農民專業合作社的基本原則體現了農民專業合作社的價值，是農民專業合作社成立時的主旨和基本準則，也是對農民專業合作社進行定性的標準，體現了農民專業合作社與其他市場經濟主體的區別。只有依照這些基本原則組建和執行的合作經濟組織才是《農民專業合作社法》調整範圍內的農民專業合作社，才能享受《農民專業合作社法》規定的各項扶持政策，這些基本原則貫穿於《農民專業合作社法》的各項規定之中。

按照《農民專業合作社法》第三條的規定，農民專業合作社應當遵循的基本原則有以下五項：

（1）成員以農民為主體。

為堅持農民專業合作社為農民成員服務的宗旨，發揮合作社在解決“三農”問題方面的作用，使農民真正成為合作社的主人，《農民專業合作社法》規定，農民專業合作社的成員中，農民至少應當佔成員總數的80%，並對合作社中企業、事業單位、社會團體成員的數量進行了限制。

（2）以服務成員為宗旨，謀求全體成員的共同利益。

農民專業合作社是以成員自我服務為目的而成立的。參加農民專業合作社的成員，都是從事同類農產品生產、經營或提供同類服務的農業生產經營者，目的是透過合作互助提高規模效益，完成單個農民辦不了、辦不好、辦了不合算的事。這種互助性特點，決定了它以成員為主要服務物件，決定了“對成員服務不以營利為目的、謀求全體成員共同利益”的經營原則。

（3）入社自願、退社自由。

農民專業合作社是互助性經濟組織，凡具有民事行為能力的公民，能夠利用農民專業合作社提供的服務，承認並遵守農民專業合作社章程，履行章程規定的入社手續的，都可以成為農民專業合作社的成員。農民可以自願加入一個或者多個農民專業合作社，入社不改變家庭承包經營；農民也可以自由退出農民專業合作社，退出的農民專業合作社應當按照章程規定的方式和期限，退還記載在該成員賬戶內的出資額和公積金份額，並將成員資格終止前的可分配盈餘，依法返還給成員。

（4）成員地位平等，實行民主管理。

《農民專業合作社法》從農民專業合作社的組織機構和保證農民成員對本社的民主管理兩個方面作了規定：農民專業合作社成員大會是本社的權力機構，農民專業合作社必須設理事長，也可以根據自身需要設成員代表大會、理事會、執行監事或者監事會；成員可以透過民主程式直接控制本社的生產經營活動。

（5）盈餘主要按照成員與農民專業合作社的交易量（額）比例返還。

盈餘分配方式的不同是農民專業合作社與其他經濟組織的重要區別。為了體現盈餘主要按照成員與農民專業合作社的交易量（額）比例返還的基本原則，保護一般成員和出資較多成員兩個方面的積極性，可分配盈餘中按成員與本社的交易量（額）比例返還的總額不得低於可分配盈餘的60%，其餘部分可以依法以分紅的方式按成員在合作社財產中相應的比例分配給成員。