影響的因素很多。主要的有：
1、 DNA的分子大小 線狀雙鏈DNA分子在一定濃度瓊脂糖凝膠中的遷移速率與DNA分子量對數成反比，分子越大則所受阻力越大，遷移得越慢。
2、 瓊脂糖濃度 一個給定大小的線狀DNA分子，其遷移速度在不同濃度的瓊脂糖凝膠中各不相同。分離小於0.5kb的DNA片段所需膠濃度是 1.2-1.5%，分離大於10kb的DNA分子所需膠濃度為0.3-0.7%， DNA片段大小間於兩者之間則所需膠濃度為0.8-1.0%。
3、 DNA分子的構象 相同分子量的線狀、開環和超螺旋DNA在瓊脂糖凝膠中移動速度是不一樣的，超螺旋DNA移動最快，而線狀雙鏈DNA移動最慢。
4、 電源電壓 在低電壓時，線狀DNA片段的遷移速率與所加電壓成正比。但是隨著電場強度的增加，不同分子量的DNA片段的遷移率將以不同的幅度增長，片段越大，因場強升高引起的遷移率升高幅度也越大，因此電壓增加，瓊脂糖凝膠的有效分離範圍將縮小。要使大於2kb的DNA片段的解析度達到最大，所加電壓不得超過5v/cm。
5、嵌入染料的存在 熒光染料溴化乙啶用於檢測瓊脂糖凝膠中的DNA，染料會嵌入到堆積的鹼基對之間並拉長線狀和帶缺口的環狀DNA，使其剛性更強，還會使線狀DNA遷移率降低 15％。
6、 離子強度影響 電泳緩衝液的組成及其離子強度影響DNA的電泳遷移率。在沒有離子存在時(如誤用蒸餾水配製凝膠)，電導率最小，DNA幾乎不移動，在高離子強度的緩衝液中(如誤加10×電泳緩衝液)，則電導很高並明顯產熱，嚴重時會引起凝膠熔化或DNA變性。
影響的因素很多。主要的有：
1、 DNA的分子大小 線狀雙鏈DNA分子在一定濃度瓊脂糖凝膠中的遷移速率與DNA分子量對數成反比，分子越大則所受阻力越大，遷移得越慢。
2、 瓊脂糖濃度 一個給定大小的線狀DNA分子，其遷移速度在不同濃度的瓊脂糖凝膠中各不相同。分離小於0.5kb的DNA片段所需膠濃度是 1.2-1.5%，分離大於10kb的DNA分子所需膠濃度為0.3-0.7%， DNA片段大小間於兩者之間則所需膠濃度為0.8-1.0%。
3、 DNA分子的構象 相同分子量的線狀、開環和超螺旋DNA在瓊脂糖凝膠中移動速度是不一樣的，超螺旋DNA移動最快，而線狀雙鏈DNA移動最慢。
4、 電源電壓 在低電壓時，線狀DNA片段的遷移速率與所加電壓成正比。但是隨著電場強度的增加，不同分子量的DNA片段的遷移率將以不同的幅度增長，片段越大，因場強升高引起的遷移率升高幅度也越大，因此電壓增加，瓊脂糖凝膠的有效分離範圍將縮小。要使大於2kb的DNA片段的解析度達到最大，所加電壓不得超過5v/cm。
5、嵌入染料的存在 熒光染料溴化乙啶用於檢測瓊脂糖凝膠中的DNA，染料會嵌入到堆積的鹼基對之間並拉長線狀和帶缺口的環狀DNA，使其剛性更強，還會使線狀DNA遷移率降低 15％。
6、 離子強度影響 電泳緩衝液的組成及其離子強度影響DNA的電泳遷移率。在沒有離子存在時(如誤用蒸餾水配製凝膠)，電導率最小，DNA幾乎不移動，在高離子強度的緩衝液中(如誤加10×電泳緩衝液)，則電導很高並明顯產熱，嚴重時會引起凝膠熔化或DNA變性。