木瓜蛋白酶，是一種蛋白水解酶，可將抗體分子水解為3個片段。是番木瓜中含有的一種低特異性蛋白水解酶，活性中心含半胱氨酸，屬巰基蛋白酶，應用於啤酒及食品工業。

飼料工業應用

用於飼料新增劑，開發蛋白源，利於吸收，提高飼料的利用率，節約成本，有助於牲畜消化，加速生長。如在豬、牛、羊、雞、鴨、鵝、魚、蝦等飼料中新增。還可以作為蔬菜水果高階複合肥料的新增劑。

醫藥工業應用

含有木瓜蛋白酶的藥物，能起到抗癌、腫瘤、淋巴性白血病、原菌和寄生蟲、結核桿菌等，可消炎、利膽、止痛、助消化。治療婦科病、青光眼、骨質增生、槍刀傷口癒合、血型鑑別、昆蟲叮咬等。

食品工業應用

可利用酶促反應，使食品大分子的蛋白質水解成小分子肽或氨基酸。用於水解動植物蛋白、製成嫩肉粉、水解羊胎素、水解大豆、餅乾松化劑、麵條穩定劑、啤酒飲料澄清劑、高階口服液、保健食品、醬油釀造及酒類發酵劑等。有效轉化蛋白質的利用，大大提高食品營養價值，降低成本。有利於人體的消化和吸收。

美容化妝品應用

將木瓜蛋白酶加入到含有蛋白質和油脂的化妝品中，具有獨特的美白嫩膚、美顏保健、祛斑除汙垢、促進血液迴圈、改善肌膚等功效，提高產品檔次。可製成減肥茶、美容護膚品等。

日化品工業應用

用於香皂、肥皂、洗滌劑、洗衣粉、洗手液等，去汙力強，除菌消毒、安全放心。

在中國，木瓜種植主要分佈在廣西的橫縣和邕寧縣等地，屬於廣西特產水果，因此，木瓜蛋白酶生產廠家主要集中在廣西南寧市。

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