合同檔案的優先順序
根據《招投標法》及國家部委有關招投標的管理辦法，很多工程建設專案必須經過招投標程式來確定承包人，雖然合同協議書只有區區數頁，但合同組成檔案數量眾多，各檔案制訂的時間存在差異，加之工期較長，施工期間又會產生許多檔案，各檔案相互之間難免發生矛盾。在合同雙方因採用不同的合同條款而產生分歧時，如何正確應用合同檔案的優先順序原則化解糾紛，應著重把握以下幾點的應用：
一、九部委《標準施工招標檔案》中通用條款第1.4款關於合同檔案優先順序的規定。
第1.4款規定，組成合同的各項檔案互相解釋，互為說明。除專用條款另有約定外，解釋合同檔案的優先順序如下：
（1）合同協議書
(2)接受函（中標函）或中標通知書
(3)議標期間問答式書面檔案
(4) 投標函及投標函附錄
(5)合同專用條款
(6)合同通用條款
(7) 技術標準和要求(工程規範)
(8)合同圖紙(設計與施工相互制約）
(9) 已標價工程量清單
(10)組成合同的其他檔案
根據以上合同解釋的原則，重要的問題應寫入優先順序較高的檔案，最後確定的事宜和需要特別承諾或變通的條款應寫入優先順序在前的檔案。如雙方當事人對合同文件的解釋順序有特殊約定的，雙方應在 “專用條款”中明確約定，並優先於 “通用條款”的約定。
二、九部委《《標準施工招標資格預審檔案》和《標準施工招標檔案》試行規定》（56號文）的強制性規定。
56號文第六條規定，行業標準施工招標檔案中的“專用合同條款”可對《標準施工招標檔案》中的“通用合同條款”進行補充、細化，除“通用合同條款”明確“專用合同條款”可作出不同約定外，補充和細化的內容不得與“通用合同條款”強制性規定相牴觸，否則牴觸內容無效。第九條規定，試點專案招標人編制招標檔案中的“專用合同條款”可根據招標專案的具體特點和實際需要，對《標準施工招標檔案》中的“通用合同條款”進行補充、細化和修改，但不得違反法律、行政法規的強制性規定和平等、自願、公平和誠實信用原則。
根據上述規定，“專用條款”的效力並非一定優先於 “通用條款”的效力，如果“專用條款”的約定違反了56號文的規定，則“專用條款”無效，仍應適用“通用條款”的規定。
三、施工期間簽署的檔案效力大於招投標時簽署的檔案。
施工過程中，合同雙方有關工程的洽商、變更等書面指令或檔案，因簽訂時間在後，系雙方就變更建設工程施工合同內容達成的新的合意，該洽商、變更等書面檔案在符合法律規定的情況下，應最優先解釋適用，即使該洽商、變更等書面檔案屬於“通用條款”規定或“專用條款”約定的解釋順序在後的檔案類別。
四、《合同協議書》中背離合同實質性內容的條款無效。
根據《招投標法》第46條規定，招標人和投標人應當按照招標檔案和投標檔案訂立書面協議，不得再行訂立背離合同實質性內容的其他協議。因此，即使《合同協議書》簽署在後，在合同檔案的優先順序中排名在前，但其條款如果背離招標檔案和投標檔案中約定的合同實質性內容的，應認定無效，以招標檔案和投標檔案中約定的合同實質性內容為準。
五、專用條款在技術規範之前，效力大於技術規範。
合同檔案的優先順序
根據《招投標法》及國家部委有關招投標的管理辦法，很多工程建設專案必須經過招投標程式來確定承包人，雖然合同協議書只有區區數頁，但合同組成檔案數量眾多，各檔案制訂的時間存在差異，加之工期較長，施工期間又會產生許多檔案，各檔案相互之間難免發生矛盾。在合同雙方因採用不同的合同條款而產生分歧時，如何正確應用合同檔案的優先順序原則化解糾紛，應著重把握以下幾點的應用：
一、九部委《標準施工招標檔案》中通用條款第1.4款關於合同檔案優先順序的規定。
第1.4款規定，組成合同的各項檔案互相解釋，互為說明。除專用條款另有約定外，解釋合同檔案的優先順序如下：
（1）合同協議書
(2)接受函（中標函）或中標通知書
(3)議標期間問答式書面檔案
(4) 投標函及投標函附錄
(5)合同專用條款
(6)合同通用條款
(7) 技術標準和要求(工程規範)
(8)合同圖紙(設計與施工相互制約）
(9) 已標價工程量清單
(10)組成合同的其他檔案
根據以上合同解釋的原則，重要的問題應寫入優先順序較高的檔案，最後確定的事宜和需要特別承諾或變通的條款應寫入優先順序在前的檔案。如雙方當事人對合同文件的解釋順序有特殊約定的，雙方應在 “專用條款”中明確約定，並優先於 “通用條款”的約定。
二、九部委《《標準施工招標資格預審檔案》和《標準施工招標檔案》試行規定》（56號文）的強制性規定。
56號文第六條規定，行業標準施工招標檔案中的“專用合同條款”可對《標準施工招標檔案》中的“通用合同條款”進行補充、細化，除“通用合同條款”明確“專用合同條款”可作出不同約定外，補充和細化的內容不得與“通用合同條款”強制性規定相牴觸，否則牴觸內容無效。第九條規定，試點專案招標人編制招標檔案中的“專用合同條款”可根據招標專案的具體特點和實際需要，對《標準施工招標檔案》中的“通用合同條款”進行補充、細化和修改，但不得違反法律、行政法規的強制性規定和平等、自願、公平和誠實信用原則。
根據上述規定，“專用條款”的效力並非一定優先於 “通用條款”的效力，如果“專用條款”的約定違反了56號文的規定，則“專用條款”無效，仍應適用“通用條款”的規定。
三、施工期間簽署的檔案效力大於招投標時簽署的檔案。
施工過程中，合同雙方有關工程的洽商、變更等書面指令或檔案，因簽訂時間在後，系雙方就變更建設工程施工合同內容達成的新的合意，該洽商、變更等書面檔案在符合法律規定的情況下，應最優先解釋適用，即使該洽商、變更等書面檔案屬於“通用條款”規定或“專用條款”約定的解釋順序在後的檔案類別。
四、《合同協議書》中背離合同實質性內容的條款無效。
根據《招投標法》第46條規定，招標人和投標人應當按照招標檔案和投標檔案訂立書面協議，不得再行訂立背離合同實質性內容的其他協議。因此，即使《合同協議書》簽署在後，在合同檔案的優先順序中排名在前，但其條款如果背離招標檔案和投標檔案中約定的合同實質性內容的，應認定無效，以招標檔案和投標檔案中約定的合同實質性內容為準。
五、專用條款在技術規範之前，效力大於技術規範。