深海捕撈會破壞眾多海洋生物的棲息地——海山，對海洋生態系統造成無法彌補的損失。海底火山擁有大量的深海珊瑚，同時也是數千種海洋生物的家園。大部分海山都處於無人管控的地區。由於一些國家對鱈魚等傳統魚類的過度捕撈使得它們的數量驟減，而如今捕魚船隊又將罪惡之手伸向橙連鰭鮭、金眼鯛、長尾鱈魚等棲息在深海的魚類，這不僅使這些魚類的數量減少，還破壞了太平洋、大西洋、印度洋等易受捕魚影響的地區生物多樣性和海山。深海拖網捕撈作業使得大量的近岸魚類被過度捕撈一光。大量研究顯示，底拖網捕魚作業對生態系統造成了災難性傷害，珊瑚、海綿、魚類和其它動物都受到捕殺。最新發布的衛星影象表明，大量的海洋沉積物都被海底拖網捕魚作業激起，同時，深海拖網作業對水下世界的干擾不可謂不大。由於大網要從海底拖曳而過，拖動海底的大石頭，因此珊瑚礁就會被碾碎，原本不打算抓捕的魚類和動物也會被網住，所有這些活動都會激起海底的沉積物，因而捕魚船後總是會尾隨一道道羽狀沉積物。捕魚也看是什麼方式的捕魚如果用絕戶網之類的方法去捕魚對生態的危害是很大的

爆破捕魚對海洋生態系統的破壞是毀滅性的，它會把大大小小的生物一併毀滅，生物的繁衍生息受到嚴重影響，短時間內生物多樣性銳減，生態平衡失調。落後國家捕魚技術落後，人的思想觀念落後，貧窮導致的食物需求,，管理不到位等