南非大部分地區春夏秋冬四季分明,但時間與北半球正好相反,12月－2月為夏季,6－8月為冬季.由於地勢較高,南非的氣溫通常低於同緯度的國家和地區,但冬無嚴寒,個別地區的最低溫度也不過在－10攝氏度左右.一般情況下,夏天也無酷暑.

南非的氣候可以劃分為五種截然不同型別的地區：沙漠和半沙漠型別地區、地中海型別地區、熱帶草原型別地區、溫帶草原型別地區和雨林型別地區.南非絕大部分地區屬於熱帶草原型別氣候,夏季多雨,冬季乾燥.南非南北雖然跨越了13個緯度,但南北氣溫和氣候差異並不明顯.影響氣溫的因素主要是地勢的高低和洋流的不同.由於受印度洋暖流和大西洋寒流的影響,南非東海岸和西海岸的氣候差異非常明顯.東部溫暖、潮溼,而西部則比較乾旱.

南非日照充足,但降雨較少,年均降雨量僅有464毫米,大大低於857毫米的世界年平均降雨量.而且降雨量的分佈也極不平均,全國約有21％的地區降雨量不足200毫米,48％的地區降雨量在200－600毫米之間,僅有31％的地區降雨量超過600毫米.在西部的有些地區,年降雨量甚至不足50毫米.

由於降雨量較少,因此南非的河流和湖泊數量不多,而且河流也大多是季節性河流,枯水期較長.南非最主要的河流有橫貫整個中部的奧蘭治河和北部邊界的林波波河.奧蘭治河上游分為奧蘭治河和瓦爾河,全長2340公里,匯水面積60多萬平方公里,流量為120多億立方米,佔全國河流總流量的近四分之一.