結局：苗族已長期飽受旱災之苦，民不聊生，黑白二苗之間彼此爭戰不休。痊癒後的靈兒來到女媧神廟，施法用五顆靈珠召喚來雨水，終於解除苗疆的旱災，族人全部歡喜慶祝。這時突然出現魔獸，三人擊倒後順著魔獸留下的地道來到南詔王宮，確認這一切又是拜月教主挑撥離間黑白苗兩族的計劃。
眾人奮力擊敗拜月教主，此時拜月教主卻跳入水中解除封印與水魔獸合二為一，遇水不死(舊版只需擊倒拜月教主，新版則需再多擊倒一次拜月教主與水魔獸的合體)。為拯救蒼生，靈兒最終決定和巫後一樣，犧牲自己與拜月教主同歸於盡，完成女媧世代守護人民的宿命。
靈兒過世後，傷心欲絕的李逍遙於是動身離開苗疆，一旁阿奴只能哀傷地奏笛送流水無情的逍遙逐漸遠去。在大雪紛飛之中，卻見到遠方林月如抱著李憶如在樹下等候…..故事完。
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擴充套件資料：
仙劍奇俠傳採用分支結局制，除了原本結局，亦有以下增補劇情：
1、林月如結局
八年後，李逍遙繼任蜀山仙劍派掌門，一日，回到蘇州林家堡探親，李憶如卻被不知名的俠盜綁走，李逍遙隨後追到隱龍窟，才發現兩名俠盜是李憶如與丫鬟所假扮，李逍遙欲將李憶如追回且教訓，不料遇見八年前在揚州被李逍遙擊敗而入獄八年的女飛賊姬三娘;
後來才發現，因李逍遙忙於教導仙劍派弟子，半年沒回林家探親，誤以為李逍遙忘了林月如和李憶如，林月如一氣之下，假扮姬三娘，計劃惡整李逍遙，最後在複雜中和解，並且要實現當年在長安尚書府時立下的承諾：一切安頓好後，兩人要看遍天下山水、吃遍天下珍味。李逍遙、林月如、李憶如一干人等，立誓三人永不分離。
2、趙靈兒結局
八年後，趙靈兒還活著，李大娘將客棧交給張四，與李逍遙、趙靈兒、李憶如移居仙靈島。一日，李憶如和小草妖玩捉迷藏玩過頭，差點被李大娘大罵一場，李逍遙出門尋找李憶如，走到橋邊時看到靈兒回憶著往昔，不禁感慨萬千，逍遙說只願永遠和靈兒廝守在一起。後來淘氣的憶如回來，父女倆鬥嘴，靈兒勸。回水月宮後李憶如從房間拿出自己畫的全家福畫給爹孃欣賞，畫裡還多畫出了不知道是阿奴還是巫後。
結局：苗族已長期飽受旱災之苦，民不聊生，黑白二苗之間彼此爭戰不休。痊癒後的靈兒來到女媧神廟，施法用五顆靈珠召喚來雨水，終於解除苗疆的旱災，族人全部歡喜慶祝。這時突然出現魔獸，三人擊倒後順著魔獸留下的地道來到南詔王宮，確認這一切又是拜月教主挑撥離間黑白苗兩族的計劃。
眾人奮力擊敗拜月教主，此時拜月教主卻跳入水中解除封印與水魔獸合二為一，遇水不死(舊版只需擊倒拜月教主，新版則需再多擊倒一次拜月教主與水魔獸的合體)。為拯救蒼生，靈兒最終決定和巫後一樣，犧牲自己與拜月教主同歸於盡，完成女媧世代守護人民的宿命。
靈兒過世後，傷心欲絕的李逍遙於是動身離開苗疆，一旁阿奴只能哀傷地奏笛送流水無情的逍遙逐漸遠去。在大雪紛飛之中，卻見到遠方林月如抱著李憶如在樹下等候…..故事完。
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擴充套件資料：
仙劍奇俠傳採用分支結局制，除了原本結局，亦有以下增補劇情：
1、林月如結局
八年後，李逍遙繼任蜀山仙劍派掌門，一日，回到蘇州林家堡探親，李憶如卻被不知名的俠盜綁走，李逍遙隨後追到隱龍窟，才發現兩名俠盜是李憶如與丫鬟所假扮，李逍遙欲將李憶如追回且教訓，不料遇見八年前在揚州被李逍遙擊敗而入獄八年的女飛賊姬三娘;
後來才發現，因李逍遙忙於教導仙劍派弟子，半年沒回林家探親，誤以為李逍遙忘了林月如和李憶如，林月如一氣之下，假扮姬三娘，計劃惡整李逍遙，最後在複雜中和解，並且要實現當年在長安尚書府時立下的承諾：一切安頓好後，兩人要看遍天下山水、吃遍天下珍味。李逍遙、林月如、李憶如一干人等，立誓三人永不分離。
2、趙靈兒結局
八年後，趙靈兒還活著，李大娘將客棧交給張四，與李逍遙、趙靈兒、李憶如移居仙靈島。一日，李憶如和小草妖玩捉迷藏玩過頭，差點被李大娘大罵一場，李逍遙出門尋找李憶如，走到橋邊時看到靈兒回憶著往昔，不禁感慨萬千，逍遙說只願永遠和靈兒廝守在一起。後來淘氣的憶如回來，父女倆鬥嘴，靈兒勸。回水月宮後李憶如從房間拿出自己畫的全家福畫給爹孃欣賞，畫裡還多畫出了不知道是阿奴還是巫後。