1、定義不同

股權投資基金在中國通常稱為私募股權投資，從投資方式角度看，依國外相關研究機構定義，是指透過私募形式對私有企業，即非上市企業進行的權益性投資，在交易實施過程中附帶考慮了將來的退出機制，即透過上市、併購或管理層回購等方式，出售持股獲利。

有限合夥企業由普通合夥人和有限合夥人組成，普通合夥人對合夥企業債務承擔無限連帶責任，有限合夥人以其認繳的出資額為限對合夥企業債務承擔責任。

2、權利不同

有限合夥人以不執行合夥企業事務為代價,獲得對合夥企業債務承擔的有限責任的權利。因此，在有限合夥企業中，有限合夥人的權利是受到一定的限制的，修改後的合夥企業法規定：有限合夥人不得以勞務對合夥企業出資；有限合夥人不執行合夥事務，不得對外代表有限合夥企業。

股權投資基金有少部分PE基金投資已上市公司的股權（如後面將要說到的PIPE），另外在投資方式上有的PE投資如Mezzanine投資亦採取債權型投資方式。

3、特點不同

股權投資基金在資金募集上，主要透過非公開方式面向少數機構投資者或個人募集，它的銷售和贖回都是基金管理人或者基金銷售公司透過私下與投資者協商進行的。另外在投資方式上也是以私募形式進行，絕少涉及公開市場的操作,一般無需披露交易細節。

有限合夥企業可以使資本與智力實現有效的結合，即擁有財力的人作為有限合夥人，擁有專業知識和技能的人作為普通合夥人，這樣使資源得到整合，對市場經濟的發展起到積極的促進作用。