每次使用完吸奶器，用清水沖洗所有接觸過乳汁的器具，再用開水燙一下，晾乾，以備再用。千萬不要用消毒劑或帶有消毒成分的洗滌劑清洗這些物品，也不要使用消毒紙巾。“乾燥”是最好的殺菌劑。母乳本身就是有菌餵養。如果使用消毒紙巾等，反而會有消毒顆粒隨乳汁進入嬰兒體內，造成損傷。

也可以買個大的同一個細的奶瓶清潔掃，將吸奶器拆開之後用專用的奶瓶清潔劑清洗，洗完之後用鍋煮沸消毒10分鐘。一般可以每天消毒1-2次即可，對於剛分娩沒多久的母親來說，吸奶的頻率相對很高(一般2-3小時進行一次)但無需每次使用後都進行消毒。過度消毒和易造成配件過早老化，縮減吸奶器的使用壽命。建議每天徹底清洗一次乳漬及蒸汽消毒一次即可。

不能放沸中水煮

放在是沸水中煮是老一輩人的消毒方式，但是用沸水煮適合玻璃容器的，不適合這種矽膠材質消毒。

每次使用前後都要清洗

吸奶器在使用前需要清洗，洗去外表的灰塵再使用。待吸奶器吸完奶後，再把吸奶器清洗乾淨存放。

使用前用溫水清洗

吸奶器都不必每次使用後都需消毒，但是每次使用前必須認真清洗乾淨。用溫水清洗吸奶器裡外，清洗乾淨後便可使用。

使用後用溫鹽水清洗

不同的是使用完吸奶器後，要在溫水裡面加點食鹽或者食用鹼，這就是簡單的消毒，還能祛除吸奶器上的奶腥味。

放入消毒儀器中清洗

吸奶器兩三天消毒一次即可，每次消毒時需放在專門的吸奶器消毒儀器中。插上電源，機器就開運作消毒處理。

吸奶器定期更換

矽膠材質的物品用一段時間後就出現發黃發硬的變化，不能一直使用下去。如果餵母乳的時間比較長，吸奶器用久了就要更換。