圖位克隆(Map-basedcloning)又稱定位克隆(positionalcloning)，1986年首先由劍橋大學的AlanCoulson提出，用該方法分離基因是根據目的基因在染色體上的位置進行基因克隆的一種方法，在利用分子標記技術對目的基因進行精確定位的基礎上，使用與目的基因緊密連鎖的分子標記篩選DNA文庫，從而構建目的基因區域的物理圖譜，再利用此物理圖譜透過染色體步行逼近目的基因或透過染色體登陸的方法最終找到包含該目的基因的克隆，最後透過遺傳轉化和功能互補驗證最終確定目的基因的鹼基序列。

圖位克隆的特點是無需預先知道基因的DNA順序，也無需預先知道其表達產物的有關資訊，但應有以下兩方面的基本情況。一是有一個根據目的基因的有無建立起來的遺傳分離群體，如F2、DH、BC、RI等。二是開展以下幾項工作：

1)首先找到與目標基因緊密連鎖的分子標記；

2)用遺傳作圖和物理作圖將目標基因定位在染色體的特定位置；

3)構建含有大插入片段的基因組文庫(BAC或YAC庫)；

4)以與目標基因連鎖的分子標記為探針篩選基因組文庫；

5)用獲得陽性克隆構建目的基因區域的跨疊群；

6)透過染色體步行、登陸或跳躍獲得含有目標基因的大片段克隆；

7)透過亞克隆獲得帶有目的基因的小片段克隆；

8)透過遺傳轉化和功能互補驗證最終確定目標基因的鹼基序列，步驟見圖4-10。下面將對其中幾個關鍵環節予以敘述。