方臘起義是北宋末年東南地區一次頗有規模的農民起義，數十萬之眾，堅持了半年多時間，然而它的餘波一直延續了二十餘年。由於史籍記載的歧義，有關起義首領方臘的一些事蹟，至今沒有完全搞清。
北宋徽宗時期，蔡京、童貫等“六賊”把持朝政，窮奢極欲，賦役沉重。徽宗在六賊的慫恿下，更竭天下以自奉，大肆蒐括民間奇花異石，以綱船運入都城開封，建築宮殿苑圃，時稱“花石綱”。睦州青溪(今浙江淳安)一帶出產各種花石竹木，民眾受害尤深，百姓忍無可忍，終於在宣和二年(1120)十月，爆發了方臘領導的農民起義。兩浙苦花石綱已久，人民爭起響應，聚眾至數十萬，攻破睦、歙、杭、處、衢、婺等州，聲震東南。方臘自稱“聖公”，建元“永樂”，設官分職。第二年，朝廷發兵十五萬南下鎮壓。四月，方臘退守青溪幫源洞，因腹背受敵，戰敗被俘。八月，在京城被殺。這次起義，有一些細節問題，由於載籍歧異，存在不少疑點，這些疑點實為方臘起義中的關鍵問題。
一是方臘的出身與籍貫。南宋陳均的《皇朝編年綱目備要》、劉時舉的《續宋編年資治通鑑》，還有方勺的《青溪寇軌》及所附洪邁《容齋逸史》等史籍，都記載“方臘家有漆園”。曾敏行《獨醒雜誌》說得最為詳細：“方臘家有漆林之饒…”臘又為里胥，縣令不許其僱募。臘數被困辱，因不勝其憤，聚眾作亂。”其中方臘還自言：“吾家本中產”。如此看來，方臘至少屬中小地主階層。方勺《青溪寇軌》還明確說方臘是“睦州青溪縣竭村居人”。《宋史·方臘傳》也清楚載：“方臘者，睦州青溪人也，世居縣堨村。”
儲存在《桂林方氏宗譜》中的元人徐直之、劉彭壽的兩篇傳記，即徐直之的《忠義彥通方公傳》(即《方庚傳》)和劉彭壽的《宋故承信郎彥通公墓亭記》，載方臘為睦州青溪縣萬年鄉地主方庚的“傭人”。還有，清人方象璜《重修桂林方氏宗譜序》中稱，方臘為方世熊家傭，方世熊為方庚的兄長。此外，歙縣、淳安的方氏譜牒，也一般稱方臘是“傭工”，是“桶匠”，如南宋的《甲戌譜》到近代的《歙淳方氏會宗統譜》等。諸譜都載方臘為“歙人”，《山郭方氏宗譜》詳細考察了方氏宗族的源流，認為方臘出於歙縣柘源方氏。也就是說，方臘是徽州歙縣人，而來睦州青溪縣傭工。
有學者指出，家譜的記載一般是不太可信的，如上述《桂林方氏宗譜》中關於宋代事蹟的記載矛盾百出，是不能作基本史料來用的。尤其是寫《方庚傳》的徐直之，他是方庚一個五世孫女的孫子，他記述方臘為方庚家的“傭人”，只是來源於他祖母在他幼年時的口述，並沒有任何宋代的文獻史料作依據。元人劉彭壽是當時的淳安縣令，他是應方庚的六世孫、七世孫的要求而寫《墓亭記》，既然要稱道方庚之“忠烈”，自然主要根據家譜中原有的材料略加拔高而已，所述方臘事蹟無非抄之家譜。
也有學者指出，方臘家有漆園的說法，以《獨醒雜誌》記載最為詳盡，而此書“下至謔浪之語，細瑣之匯……是皆近世賢士大夫之言或州里故老之所傳”。《四庫全書總目》評論該書：“蓋以記錄為主，不以考證為主。”所以對舊說錯誤之處“皆不辨而述之”。所以其有關方臘成分的記載，也是難以深信的。《宋史》方臘“世居縣碣村”之言來自《青溪寇軌》，而後者說方臘是“睦州青溪縣碣村居人”，其“居人”顧名思義並非指其籍貫。
兩說勢均力敵，誰也說服不了誰。不過從史籍的作者方面來看，北宋末至南宋初的方勺、洪邁、陳均都異口同聲地肯定方臘“家有漆園”，絕不是偶然的巧合。而對方徐直之、劉彭壽諸人都在離方臘起義已有二百餘年之後的元代，雖然也有學者認為，徐直之是以一些與方庚生前活動直接相關的原始材料作依據的，但我們畢竟沒有看到這些原始材料。由此是否可以說，方臘為中產階層的說法要略佔上風呢？
二是方臘是否為摩尼教的首領。眾多史籍都把方臘起義與妖魔鬼怪、旁門左道牽扯在一起，如《皇朝編年綱目備要》諸史籍說：“臘以妖術誘之，數日之間，哨聚響應者至數萬人。”《宋史·方臘傳》其言“託左道以惑眾”。“無弓矢介冑，唯以鬼神詭秘事相扇誅”。《宋會要輯稿》也說：“方寇者，本狂愚無知之民，傳習妖教，假神奇以惑眾，遂謀僭道。”所載江東轉運副使奏曰：“訪聞賊徒雖多，全少器械，惟以人眾為援……童子婦人在前，飾以丹黛，假為妖怪，以驚我師……又為長人服大衣，作機關以動，上執矛戟，旗幟飾以丹黛，為鬼神之貌，以惑官兵，皆不足畏。”此類記載，不一而足。
那麼，方臘起義軍的上述情況，到底是一般的鬼神迷信活動，還是用當時流行的摩尼教在組織起義呢？《宋會要輯稿·禁約》載，宣和年間，江浙一帶諸州村民多學妖法，自稱明教，又號吃菜事魔，各村建有齋堂或道場，其經文與道、佛諸教不同，人們夜聚曉散，時而結集社會，習以成風。這就是摩尼教，其敬摩尼為光明之神，或尊張角為教祖，提倡素食、戒酒、禁慾、裸葬等教規。如起義與此教有關，方臘就應該是摩尼教的首領。然而此點，宋代史籍記載相當含混，致使近代學者的看法也完全不同。
不少史學著作認為，方臘起義時盛傳的“妖術”、“左道”應與當時的摩尼教有關。首先，起義隊伍中不少將領都是摩尼教徒或首領，如教徒蘭溪朱言、剡縣仇道人裘日新、仙居呂師囊，還有鄭魔王、方七佛、八大王、俞道安等人。其次，史籍中關於摩尼教的“妖法”記載，常與方臘起義有關。《建炎以來系年要錄》載紹興四年五月，起居舍人王居正說：“伏見兩浙州縣有吃菜事魔之俗。方臘以前，法禁尚寬，而事魔之俗猶未至於甚熾。方臘之後，法禁愈嚴，而事魔之俗愈不可勝禁。”陸游在《條對狀》中這樣說：“淮南謂之二檜之，兩浙謂之牟尼教，江東謂之四果，江西謂之金剛禪，福建謂之明教、揭諦齋之類，名號不一，明教尤甚……漢之張角、晉之孫恩、近歲之方臘，皆是類也。”《容齋逸史》說得最清楚：“睦州方臘之亂，其徒處處相煸而起。聞其法斷葷酒，不事神佛、祖先，不會賓客，死則袒葬。”莊綽《雞肋篇》中也有完全相同的記載。當時，睦州一帶確是吃菜事魔教秘密活動的重要地區，信教的人很多，所以方臘以宗教為掩護，組織起義隊伍，是完全可能的。因此有人認為方臘是青溪摩尼教首領，或稱其為睦州一帶的魔頭，或稱其是食菜事魔教的首領。
宋史專家朱瑞熙《論方臘起義與摩尼教的關係》一文提出異議，認為方臘不可能是摩尼教的首領，甚至不可能是教徒。首先，許多史籍只是含糊其辭地說方臘“託左道以惑眾”，李燾的《續資治通鑑長編》素以治學嚴謹出名，也只說方臘“善妖術”。如果方臘果真是摩尼教首領，史籍不載簡直是不可思議的。其次，方臘的身份職業也不允許他當摩尼教首領。按照教義，摩尼教徒不能積聚財產，且禁止結婚。如方臘為中產之家的漆園主，就不能為摩尼教首領。如方臘為一貧如洗的傭工，為了維持生活，須終歲勤勞，他也不可能有什麼閒暇時間去進行傳教活動。方臘有妻室、兒子，起義失敗時一同為宋軍俘獲。再次，摩尼教主張斷葷戒酒，而方臘起義伊始，就召集百餘名骨幹“椎牛釃酒”、“飲酒數行”，以發表著名的誓師演說，這些做法顯然與摩尼教教規格格不入。由此，方臘起義所採用的“妖術”、“左道”之類，應是當時農村中流行的一些“星雲神怪”、“役使鬼神”、“指揮陰兵”等迷信活動，或也利用了有關道教、佛教的一些活動。
當然如呂師囊、裘日新、鄭魔王、俞道安等人，根據史料分析應是摩尼教的僧侶或首領，他們率領部分摩尼教徒參加了方臘起義，接受方臘的領導，作為起義軍的幾個方面軍與官軍進行著殊死的戰鬥。但他們不是方臘起義軍的主力，因此在整個戰場上不起決定性作用。而且這幾支隊伍參加起義軍都較晚而先後不一，也使他們沒能在對付官軍的鎮壓方面，發揮出更大的威力。所以，方臘起義只存在部分摩尼教徒參加的情況。
三是有無政治綱領及其口號的讀法。有學者認為，方臘起義沒有政治綱領，理由是在史料上沒有發現其起義過程中提出過什麼簡明口號類的綱領。而史學界一般認為，方臘起義是利用了佛教《金剛經》的經文“是法平等，無有高下”作為口號，表達了農民要求平等的願望，所以其政治綱領是“法平等”。
然而，史籍卻如此記載起義者對這句口號的讀法：《雞肋篇》載，食菜事魔教“亦誦《金剛經》，取‘以色見我’為‘邪道’，故不事神佛，但拜日月，以為真佛，其說經如：‘是法平等，無有高下’，則以‘無’字連上句，大抵多如此解釋。”就是說《金剛經》中的經文，教徒們讀作“是法平等無，有高下”。讀法一改，意思就相反了，即認為佛法所謂的“平等”是不存在的。《容齋逸史》中也有同樣的記載，只是“其說經”，改為“其說不經”。而葉夢得《避暑錄話》還談到了如此讀經的原因：“近世江浙有事魔吃菜者，雲其原出於五斗米，而誦《金剛經》，其說皆與今佛者之言異，故或謂之《金剛禪》。”就是說，吃菜事魔教徒不是照本誦讀佛經，而是往往按照自己的理解，去變動原意地誦讀。所以，這隻能說起義者在用佛經解釋現實世界，而談不上是什麼政治口號。
有學者如此進行辯解：教徒們這樣解釋佛經，正是因為他們認識到佛經上所謂的“平等”，不過是欺騙，從現實社會中他們深深感受到等級的森嚴，人世的極不平等。所以將《金剛經》的改讀，是對當時社會本質的揭露，也是對佛經的一種批判。起義農民在批判佛經的過程中，反映出他們嚮往一個真正“法平等”的社會，而這個社會正是他們奮鬥的目標。所以，儘管起義首領方臘沒有直接宣佈“法平等”主張，但這一主張就從批判佛經的經文中折射出來，並指導著這次農民起義的實踐。
也有學者提出，食菜事魔教的信仰者並不會誤讀佛經，《雞肋篇》等史籍這樣描述起義農民對佛經的錯讀，實是對方臘起義的誣衊。
四是方臘起義失敗被誰擒獲。許多學者根據蘇州靈巖山《韓忠武王世忠中興佐命定國元勳之碑》，認為方臘就擒於韓世忠。碑文詳細記載了方臘在青溪幫源洞被俘的經過：韓世忠時為王淵裨將，率軍潛行溪谷間，詢問村婦路徑，終於到達洞口。即挺身仗戈而前，越險數里，直搗巢穴，先抓縛八大王，格殺數人後，遂擒獲方臘，並縛俘以出。這段碑文收入《名臣碑傳琬琰集》，與《容齋逸史》的記載也可相印證。後來，《宋史·韓世忠傳》、《宋史紀事本末·方臘之亂》以及《續資治通鑑》諸書都採用這一說法。
然而許多史籍卻說方臘為陝西名將辛興宗等捕獲。《東都事略·徽宗紀》載，宣和“三年……夏四月，庚寅，童貫以其將辛興宗與方臘戰於青溪，擒之”。《宋史·徽宗紀》亦載：“忠州防禦史辛興宗擒方臘於青溪。”《續通鑑長編紀事本末》卷一百四十一載，官軍合圍擊敗方臘起義軍，在“翌日搜山”中“王稟、辛興宗、楊惟忠生擒方臘於幫源山東北隅石澗中”。《皇朝編年綱目備要·徽宗皇帝》也說：王“稟尋及辛嗣宗、楊惟忠生擒方臘於幫源山東北隅石澗中”。此“辛嗣宗”應是“辛興宗”之誤。應該說，載“辛興宗擒方臘”的史籍並不少於載“韓世忠擒方臘”者，是否因為韓世忠以後成為中興名將，後人便將此功往名將身上攬呢？然而《宋史紀事本末·方臘之亂》又這樣講述：韓世忠率兵入洞“擒臘以出，辛興宗領兵截洞口，掠為己功”。《續資治通鑑》也採此說法。當時辛興宗為剿方臘官軍的主將之一，而韓世忠只是裨將，那麼是否主將在掠取裨將之功呢？
有學者根據《桂林方氏宗譜》所載徐直之的《方庚傳》，認為方臘是為方庚所誘捕。其如是說：宣和三年四月，起義已大部被官軍鎮壓，就是沒有捕得方臘。不離方臘左右的方京，一次出洞尋食品，被方庚抓住，方庚以利誘之，使方京回去騙方臘，說：“剛出洞，就看到兩個太陽在相鬥，天象如此，不是在說聖公要東山再起嘛！”並請方臘出洞觀看，方臘以為是真的，便走出幫源洞以觀日影，方庚正埋伏了打手，將方臘生擒，獻給官軍。這簡直就是一篇傳奇小說的片斷，你覺得可信嗎？而清人方象璜的《重修桂林方氏宗譜敘》是說，方庚奔命江淮，迎領官軍，為韓世忠軍嚮導，乃誘擒方臘，並其黨羽。方庚本人在《上鄭寺丞札子》中也說：“投身軍前，為之鄉導，大破賊徒，安復州縣，立功非一。”這好像有一些可能，然也只是韓世忠軍的嚮導，其作用有多大呢？
有學者根據範圭《宋故武功大夫河東第二將折公(可存)墓誌銘》，認為也可能是折可存捕獲了方臘。銘文說：折可存率三將兵，奮然先登，將士用命，方臘被擒，遷官武節大夫。有學者指出，據《宋史·楊震傳》，楊震雖“從折可存討方臘”，但折可存當時率軍是在浙東一帶鎮壓呂師囊等部，沒有參加圍剿幫源洞的戰鬥，所以銘文不可信，不如理解為：方臘起義被鎮壓後，折可存官升武節大夫。另外，《輿地紀勝》卷八說：“宣和初，臘陷睦州，命劉光世、姚步仲擒之，斬于都下。”似乎方臘是被劉光世、姚平仲二將擒獲的。其實，查有關史籍可知，劉光世當時正率部攻打衢、信等州，俘獲鄭魔王，後又攻下龍游、蘭溪、婺州等地。姚平仲也正率部征討浙東一帶，四月下旬才攻下浦江縣。兩將都不可能參加四月下旬圍剿幫源洞的戰鬥。
此外，據《嚴州府志》等書記載，擒獲方臘者，還有王馬、餘木杓、餘宗德諸將，但也均沒有多少確鑿的證據。另有方臘就擒於宋江說，由於宋江是否投降官軍都還存在疑問，所以此說更懸，且看另一專節的分析。
方臘起義是北宋末年東南地區一次頗有規模的農民起義，數十萬之眾，堅持了半年多時間，然而它的餘波一直延續了二十餘年。由於史籍記載的歧義，有關起義首領方臘的一些事蹟，至今沒有完全搞清。
北宋徽宗時期，蔡京、童貫等“六賊”把持朝政，窮奢極欲，賦役沉重。徽宗在六賊的慫恿下，更竭天下以自奉，大肆蒐括民間奇花異石，以綱船運入都城開封，建築宮殿苑圃，時稱“花石綱”。睦州青溪(今浙江淳安)一帶出產各種花石竹木，民眾受害尤深，百姓忍無可忍，終於在宣和二年(1120)十月，爆發了方臘領導的農民起義。兩浙苦花石綱已久，人民爭起響應，聚眾至數十萬，攻破睦、歙、杭、處、衢、婺等州，聲震東南。方臘自稱“聖公”，建元“永樂”，設官分職。第二年，朝廷發兵十五萬南下鎮壓。四月，方臘退守青溪幫源洞，因腹背受敵，戰敗被俘。八月，在京城被殺。這次起義，有一些細節問題，由於載籍歧異，存在不少疑點，這些疑點實為方臘起義中的關鍵問題。
一是方臘的出身與籍貫。南宋陳均的《皇朝編年綱目備要》、劉時舉的《續宋編年資治通鑑》，還有方勺的《青溪寇軌》及所附洪邁《容齋逸史》等史籍，都記載“方臘家有漆園”。曾敏行《獨醒雜誌》說得最為詳細：“方臘家有漆林之饒…”臘又為里胥，縣令不許其僱募。臘數被困辱，因不勝其憤，聚眾作亂。”其中方臘還自言：“吾家本中產”。如此看來，方臘至少屬中小地主階層。方勺《青溪寇軌》還明確說方臘是“睦州青溪縣竭村居人”。《宋史·方臘傳》也清楚載：“方臘者，睦州青溪人也，世居縣堨村。”
儲存在《桂林方氏宗譜》中的元人徐直之、劉彭壽的兩篇傳記，即徐直之的《忠義彥通方公傳》(即《方庚傳》)和劉彭壽的《宋故承信郎彥通公墓亭記》，載方臘為睦州青溪縣萬年鄉地主方庚的“傭人”。還有，清人方象璜《重修桂林方氏宗譜序》中稱，方臘為方世熊家傭，方世熊為方庚的兄長。此外，歙縣、淳安的方氏譜牒，也一般稱方臘是“傭工”，是“桶匠”，如南宋的《甲戌譜》到近代的《歙淳方氏會宗統譜》等。諸譜都載方臘為“歙人”，《山郭方氏宗譜》詳細考察了方氏宗族的源流，認為方臘出於歙縣柘源方氏。也就是說，方臘是徽州歙縣人，而來睦州青溪縣傭工。
有學者指出，家譜的記載一般是不太可信的，如上述《桂林方氏宗譜》中關於宋代事蹟的記載矛盾百出，是不能作基本史料來用的。尤其是寫《方庚傳》的徐直之，他是方庚一個五世孫女的孫子，他記述方臘為方庚家的“傭人”，只是來源於他祖母在他幼年時的口述，並沒有任何宋代的文獻史料作依據。元人劉彭壽是當時的淳安縣令，他是應方庚的六世孫、七世孫的要求而寫《墓亭記》，既然要稱道方庚之“忠烈”，自然主要根據家譜中原有的材料略加拔高而已，所述方臘事蹟無非抄之家譜。
也有學者指出，方臘家有漆園的說法，以《獨醒雜誌》記載最為詳盡，而此書“下至謔浪之語，細瑣之匯……是皆近世賢士大夫之言或州里故老之所傳”。《四庫全書總目》評論該書：“蓋以記錄為主，不以考證為主。”所以對舊說錯誤之處“皆不辨而述之”。所以其有關方臘成分的記載，也是難以深信的。《宋史》方臘“世居縣碣村”之言來自《青溪寇軌》，而後者說方臘是“睦州青溪縣碣村居人”，其“居人”顧名思義並非指其籍貫。
兩說勢均力敵，誰也說服不了誰。不過從史籍的作者方面來看，北宋末至南宋初的方勺、洪邁、陳均都異口同聲地肯定方臘“家有漆園”，絕不是偶然的巧合。而對方徐直之、劉彭壽諸人都在離方臘起義已有二百餘年之後的元代，雖然也有學者認為，徐直之是以一些與方庚生前活動直接相關的原始材料作依據的，但我們畢竟沒有看到這些原始材料。由此是否可以說，方臘為中產階層的說法要略佔上風呢？
二是方臘是否為摩尼教的首領。眾多史籍都把方臘起義與妖魔鬼怪、旁門左道牽扯在一起，如《皇朝編年綱目備要》諸史籍說：“臘以妖術誘之，數日之間，哨聚響應者至數萬人。”《宋史·方臘傳》其言“託左道以惑眾”。“無弓矢介冑，唯以鬼神詭秘事相扇誅”。《宋會要輯稿》也說：“方寇者，本狂愚無知之民，傳習妖教，假神奇以惑眾，遂謀僭道。”所載江東轉運副使奏曰：“訪聞賊徒雖多，全少器械，惟以人眾為援……童子婦人在前，飾以丹黛，假為妖怪，以驚我師……又為長人服大衣，作機關以動，上執矛戟，旗幟飾以丹黛，為鬼神之貌，以惑官兵，皆不足畏。”此類記載，不一而足。
那麼，方臘起義軍的上述情況，到底是一般的鬼神迷信活動，還是用當時流行的摩尼教在組織起義呢？《宋會要輯稿·禁約》載，宣和年間，江浙一帶諸州村民多學妖法，自稱明教，又號吃菜事魔，各村建有齋堂或道場，其經文與道、佛諸教不同，人們夜聚曉散，時而結集社會，習以成風。這就是摩尼教，其敬摩尼為光明之神，或尊張角為教祖，提倡素食、戒酒、禁慾、裸葬等教規。如起義與此教有關，方臘就應該是摩尼教的首領。然而此點，宋代史籍記載相當含混，致使近代學者的看法也完全不同。
不少史學著作認為，方臘起義時盛傳的“妖術”、“左道”應與當時的摩尼教有關。首先，起義隊伍中不少將領都是摩尼教徒或首領，如教徒蘭溪朱言、剡縣仇道人裘日新、仙居呂師囊，還有鄭魔王、方七佛、八大王、俞道安等人。其次，史籍中關於摩尼教的“妖法”記載，常與方臘起義有關。《建炎以來系年要錄》載紹興四年五月，起居舍人王居正說：“伏見兩浙州縣有吃菜事魔之俗。方臘以前，法禁尚寬，而事魔之俗猶未至於甚熾。方臘之後，法禁愈嚴，而事魔之俗愈不可勝禁。”陸游在《條對狀》中這樣說：“淮南謂之二檜之，兩浙謂之牟尼教，江東謂之四果，江西謂之金剛禪，福建謂之明教、揭諦齋之類，名號不一，明教尤甚……漢之張角、晉之孫恩、近歲之方臘，皆是類也。”《容齋逸史》說得最清楚：“睦州方臘之亂，其徒處處相煸而起。聞其法斷葷酒，不事神佛、祖先，不會賓客，死則袒葬。”莊綽《雞肋篇》中也有完全相同的記載。當時，睦州一帶確是吃菜事魔教秘密活動的重要地區，信教的人很多，所以方臘以宗教為掩護，組織起義隊伍，是完全可能的。因此有人認為方臘是青溪摩尼教首領，或稱其為睦州一帶的魔頭，或稱其是食菜事魔教的首領。
宋史專家朱瑞熙《論方臘起義與摩尼教的關係》一文提出異議，認為方臘不可能是摩尼教的首領，甚至不可能是教徒。首先，許多史籍只是含糊其辭地說方臘“託左道以惑眾”，李燾的《續資治通鑑長編》素以治學嚴謹出名，也只說方臘“善妖術”。如果方臘果真是摩尼教首領，史籍不載簡直是不可思議的。其次，方臘的身份職業也不允許他當摩尼教首領。按照教義，摩尼教徒不能積聚財產，且禁止結婚。如方臘為中產之家的漆園主，就不能為摩尼教首領。如方臘為一貧如洗的傭工，為了維持生活，須終歲勤勞，他也不可能有什麼閒暇時間去進行傳教活動。方臘有妻室、兒子，起義失敗時一同為宋軍俘獲。再次，摩尼教主張斷葷戒酒，而方臘起義伊始，就召集百餘名骨幹“椎牛釃酒”、“飲酒數行”，以發表著名的誓師演說，這些做法顯然與摩尼教教規格格不入。由此，方臘起義所採用的“妖術”、“左道”之類，應是當時農村中流行的一些“星雲神怪”、“役使鬼神”、“指揮陰兵”等迷信活動，或也利用了有關道教、佛教的一些活動。
當然如呂師囊、裘日新、鄭魔王、俞道安等人，根據史料分析應是摩尼教的僧侶或首領，他們率領部分摩尼教徒參加了方臘起義，接受方臘的領導，作為起義軍的幾個方面軍與官軍進行著殊死的戰鬥。但他們不是方臘起義軍的主力，因此在整個戰場上不起決定性作用。而且這幾支隊伍參加起義軍都較晚而先後不一，也使他們沒能在對付官軍的鎮壓方面，發揮出更大的威力。所以，方臘起義只存在部分摩尼教徒參加的情況。
三是有無政治綱領及其口號的讀法。有學者認為，方臘起義沒有政治綱領，理由是在史料上沒有發現其起義過程中提出過什麼簡明口號類的綱領。而史學界一般認為，方臘起義是利用了佛教《金剛經》的經文“是法平等，無有高下”作為口號，表達了農民要求平等的願望，所以其政治綱領是“法平等”。
然而，史籍卻如此記載起義者對這句口號的讀法：《雞肋篇》載，食菜事魔教“亦誦《金剛經》，取‘以色見我’為‘邪道’，故不事神佛，但拜日月，以為真佛，其說經如：‘是法平等，無有高下’，則以‘無’字連上句，大抵多如此解釋。”就是說《金剛經》中的經文，教徒們讀作“是法平等無，有高下”。讀法一改，意思就相反了，即認為佛法所謂的“平等”是不存在的。《容齋逸史》中也有同樣的記載，只是“其說經”，改為“其說不經”。而葉夢得《避暑錄話》還談到了如此讀經的原因：“近世江浙有事魔吃菜者，雲其原出於五斗米，而誦《金剛經》，其說皆與今佛者之言異，故或謂之《金剛禪》。”就是說，吃菜事魔教徒不是照本誦讀佛經，而是往往按照自己的理解，去變動原意地誦讀。所以，這隻能說起義者在用佛經解釋現實世界，而談不上是什麼政治口號。
有學者如此進行辯解：教徒們這樣解釋佛經，正是因為他們認識到佛經上所謂的“平等”，不過是欺騙，從現實社會中他們深深感受到等級的森嚴，人世的極不平等。所以將《金剛經》的改讀，是對當時社會本質的揭露，也是對佛經的一種批判。起義農民在批判佛經的過程中，反映出他們嚮往一個真正“法平等”的社會，而這個社會正是他們奮鬥的目標。所以，儘管起義首領方臘沒有直接宣佈“法平等”主張，但這一主張就從批判佛經的經文中折射出來，並指導著這次農民起義的實踐。
也有學者提出，食菜事魔教的信仰者並不會誤讀佛經，《雞肋篇》等史籍這樣描述起義農民對佛經的錯讀，實是對方臘起義的誣衊。
四是方臘起義失敗被誰擒獲。許多學者根據蘇州靈巖山《韓忠武王世忠中興佐命定國元勳之碑》，認為方臘就擒於韓世忠。碑文詳細記載了方臘在青溪幫源洞被俘的經過：韓世忠時為王淵裨將，率軍潛行溪谷間，詢問村婦路徑，終於到達洞口。即挺身仗戈而前，越險數里，直搗巢穴，先抓縛八大王，格殺數人後，遂擒獲方臘，並縛俘以出。這段碑文收入《名臣碑傳琬琰集》，與《容齋逸史》的記載也可相印證。後來，《宋史·韓世忠傳》、《宋史紀事本末·方臘之亂》以及《續資治通鑑》諸書都採用這一說法。
然而許多史籍卻說方臘為陝西名將辛興宗等捕獲。《東都事略·徽宗紀》載，宣和“三年……夏四月，庚寅，童貫以其將辛興宗與方臘戰於青溪，擒之”。《宋史·徽宗紀》亦載：“忠州防禦史辛興宗擒方臘於青溪。”《續通鑑長編紀事本末》卷一百四十一載，官軍合圍擊敗方臘起義軍，在“翌日搜山”中“王稟、辛興宗、楊惟忠生擒方臘於幫源山東北隅石澗中”。《皇朝編年綱目備要·徽宗皇帝》也說：王“稟尋及辛嗣宗、楊惟忠生擒方臘於幫源山東北隅石澗中”。此“辛嗣宗”應是“辛興宗”之誤。應該說，載“辛興宗擒方臘”的史籍並不少於載“韓世忠擒方臘”者，是否因為韓世忠以後成為中興名將，後人便將此功往名將身上攬呢？然而《宋史紀事本末·方臘之亂》又這樣講述：韓世忠率兵入洞“擒臘以出，辛興宗領兵截洞口，掠為己功”。《續資治通鑑》也採此說法。當時辛興宗為剿方臘官軍的主將之一，而韓世忠只是裨將，那麼是否主將在掠取裨將之功呢？
有學者根據《桂林方氏宗譜》所載徐直之的《方庚傳》，認為方臘是為方庚所誘捕。其如是說：宣和三年四月，起義已大部被官軍鎮壓，就是沒有捕得方臘。不離方臘左右的方京，一次出洞尋食品，被方庚抓住，方庚以利誘之，使方京回去騙方臘，說：“剛出洞，就看到兩個太陽在相鬥，天象如此，不是在說聖公要東山再起嘛！”並請方臘出洞觀看，方臘以為是真的，便走出幫源洞以觀日影，方庚正埋伏了打手，將方臘生擒，獻給官軍。這簡直就是一篇傳奇小說的片斷，你覺得可信嗎？而清人方象璜的《重修桂林方氏宗譜敘》是說，方庚奔命江淮，迎領官軍，為韓世忠軍嚮導，乃誘擒方臘，並其黨羽。方庚本人在《上鄭寺丞札子》中也說：“投身軍前，為之鄉導，大破賊徒，安復州縣，立功非一。”這好像有一些可能，然也只是韓世忠軍的嚮導，其作用有多大呢？
有學者根據範圭《宋故武功大夫河東第二將折公(可存)墓誌銘》，認為也可能是折可存捕獲了方臘。銘文說：折可存率三將兵，奮然先登，將士用命，方臘被擒，遷官武節大夫。有學者指出，據《宋史·楊震傳》，楊震雖“從折可存討方臘”，但折可存當時率軍是在浙東一帶鎮壓呂師囊等部，沒有參加圍剿幫源洞的戰鬥，所以銘文不可信，不如理解為：方臘起義被鎮壓後，折可存官升武節大夫。另外，《輿地紀勝》卷八說：“宣和初，臘陷睦州，命劉光世、姚步仲擒之，斬于都下。”似乎方臘是被劉光世、姚平仲二將擒獲的。其實，查有關史籍可知，劉光世當時正率部攻打衢、信等州，俘獲鄭魔王，後又攻下龍游、蘭溪、婺州等地。姚平仲也正率部征討浙東一帶，四月下旬才攻下浦江縣。兩將都不可能參加四月下旬圍剿幫源洞的戰鬥。
此外，據《嚴州府志》等書記載，擒獲方臘者，還有王馬、餘木杓、餘宗德諸將，但也均沒有多少確鑿的證據。另有方臘就擒於宋江說，由於宋江是否投降官軍都還存在疑問，所以此說更懸，且看另一專節的分析。