這個就要從宇智波一族和木葉村高層之間的矛盾說起，在大蛇丸召喚四任火影后也曾提到導致這種滅族慘案的根源還是二代火影把宇智波一族安排到警備管理位置，長期與罪犯接觸自然會導致招人狠，這是很自然的事，而宇智波一族又覺得自己逐漸被村子邊緣化，甚至離村子管理層越來越遠，長期下去勢必會導致矛盾。

當年宇智波一族已經籌備謀反，想要奪取木葉村的實權，也提前派出了宇智波鼬進入暗部，實際上想透過宇智波鼬臥底的身份給謀反做準備，但奈何宇智波鼬被三代等高層策反，反倒是成為木葉村高層安插在宇智波一族的臥底，於是宇智波鼬就成了雙面臥底。

宇智波一族要謀反前夕，宇智波鼬就考慮到這場政變會導致到村子的和平不在，即使哪一方贏了都會是損失村子的力量，所以才跟三代協商讓宇智波一族滅族，這才是根本的原因。

宇智波一族被悄悄滅族，往大義的角度來看，他忠於木葉，對造反的人處於滅族沒什麼不對，能被村子裡其他人理解自然說的過去，但從家族的角度來看，宇智波一族培養了鼬，結果卻幫著外人來滅族，絕對是族人的恥辱，是不可能被原諒的，但宇智波一族都死的差不多了，死人又不會說不原諒他，留下來那幾個對家族怎麼樣也不會太關心。

其實說到底宇智波鼬被封神完全是由勝利的一方說的，如果如果宇智波一族沒死光，估計鼬的名聲就要臭了，叛徒的標籤肯定是少不了的。