1.兩者一級學科就不同，中醫學就是中醫學一級學科（專業程式碼：1005），中西醫臨床醫學（注：這是本科叫法）是中西醫結合一級學科（專業程式碼：1006）。
2.學習內容有一定差別，中醫學五年制本科從課程設定、課時、課程要求上綜合來講大概是40%西醫+60%中醫，中西醫臨床醫學則是60%西醫+40%中醫，課程上中西醫臨床醫學比中醫學多學習西醫婦科學和西醫兒科學，也就是說中西醫臨床醫學臨床課程學習中西醫內外婦兒共八門+中西醫耳鼻喉+眼科+中西醫骨傷科(後三者共三門)，而中醫學不學習西醫婦科和兒科，學習中醫內外婦兒+西醫內外+中醫耳鼻喉+眼科+中醫骨傷科。本碩連讀中醫學專業大概是50%中醫+50%西醫，和五年制的差別表現在課時和課程要求上。
更新於2018年1月：
1.對於學術學位，中醫學（1005）和中西醫結合（1006）是兩種一級學科，中西醫結合學術學位（1006）下分兩種二級學科：中西醫結合基礎（100601）和中西醫結合臨床（100602）；對於專業學位，中西醫結合臨床專業學位是中醫學專業學位（1057）下屬的二級學科（專業程式碼：105709），沒有“中西醫結合基礎”專業學位。所以，要當中西醫結合醫師的應考取105709中西醫結合臨床專業學位，屬於中醫學執業類別；要搞科研的，應考取100601中西醫結合基礎學術學位或者100602中西醫結合臨床學術學位，兩者區別在於科研方向偏基礎或偏臨床。至於本科，由於醫學在本科階段不存在專業學位，所以本科的中醫學（專業程式碼：100500k）和中西醫臨床醫學（專業程式碼：100600k）這兩個專業屬於兩個不同的一級學科，當然本科畢業也可以當醫生，要再另外規培而已。
2.對於科研，說一下中西醫結合（1006）：中醫藥大學或者部分醫科大學的中西醫結合基礎（100601）和中西醫結合臨床（100602）科研實力自然是不行的，出來後主要還是從事臨床的多，而且還要規培，不划算。而綜合性大學（比如復旦）的中西醫結合基礎（100601）和中西醫結合臨床（100602）科研實力相對較強，研究方向主要是中西醫現代科學研究（復旦以腦科學為主），考得上的話出來以後自然是搞科研的。3.對於當醫生而言，中西醫結合臨床專業學位（105709）屬於中醫學專業學位（1057）下屬二級學科，執醫考試內容與中醫學不同，執醫證屬於“中醫學”類別的“中西醫”範圍。執業環境看地區，像在江蘇，中醫和中西醫醫師其實沒有什麼差別。《中醫藥法》出來後，中西醫結合專業依然會長期被承認，不用擔心。升職方面，在江蘇，中西醫結合分科的高階職稱已經打通，不存在你從“中西醫結合內科”主治變成“中西醫結合”副主任的情況，所以也不用擔心。因此，在江蘇，對於做醫生而言，中醫和中西醫結合已經沒什麼不同。
唯一不同在於，你從中西醫臨床醫學本科考到中醫學研究生（指1057專業學位）或者從中醫學本科考到中西醫結合研究生（指105709專業學位）後，可能需要先後考兩次執醫證（一個以本科專業一個以研究生專業報考）。如果不考兩次，以後當地衛生部門不讓你隨便變更同一類別下的不同執業範圍的話（你申訴也不成功的話），評職稱可能只能以你手中所擁有的執醫證的學歷（也就是本科）來評，相當於研究生白讀了。當然，這種情況是否發生就要看運氣了。
PS：關於如何變更執業範圍（中醫類別下的中醫執業範圍和中西醫執業範圍相互變更），請參照《執業醫師法》，原則上不需要重新考試（只需要有更高的學歷證明或者接受額外培訓）。歡迎遇阻的同仁向上級衛生部門發起行政申訴，捍衛自己的權益。阿虎醫考蒐集整理。
1.兩者一級學科就不同，中醫學就是中醫學一級學科（專業程式碼：1005），中西醫臨床醫學（注：這是本科叫法）是中西醫結合一級學科（專業程式碼：1006）。
2.學習內容有一定差別，中醫學五年制本科從課程設定、課時、課程要求上綜合來講大概是40%西醫+60%中醫，中西醫臨床醫學則是60%西醫+40%中醫，課程上中西醫臨床醫學比中醫學多學習西醫婦科學和西醫兒科學，也就是說中西醫臨床醫學臨床課程學習中西醫內外婦兒共八門+中西醫耳鼻喉+眼科+中西醫骨傷科(後三者共三門)，而中醫學不學習西醫婦科和兒科，學習中醫內外婦兒+西醫內外+中醫耳鼻喉+眼科+中醫骨傷科。本碩連讀中醫學專業大概是50%中醫+50%西醫，和五年制的差別表現在課時和課程要求上。
更新於2018年1月：
1.對於學術學位，中醫學（1005）和中西醫結合（1006）是兩種一級學科，中西醫結合學術學位（1006）下分兩種二級學科：中西醫結合基礎（100601）和中西醫結合臨床（100602）；對於專業學位，中西醫結合臨床專業學位是中醫學專業學位（1057）下屬的二級學科（專業程式碼：105709），沒有“中西醫結合基礎”專業學位。所以，要當中西醫結合醫師的應考取105709中西醫結合臨床專業學位，屬於中醫學執業類別；要搞科研的，應考取100601中西醫結合基礎學術學位或者100602中西醫結合臨床學術學位，兩者區別在於科研方向偏基礎或偏臨床。至於本科，由於醫學在本科階段不存在專業學位，所以本科的中醫學（專業程式碼：100500k）和中西醫臨床醫學（專業程式碼：100600k）這兩個專業屬於兩個不同的一級學科，當然本科畢業也可以當醫生，要再另外規培而已。
2.對於科研，說一下中西醫結合（1006）：中醫藥大學或者部分醫科大學的中西醫結合基礎（100601）和中西醫結合臨床（100602）科研實力自然是不行的，出來後主要還是從事臨床的多，而且還要規培，不划算。而綜合性大學（比如復旦）的中西醫結合基礎（100601）和中西醫結合臨床（100602）科研實力相對較強，研究方向主要是中西醫現代科學研究（復旦以腦科學為主），考得上的話出來以後自然是搞科研的。3.對於當醫生而言，中西醫結合臨床專業學位（105709）屬於中醫學專業學位（1057）下屬二級學科，執醫考試內容與中醫學不同，執醫證屬於“中醫學”類別的“中西醫”範圍。執業環境看地區，像在江蘇，中醫和中西醫醫師其實沒有什麼差別。《中醫藥法》出來後，中西醫結合專業依然會長期被承認，不用擔心。升職方面，在江蘇，中西醫結合分科的高階職稱已經打通，不存在你從“中西醫結合內科”主治變成“中西醫結合”副主任的情況，所以也不用擔心。因此，在江蘇，對於做醫生而言，中醫和中西醫結合已經沒什麼不同。
唯一不同在於，你從中西醫臨床醫學本科考到中醫學研究生（指1057專業學位）或者從中醫學本科考到中西醫結合研究生（指105709專業學位）後，可能需要先後考兩次執醫證（一個以本科專業一個以研究生專業報考）。如果不考兩次，以後當地衛生部門不讓你隨便變更同一類別下的不同執業範圍的話（你申訴也不成功的話），評職稱可能只能以你手中所擁有的執醫證的學歷（也就是本科）來評，相當於研究生白讀了。當然，這種情況是否發生就要看運氣了。
PS：關於如何變更執業範圍（中醫類別下的中醫執業範圍和中西醫執業範圍相互變更），請參照《執業醫師法》，原則上不需要重新考試（只需要有更高的學歷證明或者接受額外培訓）。歡迎遇阻的同仁向上級衛生部門發起行政申訴，捍衛自己的權益。阿虎醫考蒐集整理。