直線職能制是一種“集中決策、集中運營”的緊密型組織結構，其突出特徵是強調研產銷職能的專業化分工以及對研產銷相關資源的統籌利用，具有專業、經濟、管控力度大的特點。然而，隨著企業的發展，當其產品、地域、顧客的多樣性達到一定程度的時候，不僅高管層管理幅度過大，職能管理部門管控乏力，而且研產銷三個職能平臺會在規模上逐步膨脹，從而在相應職能內部難以實施有效管理，不得不進行職能內部細分。同時，研產銷三項職能之間的本位主義、相互指責和協作低效率一直是直線職能制企業的突出矛盾，其間的協調機制較難建立，從而影響市場終端的產品輸出和顧客服務質量。

標準的事業部制與直線職能制相比較，構建了“集中決策、分散運營”的體制，由於其按照產品要素進行了組織分化，因此，實質上是將圍繞產品的研產銷經營許可權進行了較大程度的下放，這樣不僅可以使決策者抽身，集中精力關注企業整體戰略性發展事宜，而且透過將研產銷具體運營“打包”下放給專業管理團隊，較好地解決了圍繞產品的研產銷協調問題。但事業部制同步也帶來了諸多困擾，主要是在事業部構建後，對總部的管控能力提出了挑戰，同時，事業部為了專營自身所定位的事業，更高效地輸出服務，也為了各事業部組織分化清晰、所負責任明晰、市場反應迅速，存在一些機構重設、資源不能集約的問題，這是事業部制建設必然要付出的成本。