第一，學習方式上的區別。這是在職研究生與全日制研究生最明顯，最容易理解的區別。全日制研究生就是需要脫產，週一至週五在校完成學習，所有在職研究生學習時間都安排在週末或者是節假日，甚至一些課程不用面授，直接遠端授課，透過網路來學習。相比較的話，在職研究生的上課方式更為靈活。第二，報考形式上的區別。全日制研究生每年招生考試進行一次，對於考生來說，把握不住唯一的考試機會，只能等來年再報。在職研究生報考形式則是一年多次，改革後，報考形式減少了，只剩下五月同等學力申碩和參加研究生招生考試的雙證研究生，但在職人員面臨的選擇還是比較靈活的，想獲得學術型碩士學位就報考五月的，想獲得專業碩士學位就報考雙證。第三，報考物件上的區別。在職研究生的招生物件以在職人員為主，尤其是同等學力申碩形式，考生只有獲得本科學士學位滿三年，才具備申碩資格。而在職研究生雙證專業中，一些專業和全日制研究生報考要求是一致的，也允許本科應屆生報考的，但大部分專業也是對報考者有畢業年限要求的。如MBA要求專科學歷畢業滿五年，本科畢業滿三年，碩士、博士畢業人員具備兩年的工作經驗才能報考。第四，入學方式及考試難上的區別。全日制研究生需要先考試後入學，雙證專業與此是一樣的，屬於選拔淘汰制，只有經過初試和複試被錄取的人員，才能在畢業時獲得相關證書，考試難度比較大。但選擇同等學力申碩形式，符合條件的報考者可以免試入學。進行了課程學習，保持多次參加考試機會的同時，考試合格即為透過全國統考，如果完成論文階段，即可畢業。