鞭毛蟲有很多種

①自養性營養(或稱植物性營養)，即體內有色素體，能行光合作用自己製造養料，如衣滴蟲；

②腐生性營養，體內無色素體，借體表滲透作用攝取周圍環境中呈溶解狀態的有機物，如錐蟲；

③動物性營養，以胞口等攝取或吞噬外界固體食物，如變形蟲、草履蟲等。另外，如綠眼蟲等，尚有混合性營養方式，即在有光條件下，可行光合作用，自制養料；在無光條件下則進行腐生性營養。無性生殖的一般為縱二分裂，也有出芽生殖的；有性生殖則為同配或異配生殖。分佈極廣，自由生活於淡水、海洋和潮溼的土壤中，少數營寄生生活，有些是人畜的病原體，如錐蟲、利什曼原蟲、毛滴蟲等。約有2000餘種，分2亞綱。[2]

植鞭亞綱Phytomastigina都具有色素體，可行光合作用即進行植物性營養。澱粉及副澱粉是其主要的食物貯存物，有無性生殖和有性生殖，蟲體通常具有2根鞭毛，體表為皮膜或纖維素細胞壁，自由生活。(如盤藻，扁眼蟲，夜光蟲，角鞭毛蟲）

動鞭亞綱Zoomastigina沒有色素體，行動物性營養或腐生性營養，糖元是其食物貯存物，不行有性生殖，有一到數根鞭毛，蟲體表面只有細胞膜，除少數種類自由生活外，多數種類在多細胞動物體內營共生或寄生生活。（如管領鞭毛蟲，原滴蟲性，利什曼蟲型，錐蟲，披髮蟲）[