關於子嬰的身世並無定論。
最早記載子嬰事蹟的《史記》，對子嬰其人，有四種不同的說法：
一是“皇太子扶蘇的嫡長子”。《秦始皇本紀》：“立二世之兄子公子嬰為秦王。” （《六國年表》作“高立二世兄子嬰”）（這種說法認為“兄子”就是兄長的兒子）
二是“秦始皇之弟”。《李斯列傳》：“高 (趙高) 自知天弗與，群臣弗許，乃召始皇弟，授之璽。子嬰即位，患之，乃稱疾不聽事，與宦者韓談及其子謀殺高。”
三是“秦二世的兄長”。這一派認為《六國年表》的有關章句：“高立二世兄子嬰。”應該理解為“趙高擁立秦二世的兄長，子嬰為秦王。”
四是“始皇弟成嶠之子”。有學者認為《李斯列傳》集解引徐廣說“一本曰‘召始皇弟子嬰，授之璽’”中的“弟子”應理解為“弟弟的兒子”。
這幾種說法當中，“二世兄子”一說較為流行。從東漢班固一直到近現代，多采用這一說法。就連近幾年修訂出版的《辭海》和《辭源》這兩部著名的大辭典，也都一致認為子嬰是二世兄子，並指出是扶蘇之子。
亦有論者如楊善群、王蘧常、林劍鳴等人支援第二說，論點包括：
1.子嬰的遭遇、才幹及影響力並非任何屬秦二世同輩或後輩者所能企及。
2.據《秦始皇本紀》、《李斯列傳》記載，胡亥對待自己的兄弟絕不手軟，子嬰若為胡亥的兄長，為何能存活下來。
3.《秦始皇本紀》中敘述子嬰與“其子二人”謀殺趙高(與《李斯列傳》中所述殺趙高過程不同)，其子年齡至少有15-20歲左右，推斷子嬰年齡當為35-40歲左右，比秦始皇小10-15歲左右，作為扶蘇之子實在太大。
4.在兩漢時期的史書《史記》、《漢書》原文及《史記》三家注、顏師古注並無提及子嬰為扶蘇之子。
尚有學者李開元、馬百非等人提出第四說，論點如下：
1.有關《李斯列傳》集解引徐廣說“一本曰‘召始皇弟子嬰，授之璽’”中的“弟子”，應理解為“弟弟的兒子”。秦始皇的弟兄，見於文獻記載的有成蟜、其母趙姬與嫪毐所生的二子等三人。
2.《釋名·釋長幼》：“人始生曰嬰”。“嬰”之名，有初生兒，年幼兒的含義。
3.據有關史料推測，成蛟大約出生於前256年，子嬰大約出生於前240年。成蛟於前239年降趙時，其子此時約為2歲左右，並且可能留在秦國。
4.因與胡亥同輩且年齡較大，所以《六國年表》“高立二世兄子嬰”中的“二世兄”應理解為“秦二世的從兄”。與胡亥無皇位爭奪的利害關係，所以不在二世所欲清除的兄弟姐妹中，反而能站出來勸諫二世不要濫施誅殺。
迄今為止，學界中支援第一說的較多，因為第二說也有不完善之處：
1.皇室人口眾多，所以侄子年齡比叔叔大是經常發生的事。
2.子嬰是長孫，秦二世是幼子，那這種可能性會更大。
3.秦始皇在位時間很長，眾多子女的年齡跨度很大並不奇怪。扶蘇和胡亥相差20-30歲不是沒有可能。扶蘇的兒子年長於胡亥也有可能性。
4.史書只記載了秦二世殺害了自己的兄長，並未記載秦二世殺死自己的侄子，也就是說，子嬰是秦二世的侄子不是沒有可能。趙高比秦二世還要毒辣，若子嬰不是長孫，即位的可能性就很小，而且還很可能就沒有殺趙高的膽量。
關於子嬰的身世並無定論。
最早記載子嬰事蹟的《史記》，對子嬰其人，有四種不同的說法：
一是“皇太子扶蘇的嫡長子”。《秦始皇本紀》：“立二世之兄子公子嬰為秦王。” （《六國年表》作“高立二世兄子嬰”）（這種說法認為“兄子”就是兄長的兒子）
二是“秦始皇之弟”。《李斯列傳》：“高 (趙高) 自知天弗與，群臣弗許，乃召始皇弟，授之璽。子嬰即位，患之，乃稱疾不聽事，與宦者韓談及其子謀殺高。”
三是“秦二世的兄長”。這一派認為《六國年表》的有關章句：“高立二世兄子嬰。”應該理解為“趙高擁立秦二世的兄長，子嬰為秦王。”
四是“始皇弟成嶠之子”。有學者認為《李斯列傳》集解引徐廣說“一本曰‘召始皇弟子嬰，授之璽’”中的“弟子”應理解為“弟弟的兒子”。
這幾種說法當中，“二世兄子”一說較為流行。從東漢班固一直到近現代，多采用這一說法。就連近幾年修訂出版的《辭海》和《辭源》這兩部著名的大辭典，也都一致認為子嬰是二世兄子，並指出是扶蘇之子。
亦有論者如楊善群、王蘧常、林劍鳴等人支援第二說，論點包括：
1.子嬰的遭遇、才幹及影響力並非任何屬秦二世同輩或後輩者所能企及。
2.據《秦始皇本紀》、《李斯列傳》記載，胡亥對待自己的兄弟絕不手軟，子嬰若為胡亥的兄長，為何能存活下來。
3.《秦始皇本紀》中敘述子嬰與“其子二人”謀殺趙高(與《李斯列傳》中所述殺趙高過程不同)，其子年齡至少有15-20歲左右，推斷子嬰年齡當為35-40歲左右，比秦始皇小10-15歲左右，作為扶蘇之子實在太大。
4.在兩漢時期的史書《史記》、《漢書》原文及《史記》三家注、顏師古注並無提及子嬰為扶蘇之子。
尚有學者李開元、馬百非等人提出第四說，論點如下：
1.有關《李斯列傳》集解引徐廣說“一本曰‘召始皇弟子嬰，授之璽’”中的“弟子”，應理解為“弟弟的兒子”。秦始皇的弟兄，見於文獻記載的有成蟜、其母趙姬與嫪毐所生的二子等三人。
2.《釋名·釋長幼》：“人始生曰嬰”。“嬰”之名，有初生兒，年幼兒的含義。
3.據有關史料推測，成蛟大約出生於前256年，子嬰大約出生於前240年。成蛟於前239年降趙時，其子此時約為2歲左右，並且可能留在秦國。
4.因與胡亥同輩且年齡較大，所以《六國年表》“高立二世兄子嬰”中的“二世兄”應理解為“秦二世的從兄”。與胡亥無皇位爭奪的利害關係，所以不在二世所欲清除的兄弟姐妹中，反而能站出來勸諫二世不要濫施誅殺。
迄今為止，學界中支援第一說的較多，因為第二說也有不完善之處：
1.皇室人口眾多，所以侄子年齡比叔叔大是經常發生的事。
2.子嬰是長孫，秦二世是幼子，那這種可能性會更大。
3.秦始皇在位時間很長，眾多子女的年齡跨度很大並不奇怪。扶蘇和胡亥相差20-30歲不是沒有可能。扶蘇的兒子年長於胡亥也有可能性。
4.史書只記載了秦二世殺害了自己的兄長，並未記載秦二世殺死自己的侄子，也就是說，子嬰是秦二世的侄子不是沒有可能。趙高比秦二世還要毒辣，若子嬰不是長孫，即位的可能性就很小，而且還很可能就沒有殺趙高的膽量。