洛奇亞和鳳王在海紫堇，三神柱分別在沙漠遺蹟、島嶼洞穴、古代墳墓，水都兄妹劇情中就能獲得，古拉頓也是紅寶石劇情中就能獲得，裂空座在天柱頂端，迪奧西斯在二週目天柱頂端，三聖菇在無名洞穴，迪亞盧卡和帕魯奇亞在武鬥鎮，本作中神獸十分之多，點選此條目檢視詳細捕捉地點。
口袋妖怪紅寶石神獸捕捉地點
o.243雷公(Lv50)
No.244炎帝(Lv50)
No.245水君(Lv50)
【捕獲地點】：無蹤森林TracklessForest(卡納茲市Rustborocity附近)
【出現條件】：隊伍中攜帶鳳王或洛奇亞
【描述】：隊伍中攜帶鳳王或洛奇亞時，使用笛子召喚mega拉迪歐斯或拉迪亞斯，地圖上會自動出現新的閃光地區。進入後發現環狀入口，調查後可按時間條件分別遇敵雷公、炎帝和水君。
【雷公】電
Lv.50
特性：壓力
技能：電火花反射盾咬碎雷牙
觸發時間：每小時0分至20分
捕獲度：3
【炎帝】火
技能：踐踏火焰放射虛張聲勢火牙
觸發時間：每小時20分至40分
【水君】水
技能：極光光線白霧鏡面反射冰牙
觸發時間：每小時40分至60分(下一小時0分)
No.249洛奇亞
No.250鳳王
【地點】：海紫堇(廢棄船，需衝浪潛水)
【出現要求】：擊敗原始固拉多/原始蓋歐卡劇情之後
【描述】：潛水進入廢棄船底層控制檯，右側隱藏道具掃描器。攜帶掃描器回到卡依市(Slateportcity)港口與船長對話並交還，可以獲得透明鈴鐺(OR)或海鳴之鈴(AS)。攜帶鈴鐺回到海紫堇會發現傳送環，分別可遇敵鳳王和洛奇亞。
【鳳王】火+飛
Lv50
技能：放晴大字火神聖火焰懲罰
攜帶道具：神聖之灰
傳送環地點：海紫堇甲板最頂端桅杆處
注：OR限定
【洛奇亞】超能+飛
技能：祈雨水壓空中爆破懲罰
傳送環地點：海紫堇水下控制檯處
注：AS限定
No.377雷吉洛克
No.378雷吉艾斯
No.379雷吉斯奇魯
【地點】：
Desertruins沙漠遺蹟
Islandcave島嶼洞穴
Ancienttomb古代墳墓
【準備條件】：古空棘魚x1吼鯨王x1衝浪+潛水+挖洞+怪力(飛天)
【描述】：前往134號水路，乘著特定的水流可到達一小片可以潛水的區域。(十分難走，走錯的話飛天回到出發點，需要多試幾次)。沿著水下的路向下走可以看到一塊很大的盲文石碑，上浮。看見另一塊大型銘文後對其使用挖洞，同時前將古空棘魚排在隊首，吼鯨王排在隊尾，之後閱讀銘文。觸發地震後即可開啟另外三個區域的入口，每個入口分別對應三神柱。
【雷吉洛克】巖
Lv40
特性：淨體
技能：壓路詛咒古代力量鐵壁
地點：觸發134號路銘文後前往111號路沙漠南部，可進入沙漠墳墓。其中有和水路發現的銘文一樣的石碑。此時向右→走兩格，向下↓走兩格(推薦使用十字鍵)，然後使用怪力術，即可開啟通往雷吉洛克的門。
【雷吉艾斯】冰
技能：壓路詛咒古代力量超級健忘
地點：觸發134號路銘文後前往105號路西部(需衝浪)可到達島嶼洞穴。進入後可發現盲文石碑，要求你等待。這時靜止不動，兩分鐘後通往雷吉艾斯的門會自動開啟。
【雷吉斯奇魯】鋼
技能：詛咒古代力量鐵壁超級健忘
地點：觸發134號路銘文後水靜市Lilycovecity西邊，120號路可到達古代墳墓。進入後在洞穴正中心使用飛天，即可觸發雷吉斯奇魯的大門。
No.380【拉迪亞斯】(妹)Lv30AS劇情贈送。OR可透過獲得船票後與父親對話，進入南島獲得(攜帶心之水珠)
特性：浮游
技能：治癒波動龍之吐吸迷霧球精神轉移
No.381【拉迪歐斯】(哥)Lv30OR劇情贈送。AS可透過獲得船票後與父親對話，進入南島獲得(攜帶心之水珠)
No.382【蓋歐卡】Lv45AS劇情獲得
技能：壓制液體圈冰凍光線原始波動
攜帶：藍寶珠
No.383【固拉多】Lv45OR劇情獲得
技能：噴煙睡覺地震斷崖之劍
攜帶：紅寶珠
No.384【裂空座】Lv70通關後Delta章獲得
地點：天柱頂端
技能：神速龍波龍舞升龍擊(畫龍點睛好中二)
注：捕獲率提升至45，劇情需要所以必抓
No.386【迪奧西斯】Lv80通關後Delta章太空中獲得(與裂空座劇情之間無法存檔)
技能：宇宙力量自我再生精神增壓破壞死光
No.480黃聖菇
No.481紅聖菇
No.482藍聖菇
【地點】：無名洞穴namelesscavern
【附加條件】：身上攜帶三隻(或以上)親密度滿的pm
【描述】：騎乘mega水都可到達閃光的無名洞穴(靠近水晶市)。著陸後發現洞穴並進入，可以看到地上熟悉的圖案並發現神秘圓環。調查圓環可遇敵三聖菇。每捕獲一隻聖菇後，過一天再次進入洞穴可遇敵下一隻聖菇，共計三隻。
【黃聖菇】超
技能：哈欠預知未來超級健忘神通力
【紅聖菇】超
技能：咒語預知未來魅惑神通力
【藍聖菇】超
技能：吵鬧預知未來陰謀神通力
No.483迪亞盧卡
No.484帕魯奇亞
【地點】：武鬥鎮Dewfordtown南部空中
【觸發條件】：隊伍中攜帶三聖菇
【描述】：隊伍中攜帶三聖菇，並騎乘mega水都飛到武鬥鎮南部附近時，會發現巨大的時空裂縫。進入裂縫後可根據版本遇敵鑽石獸和珍珠獸。
【迪亞盧卡】龍+鋼(AS限定)
技能：波導彈鐵尾時間咆哮光柵炮
捕獲度：30
【帕魯奇亞】水+鋼(OR限定)
技能：大地力波導彈亞空切斷水壓
No.485席多藍恩火+鋼
【地點】：乾旱巖洞(ScorchedSlab，120號路衝浪可到達)
【出現條件】：劇情擊敗或收服原始固拉多/蓋歐卡之後
【描述】：進入洞穴後沿著新出現的通道進入底層，並找到傳送席多藍恩的神秘圓環。
【席多藍恩】
特性：引火
技能：金屬音咬碎恐懼顏噴煙
No.486雷吉奇卡斯
【地點】：Islandcave島嶼洞穴(與冰神柱洞穴相同)
【描述】：在暮水鎮Pacifidlogtown東北部的民居中，一個小女孩會告訴你她爺爺告訴她的傳說故事。然而故事的一部分透露了如何找到雷吉奇卡斯的資訊。
【出現條件】：
1、隊伍中攜帶三神柱
2、時間為白天
3、冰神柱需持有與冰有關的道具，例如【飛雲冰淇淋】、【雪球】或【不融冰】
4、冰神柱需要改名。(方法：凱那市左側改名人小屋，改成任何暱稱即可)
滿足以上條件後進入島嶼洞穴便會觸發神柱王。
【雷吉奇卡斯】普
特性：緩慢啟動
技能：識破復仇廣域防禦思念頭槌
No.487【騎拉帝納】Lv50鬼+龍
【觸發條件】：隊伍中同時攜帶迪亞盧卡和帕魯奇亞
【描述】：隊伍中攜帶迪亞盧卡和帕魯奇亞，在相同的時空裂縫處可遇敵冥王龍。
技能：波導彈暗影爪影襲厄運
No.488【克雷色利亞】(美夢神)Lv50超
【地點】：新月島CrescentIsle
【觸發條件】：每日幻島隨機出現
【描述】：每日隨機出現的幻島中可能出現新月島。島上能發現隱藏的道具並能遇敵美夢神。但該島出現機率較小，可透過頻繁聯網交換、擦肩等方式增加出現機率。
技能：白霧極光光線預知未來切裂
No.638勾帕路翁鋼+鬥
No.639代拉基翁巖+鬥
No.640畢力吉翁草+鬥
【地點】：絕跡平原pathlessplain(暮水鎮pacifidlogtown附近)
【觸發條件】：隊伍中攜帶三隻(或以上)努力值滿的pm
【描述】：騎乘mega水都飛行到暮水鎮附近可發現一個較大的閃光島嶼。沿著小徑向左上方走能看到神秘圓環立在半島頂端。對話可觸發與三鬥神的戰鬥。
【勾帕路翁】鋼+鬥
特性：正義之心
技能：報仇鐵頭神聖之劍劍舞
出現時間：週三、五、日
【代拉基翁】巖+鬥
技能：報仇巖崩神聖之劍劍舞
出現時間：週二、六
【畢力吉翁】草+鬥
技能：報仇億萬吸收神聖之劍劍舞
出現時間：週一、四
No.641龍捲雲
No.642雷電雲
【地點】：茵鬱市Fortreecity上空
【觸發條件】：隊伍中攜帶漂浮泡泡
【描述】：騎乘mega水都飛到茵鬱市上空附近，會發現一朵黑雲。進入的話會觸發與龍捲雲和雷電雲其中之一的戰鬥(版本限定、均為化身形態)。
【龍捲雲】飛
特性：惡作劇之心
技能：神通力高速移動空氣切割咬碎
【雷電雲】電+飛
技能：阻礙治療高速移動放電咬碎
No.643雷希拉姆
No.644捷克羅姆
【地點】：寓言洞穴Fabledcave，大概位於紫堇市東南
【觸發條件】：隊伍中攜帶一隻(或以上)Lv100的滿級pm
【描述】：騎乘mega水都並滿足觸發條件時可在地圖上發現該區域閃紅星。進入後可根據版本遇敵雷希拉姆或捷克羅姆。
【雷希拉姆】火+龍
特性：渦輪火花
技能：龍之吐吸切裂神通力交織火焰
捕獲度：3(原先是45但個人抓下來感覺改成3了畢竟不再是劇情需要)
【捷克羅姆】電+龍
特性：垓級電壓
技能：龍之吐吸切裂思念頭槌交織閃電
No.645土地雲
【觸發條件】：隊伍中同時攜帶龍捲雲和雷電雲
【描述】：攜帶龍捲雲和雷電雲，騎乘mega水都飛到茵鬱市上空附近，會發現與之前不一樣的一片雷雲。進入後可遇敵土地雲(化身形態)。
【土地雲】地+飛
特性：沙之力量
技能：神通力劍舞大地力巖崩
No.646酋雷姆
【地點】：扭曲巢穴Gnarledden，位於Fallarbortown秋葉鎮附近
【觸發條件】：隊伍中同時攜帶雷希拉姆和捷克羅姆
【描述】：攜帶雷希拉姆和捷克羅姆，騎乘mega水都飛行至秋葉鎮附近發現閃光的新區域。進入洞穴後利用道具搜尋器可獲得隱藏的重要道具[基因之楔]，用於使酋雷姆與黑白神合體。同時洞穴深處神秘之環可觸發與酋雷姆的對戰。
【酋雷姆】冰+龍
技能：龍之吐吸切裂恐懼顏冰封世界
洛奇亞和鳳王在海紫堇，三神柱分別在沙漠遺蹟、島嶼洞穴、古代墳墓，水都兄妹劇情中就能獲得，古拉頓也是紅寶石劇情中就能獲得，裂空座在天柱頂端，迪奧西斯在二週目天柱頂端，三聖菇在無名洞穴，迪亞盧卡和帕魯奇亞在武鬥鎮，本作中神獸十分之多，點選此條目檢視詳細捕捉地點。
口袋妖怪紅寶石神獸捕捉地點
o.243雷公(Lv50)
No.244炎帝(Lv50)
No.245水君(Lv50)
【捕獲地點】：無蹤森林TracklessForest(卡納茲市Rustborocity附近)
【出現條件】：隊伍中攜帶鳳王或洛奇亞
【描述】：隊伍中攜帶鳳王或洛奇亞時，使用笛子召喚mega拉迪歐斯或拉迪亞斯，地圖上會自動出現新的閃光地區。進入後發現環狀入口，調查後可按時間條件分別遇敵雷公、炎帝和水君。
【雷公】電
Lv.50
特性：壓力
技能：電火花反射盾咬碎雷牙
觸發時間：每小時0分至20分
捕獲度：3
【炎帝】火
Lv.50
特性：壓力
技能：踐踏火焰放射虛張聲勢火牙
觸發時間：每小時20分至40分
捕獲度：3
【水君】水
Lv.50
特性：壓力
技能：極光光線白霧鏡面反射冰牙
觸發時間：每小時40分至60分(下一小時0分)
捕獲度：3
No.249洛奇亞
No.250鳳王
【地點】：海紫堇(廢棄船，需衝浪潛水)
【出現要求】：擊敗原始固拉多/原始蓋歐卡劇情之後
【描述】：潛水進入廢棄船底層控制檯，右側隱藏道具掃描器。攜帶掃描器回到卡依市(Slateportcity)港口與船長對話並交還，可以獲得透明鈴鐺(OR)或海鳴之鈴(AS)。攜帶鈴鐺回到海紫堇會發現傳送環，分別可遇敵鳳王和洛奇亞。
【鳳王】火+飛
Lv50
特性：壓力
技能：放晴大字火神聖火焰懲罰
攜帶道具：神聖之灰
傳送環地點：海紫堇甲板最頂端桅杆處
捕獲度：3
注：OR限定
【洛奇亞】超能+飛
Lv50
特性：壓力
技能：祈雨水壓空中爆破懲罰
傳送環地點：海紫堇水下控制檯處
捕獲度：3
注：AS限定
No.377雷吉洛克
No.378雷吉艾斯
No.379雷吉斯奇魯
【地點】：
Desertruins沙漠遺蹟
Islandcave島嶼洞穴
Ancienttomb古代墳墓
【準備條件】：古空棘魚x1吼鯨王x1衝浪+潛水+挖洞+怪力(飛天)
【描述】：前往134號水路，乘著特定的水流可到達一小片可以潛水的區域。(十分難走，走錯的話飛天回到出發點，需要多試幾次)。沿著水下的路向下走可以看到一塊很大的盲文石碑，上浮。看見另一塊大型銘文後對其使用挖洞，同時前將古空棘魚排在隊首，吼鯨王排在隊尾，之後閱讀銘文。觸發地震後即可開啟另外三個區域的入口，每個入口分別對應三神柱。
【雷吉洛克】巖
Lv40
特性：淨體
技能：壓路詛咒古代力量鐵壁
地點：觸發134號路銘文後前往111號路沙漠南部，可進入沙漠墳墓。其中有和水路發現的銘文一樣的石碑。此時向右→走兩格，向下↓走兩格(推薦使用十字鍵)，然後使用怪力術，即可開啟通往雷吉洛克的門。
捕獲度：3
【雷吉艾斯】冰
Lv40
特性：淨體
技能：壓路詛咒古代力量超級健忘
地點：觸發134號路銘文後前往105號路西部(需衝浪)可到達島嶼洞穴。進入後可發現盲文石碑，要求你等待。這時靜止不動，兩分鐘後通往雷吉艾斯的門會自動開啟。
捕獲度：3
【雷吉斯奇魯】鋼
Lv40
特性：淨體
技能：詛咒古代力量鐵壁超級健忘
地點：觸發134號路銘文後水靜市Lilycovecity西邊，120號路可到達古代墳墓。進入後在洞穴正中心使用飛天，即可觸發雷吉斯奇魯的大門。
捕獲度：3
No.380【拉迪亞斯】(妹)Lv30AS劇情贈送。OR可透過獲得船票後與父親對話，進入南島獲得(攜帶心之水珠)
特性：浮游
技能：治癒波動龍之吐吸迷霧球精神轉移
No.381【拉迪歐斯】(哥)Lv30OR劇情贈送。AS可透過獲得船票後與父親對話，進入南島獲得(攜帶心之水珠)
特性：浮游
技能：治癒波動龍之吐吸迷霧球精神轉移
No.382【蓋歐卡】Lv45AS劇情獲得
技能：壓制液體圈冰凍光線原始波動
攜帶：藍寶珠
捕獲度：3
No.383【固拉多】Lv45OR劇情獲得
技能：噴煙睡覺地震斷崖之劍
攜帶：紅寶珠
捕獲度：3
No.384【裂空座】Lv70通關後Delta章獲得
地點：天柱頂端
技能：神速龍波龍舞升龍擊(畫龍點睛好中二)
注：捕獲率提升至45，劇情需要所以必抓
No.386【迪奧西斯】Lv80通關後Delta章太空中獲得(與裂空座劇情之間無法存檔)
地點：天柱頂端
技能：宇宙力量自我再生精神增壓破壞死光
捕獲度：3
No.480黃聖菇
No.481紅聖菇
No.482藍聖菇
【地點】：無名洞穴namelesscavern
【附加條件】：身上攜帶三隻(或以上)親密度滿的pm
【描述】：騎乘mega水都可到達閃光的無名洞穴(靠近水晶市)。著陸後發現洞穴並進入，可以看到地上熟悉的圖案並發現神秘圓環。調查圓環可遇敵三聖菇。每捕獲一隻聖菇後，過一天再次進入洞穴可遇敵下一隻聖菇，共計三隻。
【黃聖菇】超
Lv50
特性：浮游
技能：哈欠預知未來超級健忘神通力
捕獲度：3
【紅聖菇】超
Lv50
特性：浮游
技能：咒語預知未來魅惑神通力
捕獲度：3
【藍聖菇】超
Lv50
特性：浮游
技能：吵鬧預知未來陰謀神通力
捕獲度：3
No.483迪亞盧卡
No.484帕魯奇亞
【地點】：武鬥鎮Dewfordtown南部空中
【觸發條件】：隊伍中攜帶三聖菇
【描述】：隊伍中攜帶三聖菇，並騎乘mega水都飛到武鬥鎮南部附近時，會發現巨大的時空裂縫。進入裂縫後可根據版本遇敵鑽石獸和珍珠獸。
【迪亞盧卡】龍+鋼(AS限定)
Lv50
特性：壓力
技能：波導彈鐵尾時間咆哮光柵炮
捕獲度：30
【帕魯奇亞】水+鋼(OR限定)
Lv50
特性：壓力
技能：大地力波導彈亞空切斷水壓
捕獲度：30
No.485席多藍恩火+鋼
【地點】：乾旱巖洞(ScorchedSlab，120號路衝浪可到達)
【出現條件】：劇情擊敗或收服原始固拉多/蓋歐卡之後
【描述】：進入洞穴後沿著新出現的通道進入底層，並找到傳送席多藍恩的神秘圓環。
【席多藍恩】
Lv50
特性：引火
技能：金屬音咬碎恐懼顏噴煙
捕獲度：3
No.486雷吉奇卡斯
【地點】：Islandcave島嶼洞穴(與冰神柱洞穴相同)
【描述】：在暮水鎮Pacifidlogtown東北部的民居中，一個小女孩會告訴你她爺爺告訴她的傳說故事。然而故事的一部分透露了如何找到雷吉奇卡斯的資訊。
【出現條件】：
1、隊伍中攜帶三神柱
2、時間為白天
3、冰神柱需持有與冰有關的道具，例如【飛雲冰淇淋】、【雪球】或【不融冰】
4、冰神柱需要改名。(方法：凱那市左側改名人小屋，改成任何暱稱即可)
滿足以上條件後進入島嶼洞穴便會觸發神柱王。
【雷吉奇卡斯】普
Lv50
特性：緩慢啟動
技能：識破復仇廣域防禦思念頭槌
捕獲度：3
No.487【騎拉帝納】Lv50鬼+龍
【地點】：武鬥鎮Dewfordtown南部空中
【觸發條件】：隊伍中同時攜帶迪亞盧卡和帕魯奇亞
【描述】：隊伍中攜帶迪亞盧卡和帕魯奇亞，在相同的時空裂縫處可遇敵冥王龍。
特性：壓力
技能：波導彈暗影爪影襲厄運
捕獲度：3
No.488【克雷色利亞】(美夢神)Lv50超
【地點】：新月島CrescentIsle
【觸發條件】：每日幻島隨機出現
【描述】：每日隨機出現的幻島中可能出現新月島。島上能發現隱藏的道具並能遇敵美夢神。但該島出現機率較小，可透過頻繁聯網交換、擦肩等方式增加出現機率。
特性：浮游
技能：白霧極光光線預知未來切裂
捕獲度：3
No.638勾帕路翁鋼+鬥
No.639代拉基翁巖+鬥
No.640畢力吉翁草+鬥
【地點】：絕跡平原pathlessplain(暮水鎮pacifidlogtown附近)
【觸發條件】：隊伍中攜帶三隻(或以上)努力值滿的pm
【描述】：騎乘mega水都飛行到暮水鎮附近可發現一個較大的閃光島嶼。沿著小徑向左上方走能看到神秘圓環立在半島頂端。對話可觸發與三鬥神的戰鬥。
【勾帕路翁】鋼+鬥
Lv50
特性：正義之心
技能：報仇鐵頭神聖之劍劍舞
出現時間：週三、五、日
捕獲度：3
【代拉基翁】巖+鬥
Lv50
特性：正義之心
技能：報仇巖崩神聖之劍劍舞
出現時間：週二、六
捕獲度：3
【畢力吉翁】草+鬥
Lv50
特性：正義之心
技能：報仇億萬吸收神聖之劍劍舞
出現時間：週一、四
捕獲度：3
No.641龍捲雲
No.642雷電雲
【地點】：茵鬱市Fortreecity上空
【觸發條件】：隊伍中攜帶漂浮泡泡
【描述】：騎乘mega水都飛到茵鬱市上空附近，會發現一朵黑雲。進入的話會觸發與龍捲雲和雷電雲其中之一的戰鬥(版本限定、均為化身形態)。
【龍捲雲】飛
Lv50
特性：惡作劇之心
技能：神通力高速移動空氣切割咬碎
捕獲度：3
注：OR限定
【雷電雲】電+飛
Lv50
特性：惡作劇之心
技能：阻礙治療高速移動放電咬碎
捕獲度：3
注：AS限定
No.643雷希拉姆
No.644捷克羅姆
【地點】：寓言洞穴Fabledcave，大概位於紫堇市東南
【觸發條件】：隊伍中攜帶一隻(或以上)Lv100的滿級pm
【描述】：騎乘mega水都並滿足觸發條件時可在地圖上發現該區域閃紅星。進入後可根據版本遇敵雷希拉姆或捷克羅姆。
【雷希拉姆】火+龍
Lv50
特性：渦輪火花
技能：龍之吐吸切裂神通力交織火焰
捕獲度：3(原先是45但個人抓下來感覺改成3了畢竟不再是劇情需要)
注：OR限定
【捷克羅姆】電+龍
Lv50
特性：垓級電壓
技能：龍之吐吸切裂思念頭槌交織閃電
捕獲度：3
注：AS限定
No.645土地雲
【地點】：茵鬱市Fortreecity上空
【觸發條件】：隊伍中同時攜帶龍捲雲和雷電雲
【描述】：攜帶龍捲雲和雷電雲，騎乘mega水都飛到茵鬱市上空附近，會發現與之前不一樣的一片雷雲。進入後可遇敵土地雲(化身形態)。
【土地雲】地+飛
Lv50
特性：沙之力量
技能：神通力劍舞大地力巖崩
捕獲度：3
No.646酋雷姆
【地點】：扭曲巢穴Gnarledden，位於Fallarbortown秋葉鎮附近
【觸發條件】：隊伍中同時攜帶雷希拉姆和捷克羅姆
【描述】：攜帶雷希拉姆和捷克羅姆，騎乘mega水都飛行至秋葉鎮附近發現閃光的新區域。進入洞穴後利用道具搜尋器可獲得隱藏的重要道具[基因之楔]，用於使酋雷姆與黑白神合體。同時洞穴深處神秘之環可觸發與酋雷姆的對戰。
【酋雷姆】冰+龍
Lv50
特性：壓力
技能：龍之吐吸切裂恐懼顏冰封世界
捕獲度：3