營養系矮化中間砧苗指在基砧（實生砧）上嫁接營養系矮化中間砧，留取一定長度中間砧段，在其上嫁接品種接穗或芽而培育成的苗木。一般需要2～3年時間。可採用常規繁殖、分段芽接、雙重枝接以及雙芽靠接等方法進行繁殖。

常規法：第一年培育基砧苗並芽接中間砧芽，第二年春季剪砧後，使中間砧生長，並在中間砧離基砧15～20釐米處芽接接穗品種，第三年春在接穗品種芽上端剪砧，使接穗品種生長，到秋季可培育出矮化中間砧嫁接苗。此法繁殖矮化中間砧木苗需三年時間出圃。

分段芽接：在作中間砧的母樹1年生枝條上，每隔20～25釐米嫁接一接穗品種的芽。冬季分段剪下，第二年春季，將帶有接穗品種芽的中間砧段，用枝接方法嫁接在準備好的基砧距地面5釐米左右處，到秋季就可培育成矮化中間砧嫁接苗。

雙重枝接：先準備好基砧苗和中間砧段，在冬季或早春，將栽培品種用切接方法嫁接在20～25釐米長的中間砧枝段上，用塑膠條綁緊包嚴，然後經過沙藏、到春季用切接方法將帶有栽培品種芽的中間砧段嫁接到基砧上，到秋季即可培育成矮化中間砧嫁接苗。

雙芽接靠接：在1年生基砧距基部3～5釐米處芽接矮化中間砧芽，距中間砧5～7釐米的對面芽接栽培品種。翌春，從栽培品種芽的上方剪砧，同時在中間砧芽的上方刻傷，促使兩個接芽同時萌發生長。夏季將中間砧和品種枝條靠接，靠接成活後，剪去矮化砧枝段，到秋季即可培育成矮化中間砧成苗。