1997年《引爆摩天大樓》
新一收到了來自世界知名建築家——森谷教授於其宅邸舉行的晚會的請帖。柯南、小蘭和小五郎應邀出席。此即為事件的開端……發生了作為特殊火藥的塑膠炸彈大量失竊的案件。那個自稱兇手的男子打來預告電話，與柯南展開博弈。犯人再次向那裡打電話，“工藤為什麼沒來！”那傢伙是從哪裡觀察的？！隨後，兇手連續發來炸彈預告。炸彈究竟被安在了哪裡？城市陷入了恐慌。
1998年《十四個目標》
目暮警官、小蘭的母親妃英里、阿笠博士接連遭到不明身份之人的暗算。柯南追蹤傷害阿笠博士的兇手，他根據幾起案件現場留下的線索發現兇手按照撲克牌的順序行兇，而且遇害者皆與毛利小五郎有關。目暮提供的線索初步揭開事情的真相，原來毛利當年任職警察的時候曾經逮捕犯下殺人罪的賭徒村上丈，當年也更因這一事件導致毛利離職以及婚姻變故。十年後，服刑期滿的村上丈出獄，開始按照撲克牌的順序向毛利身邊之人展開報復。在得知原委後，毛利努力尋找身邊與數字有關的人。在這一過程中，各種驚險場面接連出現。而柯南也對案件的真相產生疑惑。（蘭人工呼吸救柯南初kiss鏡頭）
1999年《世紀末的魔術師》
羅曼諾夫王朝的皇室秘寶－回憶彩蛋，將在大阪鈴木財團美術館內展出的同時，怪盜基德寄出“犯案預告信”準備奪取這無價的皇家藝術之寶，於是鈴木會長要求小五郎協助警方偵查，以防彩蛋被竊取。柯南一行人來到大阪，遇到服部平次，便一同偵查此案。在美術館遇到了蘇聯大使館的書記、珠寶美術商、羅馬王朝研究家、職業攝影師等人。看完彩蛋，大家便解讀預告信線索，不料將時間、地點都解讀錯誤。而基德竊聽到彩蛋被轉移了。在疏於防備的情況下，基德成功地找到了回憶彩蛋。雖然柯南已經發現了基德的行動，看還是晚了一步。基德在逃離途中，卻被神秘的殺手狙擊，墜海失蹤，生死不明。 柯南以新型滑板追蹤，奪回彩蛋。與此同時從國外回來的香阪夏美小姐，從祖母的遺物中發現彩蛋的原稿圖與實物不同。柯南看了原稿後，認為彩蛋有兩顆，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所蓋的城堡，所以大家，包括對彩蛋虎視眈眈的研究者決議要去此城探索 ，找尋第二顆彩蛋。在返回東京的船上，攝影師寒川被殺，而且和基德相同是被擊中右眼。目暮帶著白鳥趕到，調查後柯南發現兇手可能是職業殺手史考兵。而白鳥卻幾次揭穿柯南的提示，使小蘭對柯南的身份起了懷疑。到達東京後，大家前往城堡，阿笠博士為了送做給柯南強化的眼鏡，與灰原哀 也一同出發至城堡，不料少年偵探團也藏身在車上跟蹤而行。在城堡中，柯南意外發現通往地下室的通道，在秘道中珠寶商乾被殺。而其他人在一個棺木中發現了第二個蛋，並明白了回憶之卵的真正含義。但專門狙擊人右眼的神秘殺手“史考兵”也在人群之中。他再次行動，目標是小五郎和小蘭，刺殺失敗後兇手搶走了彩蛋，並想燒燬城堡。柯南追趕兇手，在熊熊大火中，兇手露出了她的真面目。柯南在白鳥的幫助下逃出了火海。回家後小蘭對柯南的真實身份再次起了疑問，正當柯南要說出真相時，新一出現了。（這也是怪盜基德在柯南劇場版初登場）
2000年《瞳孔中的暗殺者》
專針對警察的連續殺人案件發生了，已經連續兩位東京警視廳的現任刑事慘遭殺害，而遇害的兩位刑事都手握警察手冊氣絕身亡。 這意味著什麼，是對付警察的恐怖行為、或是過激派的暴行。警視廳正對此兇殺案件有關的人事物及警察組織內部著手進行搜查。 而警視廳的內部秘密卻如高牆般難以窺探。
柯南與毛利小五郎前往警視廳向目暮警官、白鳥警官查詢有關殺人事件的情報，但他們卻意外地守口如瓶。在小五郎努力追問下，卻得到白鳥警官一句：Need not to know（無須知道）這是警察之間所用的密語，也就是說殺人事件與警察內部有關。
毛利小五郎、柯南和眾多警察參加白鳥警官妹妹的婚宴，席間突然停電，小蘭和佐藤美和子警官都在廁所中，正當小蘭拿起身旁的手電筒時槍聲卻響起，而佐藤警官也為了保護小蘭而挨槍。聽到槍聲的小五郎等人湧入廁所時犯人卻已不留痕跡地脫逃了。這時，小蘭卻因承受不了佐藤警官重傷昏迷的打擊，從而患了逆性健忘！雖然記不起身邊的事，但卻可以照顧自己的日常生活。失去記憶的蘭不斷受到犯人的攻擊，為了找回記憶，眾人帶蘭去熱帶公園，卻誤認為找到真兇而放鬆警惕。此時，找出真兇的柯南趕往樂園保護蘭，最後在噴水池中，蘭想起了以前和新一的事，找回了記憶，並狠揍了一頓犯人。最後在大家的幫助下，犯人成功抓住。（新一對蘭的初告白！！）
2001年《通往天國的倒計時》
柯南一行人在露營的回家途中順道參觀一座位於西多摩市境內即將在近期完成的全日本最高雙塔摩天大樓。而這摩天大樓的擁有者同時也邀請了小五郎與小蘭前來參加開幕典禮，因而與柯南一行人偶然巧遇。一行人在秘書的帶領之下參觀了這座兩棟幾乎一模一樣的最尖端高科技雙塔摩天大樓。但是，此時在這摩天大樓裡卻出現了多位與此建築物有著不同關係的人士，不久之後第一個殺人事件發生了。而且，令人不敢相信的是黑衣組織的成員竟然同時也在大樓附近出現，這讓人不免聯想到灰原哀自從那些日子以來，在深夜裡究竟是在跟誰聯絡。 而柯南的真正身份會被組織發現嗎，且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的勸說，雙塔摩天大樓的開幕典禮仍按照預定進行。為了查出這場發生在總樓層高300公尺的高科技摩天大樓的殺人事件真相，柯南將與其宿敵，也就是當初逼迫工藤新一喝下毒藥使他身體縮小的兇手——黑衣組織，展開一場史上最恐怖的攻防戰。
我個人認為這部是最好看的，充分展現了外表柔弱內心堅強的蘭和外表高冷內心渴望同伴的小哀。而且這部劇場版最後的高潮竟然遵循著物理公式而不是柯學。
2002年《貝克街的亡靈》
在資訊科技行業的帝王托馬斯·辛德勒的基礎上，開發了人工智慧程式“諾亞方舟”的10歲天才少年弘樹離奇自殺。2年後，辛德勒公司發表了使用了最新的虛擬現實技術的前所未有的遊戲“繭”。這是可支配五感，體驗就像現實中事情的虛擬體感遊戲。柯南、小蘭和少年偵探團一起，前往釋出會。在那裡也出現了與這部遊戲開發有關係的新一父親——優作的身影。然而在華麗的聚會開始之後，辛德勒手下“繭”的開發負責人——堅村被殺害了。發現了堅村留下的資訊的柯南，直覺感到優作負責的“繭”的舞臺中隱藏著線索。少年偵探團和灰原、小蘭、警視副總監的孫子·諸星等人一起，向夏洛克·福爾摩斯和混合了真實存在的殺人犯開膛手傑克的“古代倫敦”發起挑戰。可就在遊戲開始的同時，遊戲被“諾亞方舟”控制了……
國內好評最高的一部，也是位列名偵探柯南劇場版歷代19部作品人氣投票最終結果第2位
2003年《迷宮的十字路口》
在東京某個位於西國立市的神社內，有三名可疑的男子正在密談。突然有個戴著假面具的黑影男人出現，用日本刀和弓箭在瞬間將三人殺害;與此事件同時，大阪、京都也相繼發生了殺人事件。警方在經過調查後發現，被殺害的五人都是出沒於東京、大阪、京都三地，專門偷竊著名佛像及藝術品的竊盜集團“源氏螢”的成員。這個集團以日本歷史上最有名的悲劇武將——源義經的故事《義經記》為名，首腦化名“義經”，部下則以“弁慶”為首，各自以家將姓名相稱。
另一方面，小五郎帶著柯南、小蘭和園子來到了京都。八年前，位於京都的古老寺院——山能寺中的一尊國寶級佛像遭到偷竊，寺院的住持委託他們解讀一幅可以判斷佛像藏匿地點的謎樣的畫像，因而請來了小五郎幫忙。
瞬間躲過襲擊的柯南，看到那名男子後感到十分驚奇。那個男子竟是與工藤新一併稱的西部高中生偵探——服部平次，同時也是少數知道柯南就是工藤新一的人物之一。他也是為了追尋在大阪發生的竊盜集團成員被殺事件的真相而到達京都，總是在較勁的柯南與平次，這次為了查出事件的真相，決定聯手進行調查，但是，兩人萬萬沒想到，戴著面具的黑影男人居然就出現在他們面前。（平次的初戀之謎）
《迷宮的十字路口》位列名偵探柯南劇場版歷代19部作品人氣投票最終結果第1位，從此兒玉兼嗣監督時代結束，迎來了山本泰一郎監督。
2004年《銀翼的魔術師》
演員牧樹裡所擁有的珠寶“命運的寶石”被鎖定成為目標，預告函的署名是怪盜基德。但是，預告函為什麼是送給工藤新一，基德會再次在柯南面前現身嗎，慘劇的真相到底是什麼，26個文字、滑道、怪盜基德，這一次的謎題是什麼，關鍵又會是什麼，某天，毛利偵探事務所接到了知名舞臺劇女演員牧樹裡的委託。委託內容是牧樹裡收到怪盜基德預告信，信中指出怪盜基德將在舞臺上奪取牧樹裡佩帶的藍寶石戒指，“命運的寶石”。於是毛利小五郎接受保護寶石的工作，依據毛利小五郎的推理，基德將在演出的最後一天前來盜取這顆無價的寶石。在演出的最後一天，毛利小五郎、小蘭和柯南受邀觀賞舞臺劇，在劇場裡錯綜複雜的人群中，基德到底會假扮成誰出現在大家面前，在緊張的埋伏等候中，出現在大家面前的竟然是工藤新一，柯南一方面必須保護寶石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因為拆穿基德就等於公開自己身體縮小的秘密。柯南只好盯緊假的工藤新一，一刻都不能鬆懈。就在舞臺劇即將落幕之前，柯南發現假的工藤新一不見了，隨即追上，但卻在一片混亂之中來是讓基德逃脫了。不過，“命運的寶石”終究是保護住了，牧樹裡為了表示感謝，邀請毛利偵探前往北海道函館的別墅度假，同行的還有一同演出的其他演員。就在大家都搭上飛機前往函館的機艙裡，一幕精心設計的殺人劇碼就在大家面前實際上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解開發生在飛機上的密室殺人事件，到底柯南要怎麼行動？（蘭的初告白）
2005年《水平線上的陰謀》
15年前的一個霧色濃稠的夜晚，在北大西洋的海上一艘正在航行中的貨輪“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川發生事故沉沒。萬幸的是船上大部分人都逃過這一劫難，只有船長和一名船上的高階幹部不幸罹難身亡。時間回到15年後的現在，地點是日本東京西多摩市的別墅密集區，八代財團旗下分屬八代造成業的設計師八代英人，開車的時候心臟病突發，結果車子不幸掉下山崖造成車毀人亡。誰也沒想到，時隔15年且分別發生在海洋和陸地上的兩起事故，會是一項重大陰謀的開始。鏡頭轉到正在太平洋上航行的豪華客輪阿芙洛迪特號上，這是根據希臘神話中的代表美麗的愛神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小蘭和毛利小五郎受到園子邀請，參加這首船的處女航。理所當然，這麼受到矚目的豪華客輪，參加處女航的都是些政界、社交界的紳士名媛。然而沒多久，船上出現了可疑分子，園子更遭到襲擊被其監禁，幸運的是根據柯南的推理順利找回了園子，正在眾人歡欣鼓舞的時候，卻發生了殺人案件。被害者正是這次處女航的主辦人，八代客輪的社長八代貴江，她是半個月以前車禍身亡的八代英人的妻子，緊接著八代財團的董事長，貴江的父親八代延太郎也從船上神秘消失，獲悉此事的目暮警官帶著一群警察上船來搜查，同時出動了東京海上保安廳的人對海上進行搜查，陸地上也有警視廳的人在八代英人出事的地點進行再搜查。與此同時，理所當然地我們的小主人公柯南也展開了他最擅長的推理。而這次包括乘客和船上工作人員，總共有600名嫌疑人。於是柯南、毛利小五郎以及警方分別展開了各自的調查，與此同時，犯人也正展開他巨大的陰謀。為了不影響乘客的情緒，船上的晚宴仍然如期舉辦。在柯南的努力下，真相即將被揭發時卻突然發生了重大意外，油輪的機房發生了大爆炸。犯人更在整艘油輪的主要機房內都安置了炸彈，整個船身不停搖晃，讓船員和乘客都驚恐萬分，全船600條人命，就懸於瘋狂的犯人一念之間。置身於無處可逃的大海上，引起了極大的恐慌和混亂，人們陷入了極度的不安中。更糟糕的是，這次連小蘭也被捲入了危險裡面，當然，片子的結果，依舊是正義戰勝邪惡，柯南用他名偵探的推理救出了小蘭，不過出人意料的是，這次掌握事件關鍵的，卻是新一和小蘭超越了時間的羈絆。
《水平線上的陰謀》獲得了2006年東京國際動漫展（TAF）劇場映畫部門賞，這是柯南劇場版獲得的最高獎項。
2006年《偵探們的鎮魂歌》
一天毛利小五郎收到一張請帖，裡面是謎樣男子的委託，需要前往橫濱的一個遊樂場。小五郎和柯南一行人快樂地到達歡樂的遊樂場，還帶上了可以出入無阻代表VIP的手錶，不料正中那名神秘男子的圈套。所有帶上手錶的人不得離開遊樂場，否則便會發生爆炸。從現在開始到晚上十點，柯南和小五郎如果不能解開謎題，蘭和少年偵探團也會隨著遊樂園粉身碎骨。其他偵探們與柯南一同挑戰謎題，當所有人同時努力調查敵人的真面目時，危機不時展露眼前，時間一分一秒地逼近，敵人同時無賴地設下最後一道陷阱。然而更意想不到的是，那名男子居然直接稱呼柯南為工藤新一。（柯南史上最可憐的搶劫者）
2007年《紺碧之棺》
東京都，高木和佐藤抓到了兩個搶劫犯，犯人說出了海盜旗三個字。畫面轉到了神海島。毛利小五郎因為抽中了30萬日元的獎金，原本想一個人去巴黎玩。但是最後只好帶了蘭、園子、阿笠博士和少年偵探團一行人來到了這個小島。 這個小島有沉入海底的古代遺蹟，海底宮殿和300年前確實存在的Anne Boney和Mary Read兩個女海賊遺留下來的寶藏的傳說。
兩個月前有流言說寶藏被找到，引來了大批的遊客和尋寶人，毛利也因此沒能在酒店定到房間，他們被當地的觀光課長巖永帶到了經營民宿的美馬和男家中。少年偵探團們去參觀了當地的博物館，在博物館有兩件非常珍貴的物品，一把彎刀和一把手槍，是兩個女海盜的武器。
少年偵探團在巖永的建議玩尋找寶藏的遊戲。另一邊蘭和園子去潛水，想去看海底宮殿。他們在負責他們這次海底之旅的店中碰到了三個寶藏獵人，分別是松本光次，伊豆山太郎和一個男人。當蘭，園子，和當地的導遊三人潛入海底的時候看到那個男人被鯊魚圍攻，松本，伊豆雖然極力保護，但是那人還是沒能被救活。柯南調查發現那人的潛水衣下面有塑膠袋的痕跡，是有人故意將魚血放在塑膠袋裡，隨著潛的越深，壓力變得越大，塑膠袋破裂，血的氣味引來了鯊魚群。這次的事件使目暮警官，白鳥，佐藤，高木都來到了這個海島，透過指紋發現松本是世界上有名的尋寶人，而且身上有很多案子，是一名國際通緝犯。海底有寶藏的傳言真實性變得越來越高。
少年偵探團們的尋寶遊戲還在繼續，博物館傳來兩個女海盜的手槍和彎刀被盜的訊息。柯南調查時發現兩個尋寶人在偷盜物品後遭人狙擊。第二天蘭和園子被那兩個尋寶人劫為人質。颱風來臨，少年偵探團們的尋寶遊戲中的暗號也終於都被解開，柯南發現民宿的主人美馬先生曾也是一個尋寶人，在他的幫助下發現尋寶遊戲的地圖其實是按照真正的尋寶圖畫的。解開暗號後，柯南得知寶藏應該在附近的賴親島的周圍海域，但入口太小，只有小孩進得去。柯南在美馬的幫助下也去了賴親島，去救蘭和園子。
園子的胳膊被刻意劃傷，幫兩個受傷的尋寶人引開鯊魚，園子陷入鯊魚群，蘭拼命救園子，終於順利逃離，進入海底宮殿。毛利知道女兒的情況後試圖救助，但由於颱風，他們只能等待。松本，伊豆，蘭，園子終於找到了女海賊所藏的海賊船，但是卻沒有寶藏，松本和伊豆想殺人滅口，在千鈞一髮之際，柯南趕到，巖永跟隨柯南也來到了海底宮殿，所有的謎題也都揭開。此時地震發生，海底宮殿就要倒塌，柯南利用甲烷引起爆炸，打破了宮殿的頂部，讓海盜船浮出水面。颱風過去，毛利一行人在海上等待，海盜船剛浮出水面就因為年代太久解體，掉入水中的6人被目暮警官一行人救起。（蘭園友情賽高）
2008年《戰慄的樂譜》
不久之前發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件，被害人均出身於原著名鋼琴家領銜建立的一所音樂學院。柯南等一行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及擁有絕對音感的天才歌手的歌聲。可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多可疑案件。而正式演出當天，柯南他們所在的音樂會會場突然發生了爆炸，陷入一片火海（柯南作為音痴竟然有絕對音感）
2009年《漆黑的追蹤者》
以東京為中心發生了6起連環殺人案件。除目暮警部外，還有各縣刑警和小五郎參加了調查會議。令柯南意想不到的是，他發現一位會議上的刑警進入了一輛跑車裡。“那輛車……難道是，琴酒的？”“黑衣組織”中的一人潛入了調查會議，並乘琴酒的車逃走了。連續殺人案件是“黑衣組織”搞的鬼嗎？危機一觸即發！如果讓琴酒知道工藤新一還活著的話，不僅會危及新一，還有柯南身邊的人。意識到事情危險性的柯南獨自開始調查。
除了蘭的空手道，這部劇場版真的蠻無聊的。而且給後面的監督給予了套路靈感（呵呵），比如想要表現蘭的堅強勇敢就是空手道秀，黑衣組織成為了FBI臥底集中營。
2010年《天空的遇難船》
鈴木園子的叔叔次郎吉不甘心失敗，決定再次向怪盜基德發出挑戰。這位壞脾氣的大叔斥巨資製造了巨型的飛船貝爾·雪利二世號，並以鑲嵌有名貴寶石“天空的貴婦人”的戒指作賭注，邀請基德前來挑戰，看他能否在東京到大阪的這6小時時間內完成這項困難的任務。柯南、小蘭等人理所當然也接到邀請，甚至電視臺的人也興師動眾前來。隨著時間的流逝，雙方的對決悄悄展開。另一方面，恐怖組織紅色暹羅貓也登上了飛船。此前不久，紅色暹羅貓襲擊了國立東京微生物研究所，並盜走一種致命的病毒。（快蘭和快新兩大cp的心頭好）
山本泰一郎監督時代結束，迎來了靜野孔文（這個垃圾）
2011年《沉默的十五分鐘》
復仇般的地鐵爆破
“針對你這4年傲慢無禮的執政期，在此施下天誅的警告！”一封謎一般的恐嚇信突然寄到了朝倉都知事手中。次日在知事親臨剪綵現場的新地鐵隧道中發生了爆炸！千鈞一髮之際，多虧了得知恐嚇信之事的柯南，才避免了人員傷亡，但未能取知事性命的犯人恐怕不會就此罷手，而製造更大的災難。柯南調查了這位朝倉知事的經歷後，推測在其出任國土交通大臣期間建造水壩的相關者中有人仍懷恨在心，便從這方面入手開始搜查。
迫近水壩小鎮的危機
五年前為了建造水壩，新潟縣的北之澤村被沉入了湖底，村民們在附近重建了家園繼續生活。在重建五週年的紀念活動上，人們又紛紛聚集到了一起。犯人果真會在他們之中嗎？柯南在調查過程中，偶遇了五名男女，他們是時隔八年才重新聚首的兒時玩伴……
“少年”的記憶……
八年前交通死亡事故的陰影，對建設水壩的不滿，至今仍讓嫉妒與怨恨在他們的心中糾結不清。緊接著，在那場交通事故同日，在去看天鵝的途中不慎墜入懸崖的“少年”冬馬在昏迷了八年之後終於睜開了眼睛！隨著冬馬關於事故當日的記憶逐漸恢復，危險也步步逼來。果然在兒時玩伴的五人中，一人已命喪黃泉！黑影也在逐漸逼近少年偵探團！冬馬當年究竟看到了什麼？留在他記憶裡的真相究竟是怎樣的？地鐵爆炸犯的下一個目標又將是什麼？大規模的災難向這個水壩邊的小鎮襲來！
2012年《第11個前鋒》
毛利偵探事務所突然接到一通威脅電話，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了。“藍色的少年與藍色的斑馬，從天而降的雨……”——根據犯人寄來的挑戰書，若不能解讀謎之暗號，便無法阻止接下來的爆炸。小五郎和毛利蘭在米花市內來回奔走，卻完全找不到破解暗號的方法。而正當柯南與灰原哀和少年偵探團一起、沉浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中的時候，得知了威脅電話的事情，為了解讀暗號柯南獨自一人離開了球場，卻得知了無人能夠阻止的恐怖事實。
最無聊的劇場版，真的可以不看。
2013年《絕海的偵探》
薄霧籠罩的京都，一起攸關日本國家安全的大事件即將發生。一艘疑似裝載爆炸物的可疑船隻靠近舞鶴灣。透過對船上相關資料和零部件的勘察判明，該船很大可能來自海外。此訊息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。
就在同一天，江戶川柯南、毛利小五郎、毛利蘭以及少年偵探團的各位一同觀摩海上自衛隊組織的對空作戰演習，他們史無前例地登上了宙斯盾艦穗高號，與全國各地聚集來的孩子們一起，被裝備了電子武裝的高科技宙斯盾艦帶來的巨大魄力所震撼。
誰知演習中突發意外，原本虛擬的作戰瞬間變成真槍實彈的殺戮。不久，海面上漂浮著的失去左臂的自衛隊隊員一等海尉笹浦洋介遺體被發現。種種不安與猜測在小蘭和少年偵探們的心中蔓延。另一方面，海上自衛隊迅速冷靜地穩定事態，但始終不能探明敵人的真實身份和他的目標。就在此時，宙斯盾艦上發現了遇害隊員的左臂，其配戴的手錶指標停止在上午5:30。接二連三的異常事件，迫使大阪府警乘坐直升機趕來，與京都當地的同儕協作展開調查。在此期間，神秘的女性自衛隊員藤井七海也登上了宙斯盾艦。
柯南透過隨身攜帶的追蹤眼鏡、新道具衛星電話手錶等裝備與灰原哀、阿笠博士取得聯絡，此外更得到服部平次和遠山和葉的協助。最強偵探團全方位通力合作，終於發現了這一系列事件背後的始作俑者——現已秘密潛入軍艦內的某國間諜“X”。在此期間，平次和小蘭等人的生命相繼受到威脅。
X到底有何目的？他的真實身份是什麼？自衛隊員的左臂以及藤井七海的背後又隱藏怎樣的秘密？關係到全日本生死存亡的巨大陰謀，此刻正有條不紊地展開。柯南將於與看不見的敵方間諜進行諜報戰，面臨危浪絕海的緊急任務。此次柯南能否再次守護朋友，協助海上自衛隊保護日本民眾免受戰爭的災禍？（柯南唯一一次落淚）
2014年《異次元的狙擊手》
以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔（注：以現實中634米的東京晴空塔為原型）竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望臺上享受著絕美的景色。就在此時，一發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了一個男人的胸膛。案件發生於一瞬之間，完全搞不清到底發生了什麼，小蘭與少年偵探團都陷入了恐慌。
柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡功能，沿著彈道發現了一個黑色的身影。“從那麼遠的距離進行狙擊，怎麼可能？！”柯南馬上與女高中生偵探世良真純乘坐摩托車追趕逃走的狙擊手，意想不到的是狙擊手居然連警察的巡邏車都打算一起炸掉，整個追蹤過程都被其玩弄於股掌之中。結果，這場激烈的追蹤將FBI也捲入其中，犯人以及狙擊事件的謎團都消失在了大海里。
於是柯南和世良協力，而警察和FBI合作調查此案，終於查出了美國海軍特種部隊“海豹突擊隊”的存在。其實這起狙擊事件不過是接下來將發生的大混亂的第一步！與此同時，住在工藤新一家的神秘研究生衝矢昴也不動聲色地秘密行動起來……（世良的初登場）
2015年《業火的向日葵》
紐約的奇蹟！大富豪來到日本？
大富豪雲集的拍賣會場人聲鼎沸。鈴木財團的顧問鈴木次郎吉拍下了據說早已在日本被燒燬的梵高名作《向日葵》。電視正對這個重大新聞進行全球直播，柯南和小蘭他們也在目不轉睛地收看著。
為保護畫作，鈴木財團召集了以毛利小五郎為首的專業團隊“七武士”。就在這時，怪盜基德突然出現！他大張旗鼓地擾亂了會場，隨後消失在紐約上空。
嫌疑犯怪盜基德？！
此後載著《向日葵》的客機在飛往日本的途中突然爆炸！《向日葵》最終被潛伏在機上的基德奪走。飛機緊急迫降在羽田機場，柯南趕到併成功奪回了《向日葵》，然而讓他深感不解的是，“向來只對大型寶石下手的基德，怎麼會淪為不惜傷人性命的嫌犯？”
不久，灰原去新宿的美術館參觀，沒想到基德居然大膽地出現在那裡！媒體也被捲入其中，現場一片混亂。
其手法，神出鬼沒——
巧妙的犯罪手法一步步升級之時，《向日葵》被安放在了雷克洛克美術館。那裡號稱有著堅不可摧的保安系統。鈴木次郎吉的目的是集齊世上現存的7幅《向日葵》，舉辦一場史無前例的畫展。這些極具歷史意義的畫作萬一發生意外，極可能引發國際爭端，在這樣緊迫的狀況下，紐約市警方也攜手合作，還有柯南和“七武士”負責戒備。此時，小五郎收到了基德發出的神秘預告函！
演員齊聚，狂宴開幕！！
基德的陰影不斷逼近。另一方面，各幅《向日葵》也陸續從世界各國彙集到日本。終於到了畫展開幕的這天，在宣告開幕的樂聲中，高中生偵探工藤新一悄然現身！
新快蘭的心頭好，基德扮演新一這梗咋就玩不膩呢。
靜野孔文監督時代結束，迎來了櫻井武晴這個大垃圾，從此柯學發揚光大，推理從此是搞笑，阿笠博士發明領先21世紀，新蘭哀疑似三角戀曖昧玩一波。
2016年《純黑的噩夢》
由“黑色”裁決“黑色”——
德國，加拿大，以及（英國）倫敦。黑衣組織所製造的暗殺案件在世界各地接連發生！
目標的共同點是？組織的目的是？
不久，琴酒就將魔爪伸向日本。這場暗殺大戲不過才剛剛開始。
宿命的相遇，突然——
東都水族館進行了大規模翻新。為了觀賞那裡的特色——世界第一個二輪式巨大摩天輪而來到此處的柯南一行人與那裡一位受傷的神秘女性相遇。她似乎由於某種原因喪失了記憶。線索只有已損壞的手機。柯南與少年偵探團一起，決定幫助她找回記憶。這時，灰原覺察到了異樣。這個女性，是左右眼顏色不同的“雙色瞳”的擁有者。
暴露的雙重面孔！
因為眼睛的特徵是一致的，灰原擔心其真實身份就是組織的NO.2（2號人物）——朗姆。另一方面，正當柯南尋找接近宿敵的機會時，突然間這個女性在看到摩天輪時發作了起來。這時候她喃喃自語的是“司陶特、威士蓮、阿誇維特、基爾、波本……”果然她的真實身份是黑衣組織的一員！而在她被送入警察醫院後，FBI與公安推測時機已成熟，便悄悄展開了行動。
互相爭奪“秘密”！
根據FBI赤井秀一的調查，日本警察某份資料被竊取之事得到證實。那就是間諜的名單“NOC List”（非官方臥底名單）。這份資料一旦流入組織手中，世界的情報機關將會崩潰，且潛入組織的公安——安室透與CIA（美國中央情報局）——水無憐奈的性命也將陷入危險中。在柯南與赤井追查案件的同時，琴酒將水無和安室拘禁。此時，旁邊貝爾摩得的手機響了。那位下達指示的是……
看秀一、安室透線上頭文字D＋激情打戲，秀透cp從此火遍日本。
2017年《唐紅的戀歌》
在日賣電視臺發生了爆炸案！此時，引領日本百人一首界的“皋月會”正舉辦記者會，人群陷入大恐慌！在崩塌中的大樓內，只有關西名偵探——服部平次和他的青梅竹馬——遠山和葉被困，千鈞一髮之際柯南將他們平安救出。案件如恐怖襲擊一般，然而犯人的目的無人知曉這一無法理解的狀況令柯南和平次不禁感到蹊蹺。
爆炸騷動中，柯南與堅稱是平次未婚妻的女子相遇。她的名字是大岡紅葉。紅葉竟然是競技歌牌的高中生冠軍。意想不到的是，和葉決定賭上平次向紅葉挑戰百人一首，拜頗具實力的平次之母靜華為師，開始了特訓的日子。
與此同時，在京都嵐山的日式住宅內，發生了皋月杯冠軍遭殺害的案件。那時，在殺人現場的顯示器中映現的是紅葉的身影。並且被害者周圍散落著許多耐人尋味的歌牌。紅葉與案件的關係究竟是？
柯南和平次與大阪府警、京都府警一起，開始了對與兩起案件有關的皋月會的調查。不久，在調查過程中謎團接連浮現。隨著謎團的解開，發現其中隱藏著“與百人一首有關的共同點”。大阪和京都，兩起案件相連為一時，設下的命運的齒輪開始加速！
青山剛昌、近藤秀峰、米倉功人、石山桂一憑藉此片獲第37屆藤本獎
2018年《零的執行人》
作為東京峰會召開地的東京灣新設施“Edge of Ocean”（大洋邊緣）。在峰會召開的5月1日有約2萬名警察出動的這一超巨大設施，發生了大規模爆炸案！那裡，有隸屬於暗中掌控全國公安警察、俗稱為“零”的警察廳秘密組織的安室透的身影。秘密暗中出動的安室的神秘行動令柯南不禁感到蹊蹺。
根據現場留下的作為證據的指紋，犯人被斷定為曾在警視廳就職的毛利小五郎！與安室圍繞小五郎的逮捕開始敵對的柯南聽說了過去安室曾將嫌疑人逼至自殺的奇妙案件。隨後在決定起訴小五郎的那時，在戒備森嚴的東京都內，同時爆發了多起難以理解的恐襲！
柯南和公安警察正接近著隱藏在案件後的陰謀，峰會召開那天也被確定是大型無人探測器“天鵝”完成在火星的任務返回地球的日子。究竟，迫近的X日會發生什麼？神秘的存在——安室透，究竟是敵人，還是夥伴？
亞洲總票房突破100億日元，安室透成為百億男神。
“我的戀人，是這個國家。”
1997年《引爆摩天大樓》
新一收到了來自世界知名建築家——森谷教授於其宅邸舉行的晚會的請帖。柯南、小蘭和小五郎應邀出席。此即為事件的開端……發生了作為特殊火藥的塑膠炸彈大量失竊的案件。那個自稱兇手的男子打來預告電話，與柯南展開博弈。犯人再次向那裡打電話，“工藤為什麼沒來！”那傢伙是從哪裡觀察的？！隨後，兇手連續發來炸彈預告。炸彈究竟被安在了哪裡？城市陷入了恐慌。
1998年《十四個目標》
目暮警官、小蘭的母親妃英里、阿笠博士接連遭到不明身份之人的暗算。柯南追蹤傷害阿笠博士的兇手，他根據幾起案件現場留下的線索發現兇手按照撲克牌的順序行兇，而且遇害者皆與毛利小五郎有關。目暮提供的線索初步揭開事情的真相，原來毛利當年任職警察的時候曾經逮捕犯下殺人罪的賭徒村上丈，當年也更因這一事件導致毛利離職以及婚姻變故。十年後，服刑期滿的村上丈出獄，開始按照撲克牌的順序向毛利身邊之人展開報復。在得知原委後，毛利努力尋找身邊與數字有關的人。在這一過程中，各種驚險場面接連出現。而柯南也對案件的真相產生疑惑。（蘭人工呼吸救柯南初kiss鏡頭）
1999年《世紀末的魔術師》
羅曼諾夫王朝的皇室秘寶－回憶彩蛋，將在大阪鈴木財團美術館內展出的同時，怪盜基德寄出“犯案預告信”準備奪取這無價的皇家藝術之寶，於是鈴木會長要求小五郎協助警方偵查，以防彩蛋被竊取。柯南一行人來到大阪，遇到服部平次，便一同偵查此案。在美術館遇到了蘇聯大使館的書記、珠寶美術商、羅馬王朝研究家、職業攝影師等人。看完彩蛋，大家便解讀預告信線索，不料將時間、地點都解讀錯誤。而基德竊聽到彩蛋被轉移了。在疏於防備的情況下，基德成功地找到了回憶彩蛋。雖然柯南已經發現了基德的行動，看還是晚了一步。基德在逃離途中，卻被神秘的殺手狙擊，墜海失蹤，生死不明。 柯南以新型滑板追蹤，奪回彩蛋。與此同時從國外回來的香阪夏美小姐，從祖母的遺物中發現彩蛋的原稿圖與實物不同。柯南看了原稿後，認為彩蛋有兩顆，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所蓋的城堡，所以大家，包括對彩蛋虎視眈眈的研究者決議要去此城探索 ，找尋第二顆彩蛋。在返回東京的船上，攝影師寒川被殺，而且和基德相同是被擊中右眼。目暮帶著白鳥趕到，調查後柯南發現兇手可能是職業殺手史考兵。而白鳥卻幾次揭穿柯南的提示，使小蘭對柯南的身份起了懷疑。到達東京後，大家前往城堡，阿笠博士為了送做給柯南強化的眼鏡，與灰原哀 也一同出發至城堡，不料少年偵探團也藏身在車上跟蹤而行。在城堡中，柯南意外發現通往地下室的通道，在秘道中珠寶商乾被殺。而其他人在一個棺木中發現了第二個蛋，並明白了回憶之卵的真正含義。但專門狙擊人右眼的神秘殺手“史考兵”也在人群之中。他再次行動，目標是小五郎和小蘭，刺殺失敗後兇手搶走了彩蛋，並想燒燬城堡。柯南追趕兇手，在熊熊大火中，兇手露出了她的真面目。柯南在白鳥的幫助下逃出了火海。回家後小蘭對柯南的真實身份再次起了疑問，正當柯南要說出真相時，新一出現了。（這也是怪盜基德在柯南劇場版初登場）
2000年《瞳孔中的暗殺者》
專針對警察的連續殺人案件發生了，已經連續兩位東京警視廳的現任刑事慘遭殺害，而遇害的兩位刑事都手握警察手冊氣絕身亡。 這意味著什麼，是對付警察的恐怖行為、或是過激派的暴行。警視廳正對此兇殺案件有關的人事物及警察組織內部著手進行搜查。 而警視廳的內部秘密卻如高牆般難以窺探。
柯南與毛利小五郎前往警視廳向目暮警官、白鳥警官查詢有關殺人事件的情報，但他們卻意外地守口如瓶。在小五郎努力追問下，卻得到白鳥警官一句：Need not to know（無須知道）這是警察之間所用的密語，也就是說殺人事件與警察內部有關。
毛利小五郎、柯南和眾多警察參加白鳥警官妹妹的婚宴，席間突然停電，小蘭和佐藤美和子警官都在廁所中，正當小蘭拿起身旁的手電筒時槍聲卻響起，而佐藤警官也為了保護小蘭而挨槍。聽到槍聲的小五郎等人湧入廁所時犯人卻已不留痕跡地脫逃了。這時，小蘭卻因承受不了佐藤警官重傷昏迷的打擊，從而患了逆性健忘！雖然記不起身邊的事，但卻可以照顧自己的日常生活。失去記憶的蘭不斷受到犯人的攻擊，為了找回記憶，眾人帶蘭去熱帶公園，卻誤認為找到真兇而放鬆警惕。此時，找出真兇的柯南趕往樂園保護蘭，最後在噴水池中，蘭想起了以前和新一的事，找回了記憶，並狠揍了一頓犯人。最後在大家的幫助下，犯人成功抓住。（新一對蘭的初告白！！）
2001年《通往天國的倒計時》
柯南一行人在露營的回家途中順道參觀一座位於西多摩市境內即將在近期完成的全日本最高雙塔摩天大樓。而這摩天大樓的擁有者同時也邀請了小五郎與小蘭前來參加開幕典禮，因而與柯南一行人偶然巧遇。一行人在秘書的帶領之下參觀了這座兩棟幾乎一模一樣的最尖端高科技雙塔摩天大樓。但是，此時在這摩天大樓裡卻出現了多位與此建築物有著不同關係的人士，不久之後第一個殺人事件發生了。而且，令人不敢相信的是黑衣組織的成員竟然同時也在大樓附近出現，這讓人不免聯想到灰原哀自從那些日子以來，在深夜裡究竟是在跟誰聯絡。 而柯南的真正身份會被組織發現嗎，且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的勸說，雙塔摩天大樓的開幕典禮仍按照預定進行。為了查出這場發生在總樓層高300公尺的高科技摩天大樓的殺人事件真相，柯南將與其宿敵，也就是當初逼迫工藤新一喝下毒藥使他身體縮小的兇手——黑衣組織，展開一場史上最恐怖的攻防戰。
我個人認為這部是最好看的，充分展現了外表柔弱內心堅強的蘭和外表高冷內心渴望同伴的小哀。而且這部劇場版最後的高潮竟然遵循著物理公式而不是柯學。
2002年《貝克街的亡靈》
在資訊科技行業的帝王托馬斯·辛德勒的基礎上，開發了人工智慧程式“諾亞方舟”的10歲天才少年弘樹離奇自殺。2年後，辛德勒公司發表了使用了最新的虛擬現實技術的前所未有的遊戲“繭”。這是可支配五感，體驗就像現實中事情的虛擬體感遊戲。柯南、小蘭和少年偵探團一起，前往釋出會。在那裡也出現了與這部遊戲開發有關係的新一父親——優作的身影。然而在華麗的聚會開始之後，辛德勒手下“繭”的開發負責人——堅村被殺害了。發現了堅村留下的資訊的柯南，直覺感到優作負責的“繭”的舞臺中隱藏著線索。少年偵探團和灰原、小蘭、警視副總監的孫子·諸星等人一起，向夏洛克·福爾摩斯和混合了真實存在的殺人犯開膛手傑克的“古代倫敦”發起挑戰。可就在遊戲開始的同時，遊戲被“諾亞方舟”控制了……
國內好評最高的一部，也是位列名偵探柯南劇場版歷代19部作品人氣投票最終結果第2位
2003年《迷宮的十字路口》
在東京某個位於西國立市的神社內，有三名可疑的男子正在密談。突然有個戴著假面具的黑影男人出現，用日本刀和弓箭在瞬間將三人殺害;與此事件同時，大阪、京都也相繼發生了殺人事件。警方在經過調查後發現，被殺害的五人都是出沒於東京、大阪、京都三地，專門偷竊著名佛像及藝術品的竊盜集團“源氏螢”的成員。這個集團以日本歷史上最有名的悲劇武將——源義經的故事《義經記》為名，首腦化名“義經”，部下則以“弁慶”為首，各自以家將姓名相稱。
另一方面，小五郎帶著柯南、小蘭和園子來到了京都。八年前，位於京都的古老寺院——山能寺中的一尊國寶級佛像遭到偷竊，寺院的住持委託他們解讀一幅可以判斷佛像藏匿地點的謎樣的畫像，因而請來了小五郎幫忙。
瞬間躲過襲擊的柯南，看到那名男子後感到十分驚奇。那個男子竟是與工藤新一併稱的西部高中生偵探——服部平次，同時也是少數知道柯南就是工藤新一的人物之一。他也是為了追尋在大阪發生的竊盜集團成員被殺事件的真相而到達京都，總是在較勁的柯南與平次，這次為了查出事件的真相，決定聯手進行調查，但是，兩人萬萬沒想到，戴著面具的黑影男人居然就出現在他們面前。（平次的初戀之謎）
《迷宮的十字路口》位列名偵探柯南劇場版歷代19部作品人氣投票最終結果第1位，從此兒玉兼嗣監督時代結束，迎來了山本泰一郎監督。
2004年《銀翼的魔術師》
演員牧樹裡所擁有的珠寶“命運的寶石”被鎖定成為目標，預告函的署名是怪盜基德。但是，預告函為什麼是送給工藤新一，基德會再次在柯南面前現身嗎，慘劇的真相到底是什麼，26個文字、滑道、怪盜基德，這一次的謎題是什麼，關鍵又會是什麼，某天，毛利偵探事務所接到了知名舞臺劇女演員牧樹裡的委託。委託內容是牧樹裡收到怪盜基德預告信，信中指出怪盜基德將在舞臺上奪取牧樹裡佩帶的藍寶石戒指，“命運的寶石”。於是毛利小五郎接受保護寶石的工作，依據毛利小五郎的推理，基德將在演出的最後一天前來盜取這顆無價的寶石。在演出的最後一天，毛利小五郎、小蘭和柯南受邀觀賞舞臺劇，在劇場裡錯綜複雜的人群中，基德到底會假扮成誰出現在大家面前，在緊張的埋伏等候中，出現在大家面前的竟然是工藤新一，柯南一方面必須保護寶石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因為拆穿基德就等於公開自己身體縮小的秘密。柯南只好盯緊假的工藤新一，一刻都不能鬆懈。就在舞臺劇即將落幕之前，柯南發現假的工藤新一不見了，隨即追上，但卻在一片混亂之中來是讓基德逃脫了。不過，“命運的寶石”終究是保護住了，牧樹裡為了表示感謝，邀請毛利偵探前往北海道函館的別墅度假，同行的還有一同演出的其他演員。就在大家都搭上飛機前往函館的機艙裡，一幕精心設計的殺人劇碼就在大家面前實際上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解開發生在飛機上的密室殺人事件，到底柯南要怎麼行動？（蘭的初告白）
2005年《水平線上的陰謀》
15年前的一個霧色濃稠的夜晚，在北大西洋的海上一艘正在航行中的貨輪“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川發生事故沉沒。萬幸的是船上大部分人都逃過這一劫難，只有船長和一名船上的高階幹部不幸罹難身亡。時間回到15年後的現在，地點是日本東京西多摩市的別墅密集區，八代財團旗下分屬八代造成業的設計師八代英人，開車的時候心臟病突發，結果車子不幸掉下山崖造成車毀人亡。誰也沒想到，時隔15年且分別發生在海洋和陸地上的兩起事故，會是一項重大陰謀的開始。鏡頭轉到正在太平洋上航行的豪華客輪阿芙洛迪特號上，這是根據希臘神話中的代表美麗的愛神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小蘭和毛利小五郎受到園子邀請，參加這首船的處女航。理所當然，這麼受到矚目的豪華客輪，參加處女航的都是些政界、社交界的紳士名媛。然而沒多久，船上出現了可疑分子，園子更遭到襲擊被其監禁，幸運的是根據柯南的推理順利找回了園子，正在眾人歡欣鼓舞的時候，卻發生了殺人案件。被害者正是這次處女航的主辦人，八代客輪的社長八代貴江，她是半個月以前車禍身亡的八代英人的妻子，緊接著八代財團的董事長，貴江的父親八代延太郎也從船上神秘消失，獲悉此事的目暮警官帶著一群警察上船來搜查，同時出動了東京海上保安廳的人對海上進行搜查，陸地上也有警視廳的人在八代英人出事的地點進行再搜查。與此同時，理所當然地我們的小主人公柯南也展開了他最擅長的推理。而這次包括乘客和船上工作人員，總共有600名嫌疑人。於是柯南、毛利小五郎以及警方分別展開了各自的調查，與此同時，犯人也正展開他巨大的陰謀。為了不影響乘客的情緒，船上的晚宴仍然如期舉辦。在柯南的努力下，真相即將被揭發時卻突然發生了重大意外，油輪的機房發生了大爆炸。犯人更在整艘油輪的主要機房內都安置了炸彈，整個船身不停搖晃，讓船員和乘客都驚恐萬分，全船600條人命，就懸於瘋狂的犯人一念之間。置身於無處可逃的大海上，引起了極大的恐慌和混亂，人們陷入了極度的不安中。更糟糕的是，這次連小蘭也被捲入了危險裡面，當然，片子的結果，依舊是正義戰勝邪惡，柯南用他名偵探的推理救出了小蘭，不過出人意料的是，這次掌握事件關鍵的，卻是新一和小蘭超越了時間的羈絆。
《水平線上的陰謀》獲得了2006年東京國際動漫展（TAF）劇場映畫部門賞，這是柯南劇場版獲得的最高獎項。
2006年《偵探們的鎮魂歌》
一天毛利小五郎收到一張請帖，裡面是謎樣男子的委託，需要前往橫濱的一個遊樂場。小五郎和柯南一行人快樂地到達歡樂的遊樂場，還帶上了可以出入無阻代表VIP的手錶，不料正中那名神秘男子的圈套。所有帶上手錶的人不得離開遊樂場，否則便會發生爆炸。從現在開始到晚上十點，柯南和小五郎如果不能解開謎題，蘭和少年偵探團也會隨著遊樂園粉身碎骨。其他偵探們與柯南一同挑戰謎題，當所有人同時努力調查敵人的真面目時，危機不時展露眼前，時間一分一秒地逼近，敵人同時無賴地設下最後一道陷阱。然而更意想不到的是，那名男子居然直接稱呼柯南為工藤新一。（柯南史上最可憐的搶劫者）
2007年《紺碧之棺》
東京都，高木和佐藤抓到了兩個搶劫犯，犯人說出了海盜旗三個字。畫面轉到了神海島。毛利小五郎因為抽中了30萬日元的獎金，原本想一個人去巴黎玩。但是最後只好帶了蘭、園子、阿笠博士和少年偵探團一行人來到了這個小島。 這個小島有沉入海底的古代遺蹟，海底宮殿和300年前確實存在的Anne Boney和Mary Read兩個女海賊遺留下來的寶藏的傳說。
兩個月前有流言說寶藏被找到，引來了大批的遊客和尋寶人，毛利也因此沒能在酒店定到房間，他們被當地的觀光課長巖永帶到了經營民宿的美馬和男家中。少年偵探團們去參觀了當地的博物館，在博物館有兩件非常珍貴的物品，一把彎刀和一把手槍，是兩個女海盜的武器。
少年偵探團在巖永的建議玩尋找寶藏的遊戲。另一邊蘭和園子去潛水，想去看海底宮殿。他們在負責他們這次海底之旅的店中碰到了三個寶藏獵人，分別是松本光次，伊豆山太郎和一個男人。當蘭，園子，和當地的導遊三人潛入海底的時候看到那個男人被鯊魚圍攻，松本，伊豆雖然極力保護，但是那人還是沒能被救活。柯南調查發現那人的潛水衣下面有塑膠袋的痕跡，是有人故意將魚血放在塑膠袋裡，隨著潛的越深，壓力變得越大，塑膠袋破裂，血的氣味引來了鯊魚群。這次的事件使目暮警官，白鳥，佐藤，高木都來到了這個海島，透過指紋發現松本是世界上有名的尋寶人，而且身上有很多案子，是一名國際通緝犯。海底有寶藏的傳言真實性變得越來越高。
少年偵探團們的尋寶遊戲還在繼續，博物館傳來兩個女海盜的手槍和彎刀被盜的訊息。柯南調查時發現兩個尋寶人在偷盜物品後遭人狙擊。第二天蘭和園子被那兩個尋寶人劫為人質。颱風來臨，少年偵探團們的尋寶遊戲中的暗號也終於都被解開，柯南發現民宿的主人美馬先生曾也是一個尋寶人，在他的幫助下發現尋寶遊戲的地圖其實是按照真正的尋寶圖畫的。解開暗號後，柯南得知寶藏應該在附近的賴親島的周圍海域，但入口太小，只有小孩進得去。柯南在美馬的幫助下也去了賴親島，去救蘭和園子。
園子的胳膊被刻意劃傷，幫兩個受傷的尋寶人引開鯊魚，園子陷入鯊魚群，蘭拼命救園子，終於順利逃離，進入海底宮殿。毛利知道女兒的情況後試圖救助，但由於颱風，他們只能等待。松本，伊豆，蘭，園子終於找到了女海賊所藏的海賊船，但是卻沒有寶藏，松本和伊豆想殺人滅口，在千鈞一髮之際，柯南趕到，巖永跟隨柯南也來到了海底宮殿，所有的謎題也都揭開。此時地震發生，海底宮殿就要倒塌，柯南利用甲烷引起爆炸，打破了宮殿的頂部，讓海盜船浮出水面。颱風過去，毛利一行人在海上等待，海盜船剛浮出水面就因為年代太久解體，掉入水中的6人被目暮警官一行人救起。（蘭園友情賽高）
2008年《戰慄的樂譜》
不久之前發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件，被害人均出身於原著名鋼琴家領銜建立的一所音樂學院。柯南等一行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及擁有絕對音感的天才歌手的歌聲。可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多可疑案件。而正式演出當天，柯南他們所在的音樂會會場突然發生了爆炸，陷入一片火海（柯南作為音痴竟然有絕對音感）
2009年《漆黑的追蹤者》
以東京為中心發生了6起連環殺人案件。除目暮警部外，還有各縣刑警和小五郎參加了調查會議。令柯南意想不到的是，他發現一位會議上的刑警進入了一輛跑車裡。“那輛車……難道是，琴酒的？”“黑衣組織”中的一人潛入了調查會議，並乘琴酒的車逃走了。連續殺人案件是“黑衣組織”搞的鬼嗎？危機一觸即發！如果讓琴酒知道工藤新一還活著的話，不僅會危及新一，還有柯南身邊的人。意識到事情危險性的柯南獨自開始調查。
除了蘭的空手道，這部劇場版真的蠻無聊的。而且給後面的監督給予了套路靈感（呵呵），比如想要表現蘭的堅強勇敢就是空手道秀，黑衣組織成為了FBI臥底集中營。
2010年《天空的遇難船》
鈴木園子的叔叔次郎吉不甘心失敗，決定再次向怪盜基德發出挑戰。這位壞脾氣的大叔斥巨資製造了巨型的飛船貝爾·雪利二世號，並以鑲嵌有名貴寶石“天空的貴婦人”的戒指作賭注，邀請基德前來挑戰，看他能否在東京到大阪的這6小時時間內完成這項困難的任務。柯南、小蘭等人理所當然也接到邀請，甚至電視臺的人也興師動眾前來。隨著時間的流逝，雙方的對決悄悄展開。另一方面，恐怖組織紅色暹羅貓也登上了飛船。此前不久，紅色暹羅貓襲擊了國立東京微生物研究所，並盜走一種致命的病毒。（快蘭和快新兩大cp的心頭好）
山本泰一郎監督時代結束，迎來了靜野孔文（這個垃圾）
2011年《沉默的十五分鐘》
復仇般的地鐵爆破
“針對你這4年傲慢無禮的執政期，在此施下天誅的警告！”一封謎一般的恐嚇信突然寄到了朝倉都知事手中。次日在知事親臨剪綵現場的新地鐵隧道中發生了爆炸！千鈞一髮之際，多虧了得知恐嚇信之事的柯南，才避免了人員傷亡，但未能取知事性命的犯人恐怕不會就此罷手，而製造更大的災難。柯南調查了這位朝倉知事的經歷後，推測在其出任國土交通大臣期間建造水壩的相關者中有人仍懷恨在心，便從這方面入手開始搜查。
迫近水壩小鎮的危機
五年前為了建造水壩，新潟縣的北之澤村被沉入了湖底，村民們在附近重建了家園繼續生活。在重建五週年的紀念活動上，人們又紛紛聚集到了一起。犯人果真會在他們之中嗎？柯南在調查過程中，偶遇了五名男女，他們是時隔八年才重新聚首的兒時玩伴……
“少年”的記憶……
八年前交通死亡事故的陰影，對建設水壩的不滿，至今仍讓嫉妒與怨恨在他們的心中糾結不清。緊接著，在那場交通事故同日，在去看天鵝的途中不慎墜入懸崖的“少年”冬馬在昏迷了八年之後終於睜開了眼睛！隨著冬馬關於事故當日的記憶逐漸恢復，危險也步步逼來。果然在兒時玩伴的五人中，一人已命喪黃泉！黑影也在逐漸逼近少年偵探團！冬馬當年究竟看到了什麼？留在他記憶裡的真相究竟是怎樣的？地鐵爆炸犯的下一個目標又將是什麼？大規模的災難向這個水壩邊的小鎮襲來！
2012年《第11個前鋒》
毛利偵探事務所突然接到一通威脅電話，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了。“藍色的少年與藍色的斑馬，從天而降的雨……”——根據犯人寄來的挑戰書，若不能解讀謎之暗號，便無法阻止接下來的爆炸。小五郎和毛利蘭在米花市內來回奔走，卻完全找不到破解暗號的方法。而正當柯南與灰原哀和少年偵探團一起、沉浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中的時候，得知了威脅電話的事情，為了解讀暗號柯南獨自一人離開了球場，卻得知了無人能夠阻止的恐怖事實。
最無聊的劇場版，真的可以不看。
2013年《絕海的偵探》
薄霧籠罩的京都，一起攸關日本國家安全的大事件即將發生。一艘疑似裝載爆炸物的可疑船隻靠近舞鶴灣。透過對船上相關資料和零部件的勘察判明，該船很大可能來自海外。此訊息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。
就在同一天，江戶川柯南、毛利小五郎、毛利蘭以及少年偵探團的各位一同觀摩海上自衛隊組織的對空作戰演習，他們史無前例地登上了宙斯盾艦穗高號，與全國各地聚集來的孩子們一起，被裝備了電子武裝的高科技宙斯盾艦帶來的巨大魄力所震撼。
誰知演習中突發意外，原本虛擬的作戰瞬間變成真槍實彈的殺戮。不久，海面上漂浮著的失去左臂的自衛隊隊員一等海尉笹浦洋介遺體被發現。種種不安與猜測在小蘭和少年偵探們的心中蔓延。另一方面，海上自衛隊迅速冷靜地穩定事態，但始終不能探明敵人的真實身份和他的目標。就在此時，宙斯盾艦上發現了遇害隊員的左臂，其配戴的手錶指標停止在上午5:30。接二連三的異常事件，迫使大阪府警乘坐直升機趕來，與京都當地的同儕協作展開調查。在此期間，神秘的女性自衛隊員藤井七海也登上了宙斯盾艦。
柯南透過隨身攜帶的追蹤眼鏡、新道具衛星電話手錶等裝備與灰原哀、阿笠博士取得聯絡，此外更得到服部平次和遠山和葉的協助。最強偵探團全方位通力合作，終於發現了這一系列事件背後的始作俑者——現已秘密潛入軍艦內的某國間諜“X”。在此期間，平次和小蘭等人的生命相繼受到威脅。
X到底有何目的？他的真實身份是什麼？自衛隊員的左臂以及藤井七海的背後又隱藏怎樣的秘密？關係到全日本生死存亡的巨大陰謀，此刻正有條不紊地展開。柯南將於與看不見的敵方間諜進行諜報戰，面臨危浪絕海的緊急任務。此次柯南能否再次守護朋友，協助海上自衛隊保護日本民眾免受戰爭的災禍？（柯南唯一一次落淚）
2014年《異次元的狙擊手》
以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔（注：以現實中634米的東京晴空塔為原型）竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望臺上享受著絕美的景色。就在此時，一發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了一個男人的胸膛。案件發生於一瞬之間，完全搞不清到底發生了什麼，小蘭與少年偵探團都陷入了恐慌。
柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡功能，沿著彈道發現了一個黑色的身影。“從那麼遠的距離進行狙擊，怎麼可能？！”柯南馬上與女高中生偵探世良真純乘坐摩托車追趕逃走的狙擊手，意想不到的是狙擊手居然連警察的巡邏車都打算一起炸掉，整個追蹤過程都被其玩弄於股掌之中。結果，這場激烈的追蹤將FBI也捲入其中，犯人以及狙擊事件的謎團都消失在了大海里。
於是柯南和世良協力，而警察和FBI合作調查此案，終於查出了美國海軍特種部隊“海豹突擊隊”的存在。其實這起狙擊事件不過是接下來將發生的大混亂的第一步！與此同時，住在工藤新一家的神秘研究生衝矢昴也不動聲色地秘密行動起來……（世良的初登場）
2015年《業火的向日葵》
紐約的奇蹟！大富豪來到日本？
大富豪雲集的拍賣會場人聲鼎沸。鈴木財團的顧問鈴木次郎吉拍下了據說早已在日本被燒燬的梵高名作《向日葵》。電視正對這個重大新聞進行全球直播，柯南和小蘭他們也在目不轉睛地收看著。
為保護畫作，鈴木財團召集了以毛利小五郎為首的專業團隊“七武士”。就在這時，怪盜基德突然出現！他大張旗鼓地擾亂了會場，隨後消失在紐約上空。
嫌疑犯怪盜基德？！
此後載著《向日葵》的客機在飛往日本的途中突然爆炸！《向日葵》最終被潛伏在機上的基德奪走。飛機緊急迫降在羽田機場，柯南趕到併成功奪回了《向日葵》，然而讓他深感不解的是，“向來只對大型寶石下手的基德，怎麼會淪為不惜傷人性命的嫌犯？”
不久，灰原去新宿的美術館參觀，沒想到基德居然大膽地出現在那裡！媒體也被捲入其中，現場一片混亂。
其手法，神出鬼沒——
巧妙的犯罪手法一步步升級之時，《向日葵》被安放在了雷克洛克美術館。那裡號稱有著堅不可摧的保安系統。鈴木次郎吉的目的是集齊世上現存的7幅《向日葵》，舉辦一場史無前例的畫展。這些極具歷史意義的畫作萬一發生意外，極可能引發國際爭端，在這樣緊迫的狀況下，紐約市警方也攜手合作，還有柯南和“七武士”負責戒備。此時，小五郎收到了基德發出的神秘預告函！
演員齊聚，狂宴開幕！！
基德的陰影不斷逼近。另一方面，各幅《向日葵》也陸續從世界各國彙集到日本。終於到了畫展開幕的這天，在宣告開幕的樂聲中，高中生偵探工藤新一悄然現身！
新快蘭的心頭好，基德扮演新一這梗咋就玩不膩呢。
靜野孔文監督時代結束，迎來了櫻井武晴這個大垃圾，從此柯學發揚光大，推理從此是搞笑，阿笠博士發明領先21世紀，新蘭哀疑似三角戀曖昧玩一波。
2016年《純黑的噩夢》
由“黑色”裁決“黑色”——
德國，加拿大，以及（英國）倫敦。黑衣組織所製造的暗殺案件在世界各地接連發生！
目標的共同點是？組織的目的是？
不久，琴酒就將魔爪伸向日本。這場暗殺大戲不過才剛剛開始。
宿命的相遇，突然——
東都水族館進行了大規模翻新。為了觀賞那裡的特色——世界第一個二輪式巨大摩天輪而來到此處的柯南一行人與那裡一位受傷的神秘女性相遇。她似乎由於某種原因喪失了記憶。線索只有已損壞的手機。柯南與少年偵探團一起，決定幫助她找回記憶。這時，灰原覺察到了異樣。這個女性，是左右眼顏色不同的“雙色瞳”的擁有者。
暴露的雙重面孔！
因為眼睛的特徵是一致的，灰原擔心其真實身份就是組織的NO.2（2號人物）——朗姆。另一方面，正當柯南尋找接近宿敵的機會時，突然間這個女性在看到摩天輪時發作了起來。這時候她喃喃自語的是“司陶特、威士蓮、阿誇維特、基爾、波本……”果然她的真實身份是黑衣組織的一員！而在她被送入警察醫院後，FBI與公安推測時機已成熟，便悄悄展開了行動。
互相爭奪“秘密”！
根據FBI赤井秀一的調查，日本警察某份資料被竊取之事得到證實。那就是間諜的名單“NOC List”（非官方臥底名單）。這份資料一旦流入組織手中，世界的情報機關將會崩潰，且潛入組織的公安——安室透與CIA（美國中央情報局）——水無憐奈的性命也將陷入危險中。在柯南與赤井追查案件的同時，琴酒將水無和安室拘禁。此時，旁邊貝爾摩得的手機響了。那位下達指示的是……
看秀一、安室透線上頭文字D＋激情打戲，秀透cp從此火遍日本。
2017年《唐紅的戀歌》
在日賣電視臺發生了爆炸案！此時，引領日本百人一首界的“皋月會”正舉辦記者會，人群陷入大恐慌！在崩塌中的大樓內，只有關西名偵探——服部平次和他的青梅竹馬——遠山和葉被困，千鈞一髮之際柯南將他們平安救出。案件如恐怖襲擊一般，然而犯人的目的無人知曉這一無法理解的狀況令柯南和平次不禁感到蹊蹺。
爆炸騷動中，柯南與堅稱是平次未婚妻的女子相遇。她的名字是大岡紅葉。紅葉竟然是競技歌牌的高中生冠軍。意想不到的是，和葉決定賭上平次向紅葉挑戰百人一首，拜頗具實力的平次之母靜華為師，開始了特訓的日子。
與此同時，在京都嵐山的日式住宅內，發生了皋月杯冠軍遭殺害的案件。那時，在殺人現場的顯示器中映現的是紅葉的身影。並且被害者周圍散落著許多耐人尋味的歌牌。紅葉與案件的關係究竟是？
柯南和平次與大阪府警、京都府警一起，開始了對與兩起案件有關的皋月會的調查。不久，在調查過程中謎團接連浮現。隨著謎團的解開，發現其中隱藏著“與百人一首有關的共同點”。大阪和京都，兩起案件相連為一時，設下的命運的齒輪開始加速！
青山剛昌、近藤秀峰、米倉功人、石山桂一憑藉此片獲第37屆藤本獎
2018年《零的執行人》
作為東京峰會召開地的東京灣新設施“Edge of Ocean”（大洋邊緣）。在峰會召開的5月1日有約2萬名警察出動的這一超巨大設施，發生了大規模爆炸案！那裡，有隸屬於暗中掌控全國公安警察、俗稱為“零”的警察廳秘密組織的安室透的身影。秘密暗中出動的安室的神秘行動令柯南不禁感到蹊蹺。
根據現場留下的作為證據的指紋，犯人被斷定為曾在警視廳就職的毛利小五郎！與安室圍繞小五郎的逮捕開始敵對的柯南聽說了過去安室曾將嫌疑人逼至自殺的奇妙案件。隨後在決定起訴小五郎的那時，在戒備森嚴的東京都內，同時爆發了多起難以理解的恐襲！
柯南和公安警察正接近著隱藏在案件後的陰謀，峰會召開那天也被確定是大型無人探測器“天鵝”完成在火星的任務返回地球的日子。究竟，迫近的X日會發生什麼？神秘的存在——安室透，究竟是敵人，還是夥伴？
亞洲總票房突破100億日元，安室透成為百億男神。
“我的戀人，是這個國家。”