1、涉及公司內部關係的糾紛，主要有公司利潤分配糾紛、隱名股東行使股東權利糾紛、對內承擔責任糾紛、出資糾紛等。在處理公司內部關係引發的糾紛時，主要應遵循契約自由、意思自治的原則。隱名股東與顯名股東就權利義務分配達成的契約與一般的民事契約沒有本質區別，只要雙方意思一致且不違反法律法規的強制性規定，就應對雙方具有約束力。其中，又分為兩種情況： 第一，公司其他股東對隱名投資情況完全瞭解，則隱名股東隨時有權以顯名股東為被告向法院起訴確認其股東身份，並依法院的生效法律文書來要求工商登記部門辦理變更登記。但如果隱名股東出資違反了法律的禁止性規定，則應認定其行為無效，當事人之間的法律責任按法律關於無效合同的規定辦理。此時隱名股東只能向顯名股東主張債權。 第二，公司其他股東對隱名投資情況並不知情，而此時隱名股東主張確認股權的，是否應當予以確認。可參照公司股權轉讓的規定，如果其他股東過半數同意隱名股東成為實際股東的，可申請法院判決確認。但是，如果公司章程對股權轉讓有其他約定的，應按照章程的規定。 2、涉及公司外部關係的糾紛，主要有對外被視為公司的股東主體問題、隱名股東或顯名股東向外轉讓股權糾紛等等。在處理公司外部法律關係時，則應遵循公示主義原則和外觀主義原則，維護交易秩序和安全，保護善意第三人利益。在處理這類糾紛時，對隱名股東的資格認定應以形式為準，凡是已經工商登記的事項，除有確鑿的證據證明屬於虛假陳述外，均推定為真實事項並具有法律上的公信力，隱名股東對確信登記真實而進行交易的第三人不得以具備股東實質特徵對抗，以此維護交易安全與效率。