腎積水的原因主要就是尿路梗阻，腎積水的常見原因有泌尿系的結石、輸尿管的腫瘤以及輸尿管的狹窄，還有比如下尿路的梗阻、前列腺增生，嚴重的也可以引起上尿路的腎積水。還有尿道狹窄等也可以引起腎積水，還有先天性的畸形疾病，比如腎盂輸尿管狹窄、巨輸尿管症、輸尿管反流、神經源性膀胱，這些都可以引起腎積水。

造成腎積水的最主要的病因是腎盂輸尿管交界處梗阻.因為腎內尿液積聚,壓力升高,使腎盂與腎盞擴大和腎實質萎縮.如瀦留的尿液發生感染,則稱為感染性腎積水,當腎組織因感染而壞死失去功能,腎盂充滿膿液,稱為腎積膿或膿腎.　　

先天性的梗阻：　　 ①節段性的無功能：由於腎盂輸尿管交界處或上段輸尿管有節段性的肌肉缺如、發育不全或解剖結構紊亂,影響了此段輸尿管的正常蠕動,造成動力性的梗阻.此種病變如發生在輸尿管膀胱入口處,則形成先天性巨輸尿管,後果為腎、輸尿管擴張與積水.　　 ②先天性輸尿管異位、囊腫、雙輸尿管等.　　 ③輸尿管扭曲、粘連、束帶或瓣膜矛結構,此可為先天性也可能為後天獲得,常發生在腎盂輸尿管交界處、輸尿管腰段,兒童與嬰兒幾乎佔2/3.　 ④異位血管壓迫約1/3,為異位的腎門血管,位於腎盂輸尿管交界處的前方.其他有體鐵形腎和胚胎髮育時腎臟旋轉受阻等.　　 ⑤輸尿管高位開口：可以是先天性的,也可因腎盂周圍纖維化或膀胱輸尿管迴流等引起無症狀腎盂擴張,導致腎盂輸尿管交界部位相對向上遷移,在術中不能發現狹窄.　　 ⑥內在性輸尿管狹窄：大多發生在腎盂輸尿管交界處,狹窄段通常為1~2mm,也可長達1~3cm,產生不完全的梗阻和繼發性扭曲.在電子顯微鏡下可見在梗阻段的肌細胞周圍及細胞中間有過度的膠原纖維,久之肌肉細胞被損害,形成以膠原纖維為主的無彈性的狹窄段阻礙了尿液的傳送而形成腎積水。