口袋妖怪金心銀魂三週目有三個場景需要進行通關，分別是：
1、三聖鳥；
2、雪拉比時空穿越事件；
3、水都兄妹。
三聖鳥：
此劇情需要擊敗小智後觸發三聖鳥均為50級。
1、閃電鳥：
閃電鳥會被搶佔發電站的工作人員趕出了家門，只好站在發電站門口。
2、冰凍鳥：
冰凍鳥還宅在雙子島，從右下入口處進去比較快。
3、火焰鳥：
火焰鳥從冠軍路搬家到白銀山去住了，稍微難找一點。
雪拉比時空穿越事件：
此劇情需攜帶日後老任配信版雪拉比後觸發（疑似10年劇場）；
把雪拉比帶到森林裡的神社，然後配角就會來搭訕。不久會雪拉比就帶你們穿越時空，來到3年前的22號道路。從對話中可獲悉紅毛和坂木是父子關係，坂木要紅毛幫助復興火箭隊，紅毛不肯，然後2人分道揚鑣。
之後又穿越到3年之後（時間斷應該在主角滅掉廣播塔火箭隊基地前）的某個山洞（27號道路隱藏在瀑布後的那個，內部有一臺收音機），發現坂木正在和佔領廣播塔的火箭隊聯絡，然後上前，開戰。坂木所攜帶的是LV42尼多王、LV43紳士烏鴉、LV46尼多後、LV40袋龍，都不強，帶一個LV40多的水系或草系即可輕鬆滅之，戰勝後坂木回憶起了3年前某個阻撓他計劃的小子（白金山頂吹雪的某人），說主角和他眼神很像，隨後消失之。然後雪拉比又將男女主角傳送回了森林。
水都兄妹：
此劇情需要在關東地區觸發；
劇情進行到給山吹市的小妹妹找車票時，從最喜歡口袋妖怪俱樂部要了娃娃出門時會遇到方緣地區的冠軍大吾，他會給主角看水都的照片，金心為紅水都，銀魂為藍水都，並告訴主角水都目前正出沒在關東地區。這之後水都就在關東地區隨地亂跑了，50級，見面就跑。
口袋妖怪金心銀魂三週目有三個場景需要進行通關，分別是：
1、三聖鳥；
2、雪拉比時空穿越事件；
3、水都兄妹。
三聖鳥：
此劇情需要擊敗小智後觸發三聖鳥均為50級。
1、閃電鳥：
閃電鳥會被搶佔發電站的工作人員趕出了家門，只好站在發電站門口。
2、冰凍鳥：
冰凍鳥還宅在雙子島，從右下入口處進去比較快。
3、火焰鳥：
火焰鳥從冠軍路搬家到白銀山去住了，稍微難找一點。
雪拉比時空穿越事件：
此劇情需攜帶日後老任配信版雪拉比後觸發（疑似10年劇場）；
把雪拉比帶到森林裡的神社，然後配角就會來搭訕。不久會雪拉比就帶你們穿越時空，來到3年前的22號道路。從對話中可獲悉紅毛和坂木是父子關係，坂木要紅毛幫助復興火箭隊，紅毛不肯，然後2人分道揚鑣。
之後又穿越到3年之後（時間斷應該在主角滅掉廣播塔火箭隊基地前）的某個山洞（27號道路隱藏在瀑布後的那個，內部有一臺收音機），發現坂木正在和佔領廣播塔的火箭隊聯絡，然後上前，開戰。坂木所攜帶的是LV42尼多王、LV43紳士烏鴉、LV46尼多後、LV40袋龍，都不強，帶一個LV40多的水系或草系即可輕鬆滅之，戰勝後坂木回憶起了3年前某個阻撓他計劃的小子（白金山頂吹雪的某人），說主角和他眼神很像，隨後消失之。然後雪拉比又將男女主角傳送回了森林。
水都兄妹：
此劇情需要在關東地區觸發；
劇情進行到給山吹市的小妹妹找車票時，從最喜歡口袋妖怪俱樂部要了娃娃出門時會遇到方緣地區的冠軍大吾，他會給主角看水都的照片，金心為紅水都，銀魂為藍水都，並告訴主角水都目前正出沒在關東地區。這之後水都就在關東地區隨地亂跑了，50級，見面就跑。