程式執行時要呼叫系統API，動態庫，配置檔案等。部分工具軟體比較單純，只調用了最常用的動態庫，甚至沒有呼叫動態庫。特別常用的基礎動態庫，系統通常是已經預裝了的，那通常就可以直接執行。

linux軟體安裝時往往會把軟體放在諸如這些目錄下：

/usr/share/xxx 程式主要檔案

/usr/share/man 幫助檔案

/usr/lib/ 動態庫、靜態庫

/usr/include/ 標頭檔案

/sbin 可執行檔案

/etc/ 配置檔案

/etc/init.d/ 伺服執行指令碼

~/.xxx 當前使用者的配置檔案

/var/...... 一些執行時檔案

其他還會修改如/etc下部分原本就存在的配置檔案。具體安裝流程要看程式原始碼裡的makefile。

現在流行的一些包管理器會把程式主要放在自己的程式倉庫目錄裡面。

最麻煩的地方，和windows一樣，就是依賴的動態庫、靜態庫。如果是包管理器安裝的，通常沒問題。如果是自己編譯安裝的，有可能用新版本替換過系統原始的舊版本。可能會導致程式相容性問題。