電子公章的申請使用電子公章的組織（或個人）首先需要到電子公章（管理）中心（平臺）申請電子公章，在履行完正常手續並確認無誤、合法的情況下，為申請者製作電子公章，並將製作好的電子公章匯入特定的儲存介質，如USB-Key或IC卡等，並提交給申請者。電子公章產品提供商給使用者提供電子公章的同時，還會提供一套電子公章客戶端系統。這套系統應該安裝在電子公章保管者所使用的終端電腦中。電子公章客戶端系統的主要作用就是用於進行蓋章、驗章以及電子公章管理等功能。電子公章的使用和傳統印章的使用方式基本相同。如上所述，首先需要有一臺專用的電子公章客戶端系統，該系統由電子公章管理平臺（電子公章中心）提供並安裝在特定的電腦終端上。
接下來的步驟一般是：
(1)得到有關主管領導的批准。
(2)將存有電子公章的實體（如USBKey）插入電腦終端的USB介面。
(3)啟動電子公章客戶端系統。
(4)讀入需要加蓋電子公章的電子文書。
(6)系統提示輸入印章實體的pin碼。
(7)輸入正確的電子公章使用pin碼，則該文書就被蓋上電子公章了。
《電子簽名法》賦予電子公章法律效力之後，安全的電子公章將會逐步取代傳統印章，從而使電子檔案取代紙質檔案，這就可以實現應用流程的全程資訊化，可以實現真正的無紙辦公
驗證帶有電子公章的電子文書時，也需要裝有電子公章客戶端系統的終端電腦。當帶有電子公章的電子文書被開啟後，電子公章客戶端系統會自動驗證該電子文書的電子公章是否有效。如果電子文書被非授權修改過，或電子公章是被複制貼上在當前的電子文書上的，則電子公章客戶端系統能夠發現並立即警告使用者電子文書已被修改過或電子文書上所加蓋的是無效電子公章，且使得電子公章不能正常顯示，從而達到了保護電子文書的完整性以及檢驗電子公章和特定的電子文書必須是相關聯的目的。
若發生電子公章遺失事件，應立即到電子公章平臺（中心）進行掛失，其過程與證書作廢處理方式基本相似。電子公章技術以先進的數字技術模擬傳統實物印章，其管理、使用方式符合實物印章的習慣和體驗，其加蓋的電子檔案具有與實物印章加蓋的紙張檔案相同的外觀、相同的有效性和相似的使用方式。電子簽名是電子形式的資料，是與資料電文（電子檔案、電子資訊）相聯絡的用於識別簽名人的身份和表明簽名人認可該資料電文內容的資料。電子簽名是基於國際PKI標準的網上身份認證系統，數字證書相當於網上的身份證，它以數字簽名的方式透過第三方權威認證有效地進行網上身份認證，幫助各個主體識別對方身份和表明自身的身份，具有真實性和防抵賴功能。與物理身份證不同的是，數字證書還具有安全、保密、防篡改的特性，可對企業網上傳輸的資訊進行有效保護和安全的傳遞。以下是其優點：
(1)電子公章克服了傳統印章的許多缺陷，安全性有了更好的保障。
(2)電子公章符合傳統習慣，在傳統辦公行文模式向資訊化辦公行文模式過渡階段，使得電子簽名視覺化，對電子簽名的推廣應用起到了促進作用。
(3)方便異地蓋章，節約了辦公成本提高了辦公效率。
電子公章的申請使用電子公章的組織（或個人）首先需要到電子公章（管理）中心（平臺）申請電子公章，在履行完正常手續並確認無誤、合法的情況下，為申請者製作電子公章，並將製作好的電子公章匯入特定的儲存介質，如USB-Key或IC卡等，並提交給申請者。電子公章產品提供商給使用者提供電子公章的同時，還會提供一套電子公章客戶端系統。這套系統應該安裝在電子公章保管者所使用的終端電腦中。電子公章客戶端系統的主要作用就是用於進行蓋章、驗章以及電子公章管理等功能。電子公章的使用和傳統印章的使用方式基本相同。如上所述，首先需要有一臺專用的電子公章客戶端系統，該系統由電子公章管理平臺（電子公章中心）提供並安裝在特定的電腦終端上。
接下來的步驟一般是：
(1)得到有關主管領導的批准。
(2)將存有電子公章的實體（如USBKey）插入電腦終端的USB介面。
(3)啟動電子公章客戶端系統。
(4)讀入需要加蓋電子公章的電子文書。
(6)系統提示輸入印章實體的pin碼。
(7)輸入正確的電子公章使用pin碼，則該文書就被蓋上電子公章了。
《電子簽名法》賦予電子公章法律效力之後，安全的電子公章將會逐步取代傳統印章，從而使電子檔案取代紙質檔案，這就可以實現應用流程的全程資訊化，可以實現真正的無紙辦公
驗證帶有電子公章的電子文書時，也需要裝有電子公章客戶端系統的終端電腦。當帶有電子公章的電子文書被開啟後，電子公章客戶端系統會自動驗證該電子文書的電子公章是否有效。如果電子文書被非授權修改過，或電子公章是被複制貼上在當前的電子文書上的，則電子公章客戶端系統能夠發現並立即警告使用者電子文書已被修改過或電子文書上所加蓋的是無效電子公章，且使得電子公章不能正常顯示，從而達到了保護電子文書的完整性以及檢驗電子公章和特定的電子文書必須是相關聯的目的。
若發生電子公章遺失事件，應立即到電子公章平臺（中心）進行掛失，其過程與證書作廢處理方式基本相似。電子公章技術以先進的數字技術模擬傳統實物印章，其管理、使用方式符合實物印章的習慣和體驗，其加蓋的電子檔案具有與實物印章加蓋的紙張檔案相同的外觀、相同的有效性和相似的使用方式。電子簽名是電子形式的資料，是與資料電文（電子檔案、電子資訊）相聯絡的用於識別簽名人的身份和表明簽名人認可該資料電文內容的資料。電子簽名是基於國際PKI標準的網上身份認證系統，數字證書相當於網上的身份證，它以數字簽名的方式透過第三方權威認證有效地進行網上身份認證，幫助各個主體識別對方身份和表明自身的身份，具有真實性和防抵賴功能。與物理身份證不同的是，數字證書還具有安全、保密、防篡改的特性，可對企業網上傳輸的資訊進行有效保護和安全的傳遞。以下是其優點：
(1)電子公章克服了傳統印章的許多缺陷，安全性有了更好的保障。
(2)電子公章符合傳統習慣，在傳統辦公行文模式向資訊化辦公行文模式過渡階段，使得電子簽名視覺化，對電子簽名的推廣應用起到了促進作用。
(3)方便異地蓋章，節約了辦公成本提高了辦公效率。