古生物學界的一部分學者認為，蛇是由陸地蜥蜴的一個分支進化而來的，在進化的過程中，它們的腳逐漸退化消失了，而身子則變得越來越細長。另一種流行觀點則認為蛇的前身是海蜥蜴，後來海蜥蜴的一支開始在陸地上生活，進化成了今天蛇。這種蛇是由海蜥蜴進化而來的觀點在上個世紀已經很盛行了但真正獲得能說明問題的證據還是在1997年，古生物學家對在色列出土的大約9千萬年前的化石進行了分析，最終認定這些化屬於蛇的遠祖。據科學家介紹，這塊名為“帕奇瑞斯”的化石擁幾處與蛇相同的特徵：比如細長的身體和獨特的頭骨等。

在科學家們幾乎一致認為海蜥蜴才是蛇的祖先的時候，對在20年前幾乎是同一地區發現的另一塊化石的分析結果卻推翻了這個結論。這塊名為“哈斯歐非斯”的蛇化石是根據發現者喬治·哈斯而命名的，美國芝加哥大學博物館的研究人員對它重新進行了分析。研究人員發現，遠古蛇類與今天的蛇看起來十分相像。對三英尺長的“哈斯歐非斯”化石的研究表明，它可以張大嘴巴吞下比自己的頭和身體大得多的獵物，這一點與今天的蟒蛇和巨蟒極為相似，但這同時說明化石中的動物或許是蛇，但絕不是原始的蛇。而兩塊化石之間又有許多相似之處，也就是說，如果它們中的一個不是蛇的祖先，那麼另一個也不是。對化石的分析結果讓人失望地又將爭論帶回到了起點。