魚缸過濾器是透過一定的原理將魚缸中的雜質吸附，再清理出來，還給魚兒一個健康清潔的家園。魚缸過濾器的過濾原理有四種，魚缸過濾器的方式必須要達到兩種或兩種以上才算合格。

魚缸過濾器原理1—物理過濾

物理過濾：物理過濾是比較表面的清理方法。魚缸過濾器就是運用機械的辦法將魚缸中的大型雜質撈出，比如：魚兒吃剩下的私聊、死魚的屍骨、魚兒的排洩物、分泌物。嘔吐物、體表粘液等等有害雜質。物理性質的魚缸過濾器一般是用海綿、噴膠棉、細網目的尼龍網、棕櫚葉纖維等。一般都是放在浴缸過濾器的前方。

魚缸過濾器原理2—化學過濾

化學過濾：化學過濾器是運用一些化學藥劑對魚缸中的水進行清潔。所使用的製劑有水質安定劑、絮凝劑、除藻劑、蛋白質分解劑、除臭劑等等。化學性質的魚缸過濾器是對水質本身進行一些淨化，而不是對水中大顆粒物質進行排除。

魚缸過濾器原理3—生物過濾

生物過濾：這是一種很具有科學性質的過濾方法，需要很專業的人員進行操作，一般都是在大型水族館才使用。生物性質的魚缸過濾器可以透過培養細菌等等來增加水中的營養，促進魚兒的生長。常用的濾料有：生化球、陶瓷環、玻璃環、珊瑚砂等等。

魚缸過濾器原理4—吸附過濾

吸附過濾：吸附性質的魚缸過濾器是用煤炭、幹木材、果殼、動物骨等含碳量極高的物質能吸附海水中的蛋白質、微量元素、脫色、除異味，連臭氧的分子也能被它吸收。魚兒的尿液，水中的微藻以及藥物也都能被它吸附掉。就像家裡的飲水機一樣，將淨化器放在水裡就可以除去水中的雜質、異味。