克隆基因有正向遺傳學途徑和反向遺傳學途徑。正向遺傳學途徑由被克隆基因的產物或表現型突變著手進行，而反向遺傳學途徑是根據特定核苷酸序列或其在基因組中的位置來實現克隆。現在還不瞭解大多數抗病基因的產物及其調控機制，植物抗病突變體也難以建立，由於這些原因，已獲得的抗病基因，都是用反向遺傳學途徑克隆的。用反向遺傳學途徑克隆抗病基因，應用最多的有兩種技術，即轉座子標記法和圖位克隆法。利用轉座子標記法時，目的基因最好是顯性單基因，其表型特徵明顯，得以準確快速地篩選到抗病突變體。目的基因還應相當穩定，以免轉座子插入突變體被自發突變體所掩蓋。所選用的轉座子應有足夠高的轉座效率，轉座子插入位點的隨機性、插入突變頻率過低、轉座行為異常以及突變體選擇系統不完善等，都會限制該法的應用。圖位克隆法，又稱定位克隆法或作圖克隆法，是首先由劍橋大學的AlanCoulson（1986）提出的。該法根據目標基因在染色體上的位置進行克隆，無需預先知道基因的DNA順序和表達產物的有關資訊。但需預先建立具有目標基因的適宜遺傳分離群體，如雜交子代群體、回交子代群體、DH群體、RI群體等。使用圖位克隆法要開展以下幾項工作：

①首先找到與目標基因緊密連鎖的分子標記；

②用遺傳作圖或物理作圖，將目標基因定位在染色體的特定位置上；

④以目標基因連鎖的分子標記為探針，篩選基因組文庫；

⑤用獲得的陽性克隆構建目的基因區域的跨疊群；

⑥透過染色體步行、登陸或跳躍，獲得含有目標基因的大片段克隆；

⑦透過亞克隆獲得含有目的基因的小片段克隆；