1、物件不同

稽查是對於行政相對人，如稅務稽查大隊，一般負責偷稅漏稅，作出的是外部行政行為。監察的物件是行政機關、公務員，大部分是關於人事任和行政命令執行等情況，一般做出內部行政行為。

2、範圍不同

申辦者和藥監管理部門都可組織稽查，監查員的工作涉及整個試驗過程，而稽查可以就整個試驗過程也可就某個問題進行稽查。

3、方式不同

監查是申辦者透過委派監查員，檢查試驗的進行情況，包括試驗的進度與質量，並核實資料，最後向申辦者提供書面報告。稽查指由不直接涉及試驗的人員所進行的一種系統性檢查，以評價試驗的實施，資料的記錄和分析是否與試驗方案、標準操作規程以及藥物臨床試驗相關法規要求相符。

監察委員會依照本法和有關法律規定履行監督、調查、處置職責：

1、對公職人員開展廉政教育，對其依法履職、秉公用權、廉潔從政從業以及道德操守情況進行監督檢查。

2、對涉嫌貪汙賄賂、濫用職權、翫忽職守、權力尋租、利益輸送、徇私舞弊以及浪費國家資財等職務違法和職務犯罪進行調查。

3、對違法的公職人員依法作出政務處分決定；對履行職責不力、失職失責的領導人員進行問責；對涉嫌職務犯罪的，將調查結果移送人民檢察院依法審查、提起公訴；向監察物件所在單位提出監察建議。