（1）在承包人完成累計金額達到合同總價一定比例（雙方合同約定）後，採用等比率或等額扣款的方式分期抵扣。也可針對工程實際情況具體處理，如有些工程工期較短、造價較低，就無需分期扣還；（2）從未完施工工程尚需的主要材料及構件的價值相當於工程預付款數額時起扣，從每次中間結算工程價款中，按材料及構件比重抵扣工程預付款，至竣工之前全部扣清。其中，起扣點的計算公式如下：T=P-M/N式中T——起扣點，即工程預付備料款開始扣回時的累計已完成工程價值；M——工程預付款數額；N——主要材料及構件所佔比重；P——承包工程合同總額。擴充套件資料：一、工程預付款起扣點不含保脩金的計算：例如：某項工程合同價100萬，預付備料款數額為20萬，主要材料、構件所佔比重80%，問：起扣點為多少萬元？按起扣點計算公式：T=P－M/N=100-20/80%=75萬元則 當工程量完成75萬元時，本項工程預付款開始起扣。工程預付款起扣點含保脩金的計算：二、如果承包合同中約定，工程質量保脩金從承包人每月的工程款中按比例扣留的話，工程預付款起扣點應為T=P(1-K)-M/N，式中，T—起扣點，即預付款開始扣回的累計應付工程款（累計完成工作量金額-相應質量保證金）；K—質量保脩金率；M—預付備料款數額；N—主要材料，構件所佔比重；P—承包工程價款總額（或建安工作量價值） [1] 。例如：某項工程合同價100萬，預付備料款數額為24萬，主要材料、構件所佔比重60%，質量保脩金為承包合同價的10%，發包人從承包人每月的工程款中按比例扣留，問：起扣點為多少萬元？按起扣點計算公式：T=P(1-K)－M/N=100(1-10%)-24/60%=50萬元，則當應付工程款為50萬元（對應完成工作量金額為50/(1-10%)=55.56萬元）時，本項工程預付款開始起扣。

計算公式預付的工程款必須在合同中約定扣回方式，常用的扣回方式：（1）在承包人完成累計金額達到合同總價一定比例（雙方合同約定）後，採用等比率或等額扣款的方式分期抵扣。也可針對工程實際情況具體處理，如有些工程工期較短、造價較低，就無需分期扣還；有些工期較長，如跨年度工程，其預付款的佔用時間很長，根據需要可以少扣或不扣。（2）從未完施工工程尚需的主要材料及構件的價值相當於工程預付款數額時起扣，從每次中間結算工程價款中，按材料及構件比重抵扣工程預付款，至竣工之前全部扣清。其中，起扣點的計算公式如下：T=P-M/N式中T——起扣點，即工程預付備料款開始扣回時的累計已完成工程價值；M——工程預付款數額；N——主要材料及構件所佔比重；P——承包工程合同總額。擴充套件資料預付款數額的約定按照中國的法律法規規定，預付款的比例為合同金額的10%~30%，在訂立合同時不應超出此範圍。《建設工程價款結算暫行辦法》第十二條的規定：“包工包料工程的預付款按合同約定撥付，原則上預付比例不低於合同金額的10%，不高於合同金額的30%，對重大工程專案，按年度工程計劃逐年預付。計價執行《建設工程工程量清單計價規範》（GB50500—2003）的工程，實體性消耗和非實體性消耗部分應在合同中分別約定預付款比例。”