從分子水平來研究生物進化通常有兩個途徑：蛋白質序列的比較和DNA序列的比較。
蛋白質序列比較常見到的是細胞色素C的氨基酸序列在不同物種之間的差異。因為幾乎任何生物體的細胞內都存在細胞色素C。例如人的細胞色素C與黑猩猩的差異為0，與獼猴的差異為1，與馬的差異為12，與果蠅的差異為27，與向日葵的差異為38。可以根據各種生物的細胞色素C氨基酸一級結構的差異匯出一個生物進化樹，這個進化樹要比傳統的靠外觀分析描述出的進化樹更具科學性。
隨著各種生物的DNA序列逐步被破譯，透過DNA序列進行生物進化研究是近些年來更加盛行的，一個非常重要的比較是人類與黑猩猩的DNA序列比較分析：美國加州大學伯克利分校的進化生物學家Allan Wilson和他的研究生Mary-Claire King認為，人類和黑猩猩的基因差異僅有1%。在一片質疑聲中，最終DNA測序研究支援了他們的觀點，這也成了人們的普遍認識。這一研究甚至導致了對人類的生物學分類的挑戰，認為黑猩猩應當歸於人屬，這是不是分子水平對生物進化的研究成果呢？
更有意義的是：人類與黑猩猩相比所具有的高度只能只是由於這1%的DNA序列不同導致的！這些差異到底表現在哪裡，是那幾個基因引起了如此巨大的差異呢？這個問題是不是很令人興奮？
進一步的研究表明，雖然DNA的變化總體只有1%，但在黑猩猩第22染色體和對應得人類第21染色體的比較，差異達到1.44%，表現為68000個鹼基對，約400多KB的差別，但這些差別導致了83%的蛋白質表達出現差異，而蛋白質氨基酸序列的差別造成活性和功能有了差別，於是差異便被放大了。還有研究表明人類的染色體中比黑猩猩多處很多重複片斷，是否由於這些好似沒有功能的重複片斷影響到智力的差異呢？這些問題還有待研究。
從分子水平來研究生物進化通常有兩個途徑：蛋白質序列的比較和DNA序列的比較。
蛋白質序列比較常見到的是細胞色素C的氨基酸序列在不同物種之間的差異。因為幾乎任何生物體的細胞內都存在細胞色素C。例如人的細胞色素C與黑猩猩的差異為0，與獼猴的差異為1，與馬的差異為12，與果蠅的差異為27，與向日葵的差異為38。可以根據各種生物的細胞色素C氨基酸一級結構的差異匯出一個生物進化樹，這個進化樹要比傳統的靠外觀分析描述出的進化樹更具科學性。
隨著各種生物的DNA序列逐步被破譯，透過DNA序列進行生物進化研究是近些年來更加盛行的，一個非常重要的比較是人類與黑猩猩的DNA序列比較分析：美國加州大學伯克利分校的進化生物學家Allan Wilson和他的研究生Mary-Claire King認為，人類和黑猩猩的基因差異僅有1%。在一片質疑聲中，最終DNA測序研究支援了他們的觀點，這也成了人們的普遍認識。這一研究甚至導致了對人類的生物學分類的挑戰，認為黑猩猩應當歸於人屬，這是不是分子水平對生物進化的研究成果呢？
更有意義的是：人類與黑猩猩相比所具有的高度只能只是由於這1%的DNA序列不同導致的！這些差異到底表現在哪裡，是那幾個基因引起了如此巨大的差異呢？這個問題是不是很令人興奮？
進一步的研究表明，雖然DNA的變化總體只有1%，但在黑猩猩第22染色體和對應得人類第21染色體的比較，差異達到1.44%，表現為68000個鹼基對，約400多KB的差別，但這些差別導致了83%的蛋白質表達出現差異，而蛋白質氨基酸序列的差別造成活性和功能有了差別，於是差異便被放大了。還有研究表明人類的染色體中比黑猩猩多處很多重複片斷，是否由於這些好似沒有功能的重複片斷影響到智力的差異呢？這些問題還有待研究。