第7集（每月一件禮物威脅事件）
劇情簡介：小川醫生這兩年來不斷收到未署名的錢和玩具，實在是不知道來歷，於是前往毛利偵探事務所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其實是中古品，而小蘭也因此開始懷疑起柯南的身份。在前往小川醫生工作的醫院調查過程中看到柯南翻閱病例的小蘭對柯南的懷疑也進一步加深。最終柯南在千鈞一髮之際成功解救了小川醫生的孩子。而柯南也成功化解了小蘭的懷疑。
第309集（接觸黑色組織 交涉篇）
劇情簡介：柯南和阿笠博士從板倉的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，於是兩人立馬趕往板倉的別墅，企圖找到板倉所開發的系統軟體和黑衣組織發來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時間內沒有開啟，郵件將自動刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時，屋內的電話響起，從另一邊傳來沃克質疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應對？
第425集（黑色衝擊！組織之手逼近的瞬間）
劇情簡介：女主播水無憐奈拜託小五郎調查一件奇怪的事情，她家的門鈴連續兩個月無故響起，但卻從未發現有任何人出現在附近的跡象，並且門口還曾出現過一瓶安眠藥，更離奇的是隔壁空了半年的房子竟然在某天夜裡出現了聲響，聽完水無的描述，柯南在她家門口的牆上粘了發信器，企圖竊聽門外的動靜，之後，又獨自來到隔壁房間調查並在玻璃門上發現了“木、美、和”三個字。
第587集（基德VS四神偵探團）
劇情簡介：灰原要求檢視電視臺在黑暗中拍攝的影像，然而除了電流被切斷的聲音和風聲並沒發現有任何異樣，就在案件找不到頭緒時，大人們便開始互相懷疑，這時，柯南甦醒過來，但是他讓元太他們對此事暫時保密，根據基德在臺座上貼的卡片，柯南知道了右衛門刻在柱子上的話以及基德的真身，他讓少年偵探團戳穿他的身份，這一次基德能否成功脫身？
第712集（初戀情人的共同調查）下集
劇情簡介：事故現場的三人裡面可能就有近期惡性迴圈破壞車輛案的兇手，為了幫助遲鈍的千葉警官步美等人用盡了辦法，但不解風情的由美警官卻時常打斷兩人的獨處，在得知了真相之後由美彷彿看到了唯一單身的自己慘淡的生活，她對兩人的妨礙更加變本加厲。在被破壞的車子中柯南看到了他們的共同點，這是兇手想要強迫閉上雙眼的駕駛員睜大眼睛的報復行為。
第7集（每月一件禮物威脅事件）
劇情簡介：小川醫生這兩年來不斷收到未署名的錢和玩具，實在是不知道來歷，於是前往毛利偵探事務所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其實是中古品，而小蘭也因此開始懷疑起柯南的身份。在前往小川醫生工作的醫院調查過程中看到柯南翻閱病例的小蘭對柯南的懷疑也進一步加深。最終柯南在千鈞一髮之際成功解救了小川醫生的孩子。而柯南也成功化解了小蘭的懷疑。
第309集（接觸黑色組織 交涉篇）
劇情簡介：柯南和阿笠博士從板倉的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，於是兩人立馬趕往板倉的別墅，企圖找到板倉所開發的系統軟體和黑衣組織發來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時間內沒有開啟，郵件將自動刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時，屋內的電話響起，從另一邊傳來沃克質疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應對？
第425集（黑色衝擊！組織之手逼近的瞬間）
劇情簡介：女主播水無憐奈拜託小五郎調查一件奇怪的事情，她家的門鈴連續兩個月無故響起，但卻從未發現有任何人出現在附近的跡象，並且門口還曾出現過一瓶安眠藥，更離奇的是隔壁空了半年的房子竟然在某天夜裡出現了聲響，聽完水無的描述，柯南在她家門口的牆上粘了發信器，企圖竊聽門外的動靜，之後，又獨自來到隔壁房間調查並在玻璃門上發現了“木、美、和”三個字。
第587集（基德VS四神偵探團）
劇情簡介：灰原要求檢視電視臺在黑暗中拍攝的影像，然而除了電流被切斷的聲音和風聲並沒發現有任何異樣，就在案件找不到頭緒時，大人們便開始互相懷疑，這時，柯南甦醒過來，但是他讓元太他們對此事暫時保密，根據基德在臺座上貼的卡片，柯南知道了右衛門刻在柱子上的話以及基德的真身，他讓少年偵探團戳穿他的身份，這一次基德能否成功脫身？
第712集（初戀情人的共同調查）下集
劇情簡介：事故現場的三人裡面可能就有近期惡性迴圈破壞車輛案的兇手，為了幫助遲鈍的千葉警官步美等人用盡了辦法，但不解風情的由美警官卻時常打斷兩人的獨處，在得知了真相之後由美彷彿看到了唯一單身的自己慘淡的生活，她對兩人的妨礙更加變本加厲。在被破壞的車子中柯南看到了他們的共同點，這是兇手想要強迫閉上雙眼的駕駛員睜大眼睛的報復行為。