用來冷卻發動機的，這些堆積物會大大影響水箱的冷卻效果，甚至造成高溫引發發動機故障等。所以一般在夏季來臨之前，汽車就應該做一次水箱外部的全面清潔。

　　水箱的內部是和發動機連通的，這裡流淌著發動機迴圈過來的冷卻水，如果汽車冷卻系統，使用的是普通的自來水做冷卻介質，會導致發動機水套和水箱壁上沉積水垢。由於水垢的導熱效能差，會造成水箱散熱不良，甚至影響發動機正常工作，因此當發現水箱的冷卻效果不太理想的時候，必須及時清除水箱中的水垢。

　　水箱表面的清潔和其它地方不太一樣，因為水箱清潔要採用高壓氣泵，用高壓空氣吹出縫隙中的雜質，而不是一般的用水清洗。這種清潔方式最好找到不妨礙別人的空地上，以免吹出的灰塵形成二次汙染。對於內部的清洗主要是清除水箱壁上沉積的水垢，清除水箱水垢的方法主要是採用化學方法，即透過酸性或鹼性物質與水垢作用，使水垢轉化成可溶於水的物質而被清除。在選用酸或鹼溶液時，應考慮水垢的性質、清除水垢的效果，以及對清洗件是否有腐蝕作用等因素。要避免水垢的產生，就要注意水箱冷卻液的選用。好的防凍液不僅是低凝點，而且能抑制泡沫、防鏽、防電解和防水垢等等，所以建議車主最好使用專業的冷卻液。