1、概念不同

分支機構是常設機構的一種。總公司所屬的不具有獨立的法人地位的派出機構，與總公司屬同一法人實體，其生產、銷售、財務、人事等方面受總公司支配和控制。分支機構設在國外從事生產經營活動，所在國政府為其提供非居民公司稅收待遇。它在國外繳納的所得稅，總公司所在國政府按規定給予其稅收抵免。

分公司是指在業務、資金、人事等方面受總公司管轄而不具有法人資格的分支機構。

2、性質不同

分公司屬於總公司分支機構，在法律上、經濟上沒有獨立性，不具有企業法人資格，僅僅是總公司的附屬機構。分公司沒有自己的名稱、章程，沒有自己的財產，並以總公司的資產對分公司的債務承擔法律責任。

企業分支機構是指由企業法人為實現其職能而在總部之外設立的，可以自己的名義進行民事活動，但是不能獨立承擔民事責任的非法人組織，如分公司、分行、營業部、門市部、辦事處等。

3、會計核算不同

分公司沒有自己獨立的財產，分公司的所有資產全部屬於總公司。分公司與總公司在經濟是統一核算，其實際佔有和使用的財產是總公司財產的一部分，列入總公司的資產負債表中。

大多數分支機構是一個獨立的會計個體，有獨立的會計記錄和報告系統。它們通常需要設定一套較為完整的賬簿，用來記錄其本身發生的經濟業務，單獨核算財務狀況和經營成果，定期編制會計報表，向總部報告。但分支機構會計科目的名稱與編號、會計報表的內容和格式，以及內部控制制度和會計方針等，一般由總部事先規定。