中樞性疼痛的患者常有明顯的原發性中樞神經系統病變的臨床表現，如深淺感覺障礙、運動功能障礙、反射異常等，而患者的疼痛症狀較為突出，在病程中的某個階段往往成為主訴，併成為制約患者功能的重要問題，嚴重降低患者的生存質量。

　　中樞性疼痛不論產生於腦水平的損害，還是脊髓水平的損害，都有以下共同特點：疼痛常延遲於原發性損害(誘發因素)之後出現，如丘腦卒中1周或數週後疼痛症狀開始出現，有的甚至“潛伏”數月。疼痛的區域常與軀體感覺障礙或消失的區域部分或全部相一致，即臨床檢查時發現有感覺減退或感覺喪失的肢體而為患者主訴疼痛的肢體。疼痛的性質與外周神經損害所致的非傳入性疼痛相類似，患者描述的常為持續性鈍痛、麻刺樣痛、燒灼樣痛或束帶緊箍感。疼痛性質較為固定，有時可有短暫性刀割樣或電山樣急性疼痛發作。程度上多為中度至重度，甚至難以忍受。在分佈上也可有改變。伴隨疼痛的情感色彩較重，以致常被誤認為是純粹的心理問題。隨著情緒的波動，疼痛程度明顯起伏。

　　發生在腦水平的中樞痛，以丘腦痛為例，臨床表現為對側身體彌散性、難以忍受的持續性燒灼樣或麻刺樣疼痛，身體受涉部位存在感覺減退的同時常伴有痛覺過敏(hyperpathia)，非傷害性刺激亦可引起異常不適或劇痛，如觸控可引起機械性刺激疼痛(mechanoallodynia)；接觸溫水可引起溫熱性痛覺過敏(thermalhyperalgesia)等。部分患者受涉部位可無明顯感覺減退。

　　發生在脊髓水平的中樞痛，以脊髓損傷為例，不論是完全斷離性損傷還是部分損傷都可出現中樞性疼痛，臨床表現有所不同。完全性損傷時，在損傷平面以下，感覺完全消失的同時可有幻肢痛(或幻體痛)，患者常描述為持續性燒灼樣、束帶緊箍樣或擠壓樣疼痛，疼痛程度在晝夜當中有波動，多於傍晚或夜間加重。對其遠端肢體給予機械或溫熱刺激，疼痛不加重。此外，患者常有損傷平面以下內臟脹痛或異常不適感。不完全損傷時，受累肢體在感覺減退的同時，常伴有痛覺過敏，患者拒絕觸控甚至拒絕蓋被子。自發性疼痛常為燒灼樣疼痛，刀割樣或放電樣劇痛。部分患者在疼痛時喜歡接受肢體按摩等粗大刺激。