1600年，德川家康取得關原之戰勝利後，很快建立起幕府政權。為增強統治合法性，家康曾首先從天皇入手，畢竟天皇是日本最具代表性的政治象徵，要是能夠獲得天皇的認可，合法性便不言自明。

於是，1603年，家康主動向天皇拜賜“徵夷大將軍”稱號，如願以償，這樣其統治就有了合法色彩。進而家康以信長、秀吉為榜樣，神化自我，以“東照大權現”自謂，一面將自己比作救世主，一面突出自己神道聖光的特質。還讓後人以天皇伊勢神宮為仿照物件，擴大建設東照神宮，於是連天皇信使都要去拜謁，這樣幕府的威信便大為提高。

這還不夠，家康後世子孫又進一步從儒學、佛教和神道中尋求統治合法化的哲學註解，最終拼湊成可以為等級制度進行合理解釋的理論信條，這樣家康就成了基業創立的聖人，言行足以對後世起到垂範作用，而這種體制據說是源自宇宙萬物的固有序列，這就凸顯了家康的英明，幕府統治的合法性也就得以強化。

顯然，推翻幕府統治的明治政府也必須讓自己的統治具有合法性，那麼它是如何做到的呢？

幕府晚期，西方列強大舉侵犯日本主權，1854年，日本國門被“踹開”，4年後，更進一步，在《日美友好通商條約》中，日本不僅失去了關稅自主權，還讓對方擁有治外法權，日本開始進入半殖民地的危險境地。

鑑於此，武士們決定高舉“尊王攘夷”的旗號，打擊侵略者，而這樣的口號在得到天皇默許後，行動就有了合法性。但是，在1863年6月抗擊美艦過程中，幕府卻遲遲不派軍隊馳援，使得幕府的反動和武士革命的正當性形成鮮明對比。

既然幕府在國家危機面前如此貪生怕死，軟弱無能，那麼勤王志士只有將矛頭對準幕府。1864年，儘管在打擊幕府軍的戰鬥中沒有取得優勢，不過長州志士反而士氣不減，在大量招募農民入伍後，革命隊伍不斷壯大。1865年，高杉晉作的奇兵隊擊敗長州藩軍，奪取了藩領導權，這樣幕府的命運便岌岌可危。

到了1867年11月，幕府在武士革命的沉重打擊下，已經別無選擇，只好“大政奉還”，而薩長聯軍乘勢救出天皇，實行維新。1868年初，天皇宣佈廢除幕府，設立Quattroporte、議定及參與三職，意味著二百餘年的幕府統治壽終正寢，臨時政府成立。

縱觀幕府統治，完全是將軍一人說了算，官僚體制權責疊加嚴重，效率不高，透明度幾乎為零。

與之相反的是，新政府中，朝廷公卿、大名及武士分別擔任Quattroporte、議定、參與之職，他們各司其職，各自履行職責，有著幕府時期沒有的權利。

後來，新政府還設立太政官作為國家的最高權力機關，並設太政大臣和左右兩院。左院負責立法，右院負責草擬政令。在太政大臣下面又設負責財政、外交及工業的大藏省、外務省和工部省，權責分明，職務明確。

1885年，政府開始實行內閣制，1889年，隨著明治憲法的誕生，國會也開始出現，這樣明治政府處理政務逐漸進入民主化、法制化軌道。

此外，明治政府還打破原來的用人機制，廢除世襲制，讓真正有才學的人都能得到重用。具體做法是，恢復考試製度，擇優錄用。

1887年，明治政府要求必須透過選拔考試來為國家各部會輸送人才，預示著武士、農民、工匠及商人等都能夠有機會參與考試，畢竟早在15年前就實行了“四民平等”之策。

總之，明治政府的合法性與德川幕府有著根本區別，表現為成立之前的革命就具有合法的性質，加上政府所有的職位都能在法律框架下有效行使，公開透明，比起幕府將軍搞獨裁化要民主得多，而考試用人制度更是將明治政府的合法性彰顯了出來。