第349集到353集是自來也和佩恩六道決戰的第一部分，377集到389集，是木葉村眾人決戰佩恩六道的第二部分。

1、自來也VS佩恩六道（349集到353集）

劇情簡介：自來也使出仙人模式，召來兩位蛤蟆仙人（深作及志麻大人）相助，成功打敗了三個佩恩，結果由於大意以及不瞭解佩恩六道的相關情報，所以不幸被打敗而犧牲。但臨死前自己查出了佩恩六道及其本體的秘密（都是自己曾經遇到的忍者，六道均為屍體傀儡，受長門操控）。

自來也臨死前回憶起跟波風水門及漩渦玖辛奈的對話，水門從自來也著作《毅力忍傳》中為他們的兒子取名字曰鳴人。自來也又回憶起自己一生失敗之事，並說出鳴人才是“預言之子”（後經大蛤蟆仙人親自證實，長門和鳴人都是預言之子），因鳴人也正有那種絕不輕易放棄的毅力。

在千鈞一髮之際，自來也把關於佩恩的情報用指刻封印寫在深作仙人的背上叫其帶回木葉村。佩恩五道也向自來也進行反撲，最後被佩恩五道打入水底，而蛤蟆仙人深作則成功逃回木葉。

2、木葉村眾人VS佩恩六道（377集到389集）

劇情簡介：佩恩和小南一起襲擊木葉捕捉九尾人柱力——漩渦鳴人。修羅道、畜生道、餓鬼道分為誘敵組；天道、人間道、地獄道和小南為探索組，開始了襲擊。期間與卡卡西交戰，並殺死了卡卡西，在用人間道得知了鳴人在妙木山後；

控制天道來到木葉上空，然後用畜生道將修羅道、人間道、餓鬼道、地獄道還有小南通靈到木葉村外，不惜以縮短壽命的代價，執意使用神羅天徵將整個木葉隱村摧毀！之後佩恩六道與從妙木山趕回來的漩渦鳴人交戰。

佩恩六道被漩渦鳴人逐個擊敗後，鳴人在小南用紙製作的一棵大樹裡找到了佩恩的本體——長門，兩位預言之子終於相遇。

擴充套件資料：

第二戰後續——

鳴人與長門一番對話後，長門被其永不放棄的意志所打動，決心將促成和平的願望交付鳴人。長門使用了禁術—外道"輪迴天生之術令木葉所有死亡者復活（包括卡卡西），卻犧牲了自己的性命。

而小南把長門及彌彥的遺體帶走，同樣把希望託付給鳴人。鳴人決意繼承師父（自來也）及師兄（長門）的遺願。