彈道導彈與巡航導彈主要有以下幾點區別：

1、首先定義就不一樣。彈道導彈顧名思義就是遵守彈道學規則的導彈。

彈道導彈雖然是用火箭發動機發射升空，但並不是全程都有動力，到達彈道頂端後，發動機就關機或者拋棄了，然後彈頭沿著預定的彈道自由落體，其運動軌跡是早早計算好的，除部分機動彈頭外，彈頭進入下降段後彈道是無法更改的。

巡航導彈則是在大氣層內移動攻擊，發射前需要嚮導彈提前輸入攻擊座標資料、制定飛行航線、輸入3D航線地圖，發射後依靠衛星引導等多個條件進行攻擊，同時導彈飛行時也會利用掃描器器跟資料進行比對，也可以調整飛行高度等，所以巡航導彈的精度更高。

2、其次彈道不一樣。彈道導彈和巡航導彈最大的不同在於他們的彈道。彈道導彈裝的是火箭發動機，主要靠規定的拋物線，即彈道飛行，中遠端導彈會再入大氣層以獲得更大的動能，十分難以攔截，近程導彈在大氣層內部飛行。彈道導彈的末段速度非常快，甚至能超過20倍音速。

3、發射方式有別，前者有陸基井丶公路鐵路機動、海基潛艇、空基戰略轟炸機，後者有車載、潛艇、飛機。

4、任務不同，前者中遠端以上核武器執行戰略任務，前者的中近程常規及後者主要執行戰役任務。

5、管轄有別，前者的中遠端以上核武屬於國家戰略武器，後者多屬戰區武器。